Budoucnost genetických metod
                                       v ekologickém výzkumu
                         1. Nové postupy při sekvenování DNA („genomics“)

                                   Sequencing – Sangerova metoda

                                   „Next generation sequencing“

454 pyrosequencing



•          emulzní techniky amplifikace
pikolitrové objemy



•          simultánní sekvenování
na destičce z optických vláken
detekce pyrofosfátů uvolňovaných při inkorporaci bazí



•          První generace GS20
→ 200 000 reakcí najednou
(zhruba 20 milionů bp)
dnes FLX → 400 000 reakcí najednou = eukaryotní genom za týden!!!



•          Délka jednotlivých sekvencí 100 – 400













                              High-throughput – paralelní sekvenování



Využití













                                 Solexa/Illumina 1G SBS technology
                                  (SBS = sequencing by synthesis)

•         1 Gb (šestinásobek genomu Drosophily)



•         Výrazně levnější



•         Sekvence délky 35 bp



•         Flourescence, reversibilní terminátory



•         Spíš pro resequencing

                                               SOLiD
                      (sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection)



                                          „genomics era“

                                   Budoucnost genetických metod
                                       v ekologickém výzkumu
                   2. Analysis of expression by microarrays („transcriptomics“)
 Ranz JM, Machado CA:  Uncovering evoutionary patterns of gene expression using microarrays. TREE,
                                           21(1): 29-37



                               Microarray analysis of transcriptome
                                  (~ specific DNA hybridization)

How to get a transcription profile

Transcriptional profiling of inbreeding depression and genetic erosion in Scabiosa columbaria: the
            balance between genetic drift and selection in the genetic erosion process.