ak získat, vyhodnotit a využít informace o molekulové a krystalové struktuře látek RTG strukturní analýza I difrakční obraz mapa elektronové hustoty atomové pozice, vazebné délky, úhly RTG strukturní l'ľlS fí "š& -5$ F ■rí 'n: / V 'V''■■■■ ■■■--■ ^Bt"xf9Bo3 ^^^ ^B '■ ■ " >t Hh ^H ^fTľ^. ■ ^J ■ """ ■" " i "-^ ■ \ 9 j JE BEfl ; ._í55 y - 1 .| , . . \" .._ j^Éflfca ■ "• 1 ifr ■ ^^^ŕäiá^t - ^____ ______^^^____ parametry základní buňky = mřížkové parametry a, b, c, a, ß, y souřadnice atomů v základní buňce Crystallographic Information File celllengtha celllengthb cell_length_c cell_angle_alpha cellanglebeta cellanglegamma cell volume 5.842(4) 8.865(5) 13.281(6) 83.54(4) 79.09(4) 75.64(5) 652.7(6) refme_ls_R_factor_all 0.0570 refinelsRfactorgt 0.0419 refinelswRfactorref 0.1090 refine_ls_wR_factor_gt 0.1009 1 """'"■« 4 h I ŕ l- C --.ry I j-i ■■ -5t ľ ^Ľ p41|'I r 1 j 4J — T Fit>i^ ZFť.h'Ml t i-j-Lyi HHldPllilinh r+^hrtiL-IX-W. tf^-mrnK 1 - 1 Uchování údaj Strukturní databáze CSD - Cambridge Structural Database PDB - Protein Data Bank NDB - Nucleic Acid Database Přínos databází porovnáním charakteristických údajů možno identifikovat známou strukturu ovnávací účely, statistiky hledávání známých struktur (rešerše) CSD WW dexa fl.r j ■ 400.977 sloučenin (01/2007) Odlišné sloučeniny Organické struktury 363.931 172.583 43.0 % uuBfi mjící s-kovy Obsahující p-kovy 21.219 25.790 přírůstek cca 30.000 sloučenin ročně Distribuce r:,q distribuce na CD-ROM. Ix ročn' licence pro kalendářní rok aktualizace prostřednictvím WWW ládaný r 600000 500000 400000 300000 200000 100000 2001 2003 2005 2007 2009 Aplikace krystalografických databází ve Krystalografická společnost Ins. Jan Ondráček. CSc. instalace na MU klientské počítače vybavené X-Serverem Informace v C,q bibli ké informace základní krystalografické údaje 2D informace chemický vzorec 3D informace atomové souřadnice 1D Bibliographic Informati on BÄSYOJ 4-Oxonicotind^ide-l- (1 *-betd-D-2* ,3*,5 '-tri-Q- acetyl -ribofurd nos ide) Source: Rothmannia longiflora | C17 H20 N2 09 G. Bringmann, H. Ochse, K . Wolf, J. Kraus, K. Peters, E-H. Peters, H. Her der ich, L. Ake, F. Tayman 1 Phytochexiis try SI (1999), p271 2D Chemical Connectivity ConQuest - moderní rozhraní QUEST - starší rozhraní Mercury — zobrazování struktur ľCDCCflnChwi CSD ^!.::ü" Jmuitji ■IT. - _. I- - I ■riinrMivaT i ■"■SK. Uiofffjni .Tí r'n h.li'i'tuŕ l?S n Inťm r.i.\ FUhúdú! Cŕwuoa Fip Eíti ^kynr Snrtfr £■ ^jj^r hi^p W* DRAV/ EDfT ERASE ADD 3D iONTŕCT O ® O o Chd- -bid dag »o ü«4ü -a búnd Dag »O uľi ú-rthflg ůh>n 'ů inúkv ú Cüflnüüiüii I I M ^c, \ c / CdktDd Af^Bj^NGlJCSCr Ol1! — IDRůiůňWůii OFPiirti _LZL Store ^kyn [Č"ll|a|ll|o|ff|s|*lff| QPUF | C e^rvi &^JP CŕtJLOÍ ^ ■"ĽlhlJH prpiE i-Ji-J ^■ŮEHP.Or |Sůi.Uuůl /niPHn pťCAHLDb 4/í-eiuq LŕiľEVTlJEi IfCLPEta j/-r-i>jnn « =■> ■■JhIhL St^SewcJi Vyhledává informa možnost logických spojení dotazů (AND, OR, NOT) ^^mmmmmmmmm 2D-,3D-constraints max. koordinační číslo, cyklicita, geometrie v okolí frasmentu Vkládání dat do Vlastní data lze do CSD vložit e-mailem deposit@ccdc. cam. ac. uk Většina časopisu vyžaduje před zasláním rukopisu i vložení RTG struktur do CSD. případně ICSD Počet Časopis Inorg. Chem. 10 Organometallics 24508 J. Am. Chem. Soc. 22897 J. Chem. Soc, Dalton Trans. 21311 Acta Crystallogr., Sect. C 18348 J. OreannmPt C 13897 Inorg. Chim. Acta 13451 Chem. Commun. 12471 Acta Crystallogr., Sect. B 10619 Acta Crystallogr., Sect. E 10400 J. Org. Chem. Dalton Trans. strukturní údaje o 100.243 anorganických sloučeninách (02/2007) od r. 1913 do souč aktualizace na CD-ROM 2x ročně existuje i předplacená WWW verze ICSD Findlt File View Options Window Help □ksk at iE) ^ Search ICSD Ch^ crysta| Data | Reduced Cell | Symmetry | Reference ] + + iirj TD 4 H D T Mt 1 TRU 1 nm num ALE CHA + * * * * Hej " Be __ B C N 0 F Nej Na Mg ****** ** AI Si P S Cl Arl -* K Ha Sn Ti V Cr Mn Fe Co Ni Cu 7n Ha Ge As Se Br Kr -» Rb Sr Y Zr Nb Mo Tc Ru Rh Pd Ag Cd In Sn Sb Te 1 Xe -> Cs; Ba Hf Ta W Re Os Ir Pt Au Hg TI Pb Bi Po At Rn -» Fr Ra Rf Ha F And C And Not T Or r Or Not AND Element Count to I 3jJ Element Subscript I M Oxidation State I to I -» La Ce Pr Nd Pm Sm Eu Gd Tb Dy Ho Er Tm Yb Lu -* Ac Th Pa U Np Pu Am Cm Bk Cf Es Fm Md No Lr Add I << Periodic Table Type f* Normal f-" Exclusive AND f-" Exclusive OR Selected Elements: (Boolean operators are in the upper right. Right click on groups to see contents.: Reset Clear Page Search I^J Search Screens 13.12.2006 17:32 ICSD Findlt File View Options Window Help hMaI- «U^laal ^ Search ICSD Chemistry [.Crystal Data j | Reduced Cell ] Symmetry] Reference] ■Author High Low High i-Type of Cell— r ĺ ff Autnor * r Reduced L ~ ,, T | ;" Ledges " "angles " ~%Vol t Use Tolerances lu-' jj | Year of Publication . Density (calculated) Formula Weight ANX Formula Minimum Distance — 'Ai ~Ť~| j_ I Range Use Defaults | ľSearch Screens MT12.2OO6 M 7:34 - □ x File View Options Applications Window Help y i\/o All Page Clí Jnjjíj Items: 1-14 Pagett: 1 Total Hits: 14 Nurm Checked 3 Change page (((H ANDO AND P)) AND [EC[3])) CCode Hi D 9130 1971 D 15103 1969 PCCN PI 21/01 H3 03P2 H4 04.5P1 G.557 11.634 9.464 90 90 90 721.95 7.3S7 12.915 7.S5 90 109.S 90 704.64 6.557 9.464 11.634 89.999 89.999 9. 7.3S7 7.S5 12.915 39.999 39.999 10. Title IAuthor(s) iReference lunit Cell Vol S Space Group SC Number Cryst Sys IPearson Uyckoff P Value Red Cell Trans Red Comments Atom i 90. 109.9(1) 90. A refinement of the crystal structure of H3 P 04 (HZ 0)0. Dickens, B.;Prince, E.;Schroeder, L.U.;Jordan, T.H. Acta Crystallographica E (24,1963-33,1932) (1974)r 30, 1470-1473 7.92(1) 12.99(2) 7.47(1) 722.Ě3 3 P 1 21/a 1 14 monoclinic mP76 ell 0.027 P 7.47 0.000 0. 7.92 12.99 90 90 109.9 722.Ě3 000 1.000 / 1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000 New refinement based on previously measured intensities OX + 5 -2 -2 -2 -2 SITE 4 e 4 4 4 4 x 4464(1) 5940(1) 4478(2) 2594(1) 4539(1) y 39310(3) 36929(3) 33639(9) 33099(3) 51219(7) 0.2521(1) 0.4319(1) 0.0740(1) 0.2630(1) 0.1963(1) SOF 1. 1. 1. 1. 1. 0 0 o o o u Ö3005by rachinÉormationsuentrum Karlsruhe, and the 0.3. Secretary oé Commerce on b-ih^lt oÉthe United States. All right; reserved. IC3D2 Í 3.12.2006 '[TW n www.rcs M 28.508 40.628 47.509 struktur 1.817 1.925 proteiny nukleové kyseliny komplexy proteinů/nukleových kyselin ostatní