Úloha 3 Rozlišení mutantů Při prvním experimentu v biotechnologické laboratoři BTP (Biotechnology for purification) dostáváte za úkol rozlišit dvě mutantní varianty pX1 a pX2 proteinu, který se používá k rozkladu nebezpečných látek v pitné vodě. Omylem došlo k záměně štítků na reakčních rezervoárech s enzymy. Jste informováni o tom, že oba typy proteinu obsahují jeden tryptofan. Víte, že mutant pX1 má tryptofan umístěn výrazně blíže k povrchu a je tedy více v kontaktu s okolním roztokem, než je tomu v případě druhé varianty proteinu pX2. Při řešení tohoto úkolu, důležitého pro obnovení dodávek pitné vody obyvatelům v oblasti sužované suchem, jste využili své znalosti o zhášení fluorescence. Víte, že ze závislosti intenzity fluorescence na koncentraci zhášedla se dá určit, u kterého z proteinů je tryptofan blíž povrchu a takto proteiny identifikovat. Pro zhášení fluoroforu platí základní Stern-Volmerova rovnice: kde F0 je intenzita fluorescence bez přítomnosti zhášedla, F je intenzita fluorescence za přítomnosti zhášedla, KSV je Stern-Volmerova konstanta a [Q] je koncentrace zhášedla. Provedli jste měření intenzity fluorescence proteinů odebraných z rezervoárů A a B. Intenzita fluorescence byla změřena bez přítomnosti zhášedla. Následně jste provedli s každým proteinem měření závislosti fluorescence na postupně vzrůstající koncentrací zhášedla - akrylamidu. Naměřené hodnoty jsou v tabulce níže. Sestavte Stern-Volmerův graf pro závislost relativního úbytku fluorescence na koncentraci akrylamidu a odpovězte na následující otázky. 1. Je akrylamid zhášedlem dynamickým nebo statickým? 2. Jaké jsou konstanty KSV příslušné jednotlivým mutantním variantám proteinu? 3. Rozhodněte, který enzym je v rezervoáru A a který protein je v rezervoáru B. Stručné odpovědi mi společně s grafem zašlete emailem. Správná dílčí odpověď = 0.5 bodu. ][10 QK F F SV pX1 pX2 rezervoár Koncentrace akrylamidu [M] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 1 Baráthová, Jana A 944 911 891 870 853 834 B 944 794 697 621 560 510 2 Brzobohatá, Anna A 977 943 922 901 883 864 B 977 822 722 643 580 528 3 Činčárová, Lenka A 940 908 887 867 850 831 B 940 791 694 619 558 508 4 Dvořáková, Hana A 951 918 898 877 860 841 B 951 800 703 626 565 514 5 Faltejsková, Petra A 960 927 907 886 868 849 B 960 808 709 632 570 519 6 Franek, Michal A 986 952 931 910 891 872 B 986 830 729 649 585 533 7 Havrila, Marek A 938 906 886 865 848 829 B 938 790 693 617 557 507 8 Hluchý, Milan A 957 924 903 882 865 846 B 957 805 707 630 568 517 9 Hošek, Tomáš A 986 952 931 910 891 872 B 986 830 729 649 585 533 10 Hubená, Emilie A 975 942 921 899 881 862 B 975 821 720 642 579 527 11 Chrást, Lukáš A 981 947 926 905 886 867 B 981 825 724 646 582 530 12 Knociková, Juliana A 957 924 903 882 865 846 B 957 805 707 630 568 517 13 Kočková, Helena A 936 904 884 864 846 828 B 936 788 692 616 556 506 14 Kozáková, Lucie A 994 959 938 917 898 878 B 994 836 734 654 590 537 15 Králová, Stanislava A 984 950 929 908 890 870 B 984 829 727 648 584 532 16 Kratochvílová, Kateřina A 962 929 908 887 870 851 B 962 810 711 633 571 520 17 Majerská, Jana A 964 931 910 889 871 852 B 964 811 712 635 572 521 18 Malá, Aneta A 953 920 900 879 861 842 B 953 802 704 627 566 515 19 Mikulášová, Aneta A 970 936 915 894 876 857 B 970 816 716 638 575 524 20 Nováková, Kateřina A 997 963 942 920 901 882 B 997 839 737 656 592 539 21 Ogrocká, Anna A 988 954 933 911 893 873 B 988 832 730 650 586 534 22 Pavloušková, Jana A 942 909 889 869 851 833 B 942 793 696 620 559 509 23 Polák, Martin A 983 949 928 906 888 869 B 983 827 726 647 583 531 24 Pospíšil, Jakub A 962 929 908 887 870 851 B 962 810 711 633 571 520 rezervoár Koncentrace akrylamidu [M] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 25 Potěšilová, Michaela A 979 945 924 903 885 865 B 979 824 723 644 581 529 26 Rokosová, Lenka A 981 947 926 905 886 867 B 981 825 724 646 582 530 27 Rumíšková, Gabriela A 959 925 905 884 866 847 B 959 807 708 631 569 518 28 Sedláková, Šárka A 934 902 882 862 845 826 B 934 786 690 615 555 505 29 Sehnalová, Petra A 990 956 935 913 895 875 B 990 833 731 652 588 535 30 Skalák, Jan A 996 961 940 918 900 880 B 996 838 735 655 591 538 31 Šmiřáková, Eliška A 947 915 894 874 856 837 B 947 797 700 624 562 512 32 Šromová, Renata A 955 922 901 881 863 844 B 955 804 705 628 567 516 33 Šteflová, Pavlína A 971 938 917 896 878 859 B 971 818 718 639 577 525 34 Štěpánková, Veronika A 947 915 894 874 856 837 B 947 797 700 624 562 512 35 Tichý, Vlastimil A 966 933 912 891 873 854 B 966 813 714 636 573 522 36 Trčka, Filip A 994 959 938 917 898 878 B 994 836 734 654 590 537 37 Trenčanský, Lumír A 983 949 928 906 888 869 B 983 827 726 647 583 531 38 Turek, Dušan A 946 913 893 872 855 836 B 946 796 698 622 561 511 39 Vašíčková, Jana A 955 922 901 881 863 844 B 955 804 705 628 567 516 40 Zábrady, Matej A 996 961 940 918 900 880 B 996 838 735 655 591 538 41 Žďárská, Markéta A 968 934 914 893 875 855 B 968 814 715 637 574 523 42 Žůrek, Michal A 979 945 924 903 885 865 B 979 824 723 644 581 529 43 Žváčková, Ivana A 992 958 936 915 896 877 B 992 835 733 653 589 536