NABÍDKA DIPLOMOVÉ PRÁCE
VLIV STRESU NA AKTIVITU TRANSPOSONŮ
Genomy eukaryot nejsou neměnnými genetickými entitami. Zejména v poslední době se stále
silněji ukazuje, že se jedná o velmi dynamické systémy, generátory vlastních přestaveb,
schopné citlivě reagovat na změny prostředí. Většina eukaryotních genomů je z velké části
tvořena opakujícími se úseky DNA, tzv. repeticemi. Mezi repetice patří i klíčoví hráči
dynamiky genomů - transponovatelné elementy, tzv. transposony, dříve označované jako
,,skákající geny". Transposony jsou rozptýleny po celém genomu. Ukazuje se, že transposony
jsou aktivovány stresem, což je zřejmé zejména u rostlin, které nemohou opustit stresující
prostředí podobně jako živočichové. Aktivace transposonů stresem vede k rozkolísání
genomu a následně k lepší adaptaci na změněné prostředí.
Předmětem diplomové práce bude studium aktivity transposonů v reakci na nejrůznější
stresory prostředí (teplo, chlad, uv-záření aj.). Budou použity rostlinné modelové druhy
s pohlavními chromosomy ­ silenka širolistá (Silene latifolia) a šťovík kyselý (Rumex
acetosa), což umožňuje sledovat chování transposonů v rekombinujících (autosomy a
chromosom X) i nerekombinujících částech genomů (chromosom Y). Transkripční aktivita
jednotlivých skupin transposonů bude sledována pomocí RT PCR a real-time PCR. Poté bude
expresom transposonů sledován globálně pomocí čipů DNA. Při designování čipů budou
využita data z 454 sekvenování, která máme v naší laboratoři. Srovnáním sekvencí
exprimovaných transposonů se sekvencemi pocházejícími s mikrodisektovaných chromosomů
X a Y budeme dělat závěry o aktivitě transposonů na pohlavních chromosomech, případně
testovat hypotézu sex-specifické exprese transposonů.
Zájemci kontaktujte:
RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
Laboratoř vývojové genetiky rostlin
Biofyzikální ústav AVČR
Královopolská 135
612 65 Brno
tel. 541517203
email: kejnovsk@ibp.cz