Úloha 2 20.10.2010
Výběr excitačních laserů a emisního filtru
Přijeli jste na výzkumný pobyt do významné zahraniční laboratoře. Její vedoucí Vás provedl
po laboratořích a ukázal mimo jiné scanner pro fluorescenční snímání gelů. Po úvodním
pohovoru Vás nový vedoucí vyzval, abyste sepsali seznam vybavení, které budete pro svůj
výzkum potřebovat.
Protože budete používat fluorofor A, potřebujete zjistit, zda je možné na stávajícím scanneru
excitovat a selektivně detekovat fluorescenční emisi Vašeho fluoroforu.
Excitační vlnové délky instalovaných laserů jsou 473 nm, 532 nm, 635 nm.
Instalované „long-pass“emisní filtry jsou 510 LP, 575 LP, 665 LP.
1) Jaký stávající laser byste použili pro excitaci Vašeho fluoroforu?
2) Laser o jaké vlnové délce emitovaného záření byste případně dokoupili pro dosažení
maximální intenzity fluorescence a tedy i citlivosti pro Váš fluorofor? Vyberte prosím
dostupný laser z nabídky aplikace SpectraViewer.
3) Který nainstalovaný emisní filtr „long-pass“ by byl použitelný pro detekci fluorescence
Vašeho fluoroforu?
4) Jaký “band-pass“ filtr s šířkou pásu 20 nm byste objednali, aby byla detekce Vašeho
fluoroforu optimální. Napište hodnotu střední vlnové délky lomenou šířkou pásma
(např. 530/20).
Pro zjištění spektrálních charakteristik fluoroforu a navrhování “band-pass“ filtru použijte
aplikaci SpectraViewer
http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/support/Research-Tools/Fluorescence-
SpectraViewer.html
Pozn.: Pro aktualizaci zobrazení spekter a filtrů klikněte dvakrát za sebou na
“Toggle Excitation Display”.
Fluorofor A naleznete níže v tabulce u svého jména.
Vaše odpovědi mi prosím zašlete emailem.
Správná odpověď = 0.5 bodu.
A A
1 Baráthová, Jana Fluorescein
(antibody conjugate)
23 Polák, Martin HEX
2 Brzobohatá, Anna 5 ROX
(carboxy X rhodamine)
24 Pospíšil, Jakub Ethidium homodimer 1
3 Činčárová, Lenka Acridine Orange 25 Potěšilová, Michaela Fluorescein
(antibody conjugate)
4 Dvořáková, Hana GFP 26 Rokosová, Lenka 5 ROX (carboxy X rhodamine)
5 Faltejsková, Petra Lucifer Yellow 27 Rumíšková, Gabriela Acridine Orange
6 Franek, Michal 5 FAM
(carboxyfluorescein)
28 Sedláková, Šárka GFP
7 Havrila, Marek 6 JOE 29 Sehnalová, Petra Lucifer Yellow
8 Hluchý, Milan AlexaFluor 488
(oligo conjugate)
30 Skalák, Jan 5 FAM
(carboxyfluorescein)
9 Hošek, Tomáš Cy3 dye
(antibody conjugate)
31 Šmiřáková, Eliška 6 JOE
10 Hubená, Emilie Oregon Green 514
(antibody conjugate)
32 Šromová, Renata AlexaFluor 488
(oligo conjugate)
11 Chrást, Lukáš Cy5 dye (antibody
conjugate)
33 Šteflová, Pavlína Cy3 dye
(antibody conjugate)
12 Knociková, Juliana Propidium iodide 34 Štěpánková,
Veronika
Oregon Green 514
(antibody conjugate)
13 Kočková, Helena YOYO-1 35 Tichý, Vlastimil Fluorescein
(antibody conjugate)
14 Kozáková, Lucie SYBR Green-1 36 Trčka, Filip 5 ROX (carboxy X rhodamine)
15 Králová, Stanislava YFP 37 Trenčanský, Lumír Acridine Orange
16 Kratochvílová,
Kateřina
SYBR Gold 38 Turek, Dušan GFP
17 Majerská, Jana FITC
(antibody conjugate)
39 Vašíčková, Jana Lucifer Yellow
18 Malá, Aneta SYPRO Ruby 40 Zábrady, Matej 5 FAM (carboxyfluorescein)
19 Mikulášová, Aneta RFP 41 Žďárská, Markéta 6 JOE
20 Nováková, Kateřina Tetramethylrhodamine
dextran
42 Žůrek, Michal AlexaFluor 488
(oligo conjugate)
21 Ogrocká, Anna Fluorescein (pH 9.0) 43 Žváčková, Ivana Cy3 dye (antibody conjugate)
22 Pavloušková, Jana X-rhod 1