I. DISOCIACE KARBOXYLOVÉ SKUPINY A AMINOSKUPINY



                            pK[a1]                            pK[a2

]

         R‑CH‑COOH     U        R‑CH‑COO^‑   U   
R‑CH‑COO^‑ 

                1/2                                     1/2                              1/2

         NH[3]^+                              NH[3]^+                       NH[2





                                                 ]





         AK          pK[a1]                pK[a2]                pK[a3]=pK[a] bočního řetězce

•        Ala          2.3                     9.9

•        Gly          2.4                     9.8

•        Phe         1.8                     9.1

•        Ser         2.1                     9.2

•        Val          2.3                     9.6

•        Asp         2.0                   10.0                   3.9                 ‑COOH

•        Glu         2.2                     9.7                   4.3                 ‑COOH

•        His         1.8                     9.2                   6.0                
‑imidazolium

•        Cys         1.8                   10.8                   8.3                 ‑SH

•        Tyr          2.2                     9.1                 10.9                 ‑fenol

•        Lys          2.2                     9.2                 10.8                
‑NH[3]+

•        Arg         1.8                     9.0                 12.5                
‑guanidinium

•        Asn         2.0                     8.8

•        Gln         2.2                     9.1

•        Trp         2.4                     9.4

•        Leu         2.4                     9.6

•        Ile           2.3                     9.6

•        Met         2.3                     9.2

•        Thr         2.2                     9.1

•        Pro         2.0                   10.6













Provede se štěpení před:

G      (DMS/DT)

G+A (H^+/DT)

C      (hydrazin, 5M NaCl)

C+T (hydrazin)



Příklad:

   5´                                   3´

^32P-TGTAGGAGCT



Štěpení před G (DMS/DT) vede ke vzniku fragmentů:

^32P-TGTAGGAGCT

^32P-TGTAGGAGCT

^32P-TGTAGGAGCT

^32P-TGTAGGAGCT



K jiným souborům fragmentů povedou štěpení před G+A, před C a před C+T.