Metagenomika
Nový obor


Metagenomika: aplikace genomiky na nekultivovatelné mikroorganismy
•Nekultivovatelných mikroorganismů je většina (99%) a jsou potenciálním zdrojem průmyslově
využitelných enzymů
•Geny kódující tyto enzymy můžeme klonovat aniž bychom kultivovali organismus
•(Genomika: vědní oblast molekulární biologie zabývající se molekulární organisací a strukturou
genomu)
•
•

Z určitého vzorku
•půda, gastrointestinální trakt, žaludek přežvýkavců, mraveniště termitů, vzorky sedimentů, mořská
voda, nafta, potraviny, bioreaktory
•můžeme izolovat DNA (bez kultivace buněk) a tu analyzovat
•

Metagenom
•Izolované genomy (DNA) všech organismů v určitém vzorku prostředí v určité době
•

Postupy metagenomové analýzy
•Izolace DNA ze vzorků prostředí a její štěpení nukleázami
•Klonování DNA ve vhodném vektoru (plasmidy, kosmidy, BAC vektory)
•Transformace do odpovídajících buněk E. coli a konstrukce metagenomové banky (knihovna)
•Sekvenční analýza klonů
•Vyhledávání v databázích – in silico analýza
•Funkční analýza klonů
•

Knihovna metagenomová
•Soubor klonovaných fragmentů  připravených štěpením DNA izolované z určitého vzorku prostředí v
určité době
•

Konstrukce a skríning metagenomové knihovny
•Obr.