Vážení studenti,


došlo k mírné změně - sekvence DNA borélií z pozitivních klíšťat si zkusíte vyhodnotit sami (viz.
návod níže). Pokud byste měli nějaké problémy či nejasnosti, obraťte se na mě.


Alena Hloušková




Jak na to..


1. Webová stránka      http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


2. Basic BLAST - zvolte program nucleotide BLAST


3. Enter Query Sequence – vložte sekvenci


4. Choose Search Set - zatrhněte Others (nr etc.)


5. Klikněte na



Ve výsledné tabulce najdete podle parametru Max indent druh borélie, který se nejvíce shoduje s
„vaší“ sekvencí (čím více procent, tím lépe). Pokud by se v procentech shodovaly dvě a více
sekvencí, lépe na tom je ta s vyšším skóre J


Pozn. Ve výsledných sekvencích na následujících stránkách se vyskytují báze psané malým písmenem.
Ty jsem doplňovala manuálně, ale všechny nebylo možné správně vyhodnotit a doplnit vzhledem k tomu,
že mnohokrát „jelo“ několik sekvencí zároveň. Pro identifikaci borélie to ovšem postačuje.




















Pondělní skupina:


vzorek č.4:


AATGTTTGATTTTCCCCCAGTCTTTTCGCAGCGGACCACGACCTTCTTCGCCTTAAAGCTCCTAGGCATTCACCATAGCACTCTTATTACTTTGACCAT
ATTTTTATCTTCCATCTCTATTTTGCCAATTTGTTTATACAACATAGAATAATATATATCTTTGTTTGATCCATGTCAGTATATATATTATTTTTTATA
TTATTTGAATGAAACATTCAAATAATATAAACATTTAAAAAATAAATTCATGATTTAAAGTATAAAATAAAAACCCTGGCAATAACTTACTCTCCCGCG
AACTCGCCGCACCATCAGCGAATAAGAGCTTAACTTCTGCGGTCGGCATGATGACAGGTGTTGCCTCTTTTCTTCAACCACCAGGGGTTTTATAAGGAA
GATGAAAATATGGCCAACGACACGGCGGAGGTGGGGGCTTTTATATTATTTTTTGGGGGGGGTTTAAAAAGAAAAATTTCGCCC


vzorek č.5:


AGTTTGCTTCTCCCCCCAACTTTTTTGAAGCTTTAACACTAACTCTTATTTTCTTAAAGTATTTAGGCAATTACCATATACAACAATTACCTTGACCAT
ATTTTTATCTTTCATCTCTATTTTGCCAATTTGTTTATACAACATAGAATAATATATATCTTTGTTTAATCCATGTCAATATATATATTATTTTTTATA
TTATTTGAATGTTTTATTCAAATAATATAAACATTTAAAAAATAAATTCAAGGTTTAAAGTATAAAATAAAAACCCTGGCAATAACTTACTCTCCCGCG
AACTCGCAGTACCATCAGCGAATAAGAGCTTAACTTCTGTGGTCGGAATGATAACAGGTGTTGCCTCTTTTCTTTAACCACCACGGTTTTATAAGGAAG
ATAAAAATATGGTCAAAGACACCGCGGACGTTGGTGGTGGCCGAGGAGCTGCAAGGCGGAGAAGGTGGTGGTGGGCTGCGGAGAGCTGGGGGGGGGGAG
CAGACATTTATTGATCCCAAGATTACCGAAATGGAGGA


vzorek č.6:


CACGTTTACTCTCTTACTCTTTCATCTTCTATAATCTATCTATGCCTATTTGTTAATCCAACATAACTTAATATATATCTTTGTCTAATATATGTATTT
TGCCTTTTATTTATACAACATAGAATAATATATATCTTTGGTGAATCCATGTCAATATATATATTATTTTTTATATTATTTGAATAAAACATTCAAATA
ATATAAACGTTTAAAAAATAAATTCAAGGTTTAAAGTATAAAATAAAAACCCTGGCAATAACTTACTCTCCCGCCAACTCCCAGTACCATCAGCGAATA
AGAGCTTAACTTCTGCGGTCGGAATGATAACAGGTGTTGCCTCTTTTCTTTAACCACCACGGTTTTTATAAGGAAGATAAAAATATGGCCAAAGACGCC
GGGGGCGTGGTGGTGGCCGCGGAGGTGCTTGGCGGCGAGGTGGTGGTGGGCTGCGGCGAGCTGGGGGGAGGAGCAGCCATTTATTGATCCCAAGATTAC
CGAATGGG


vzorek č.11:


ATGATCCCCATAGTCTCTTATTACCTTGACCTATTTTTATCTTCCATCTCTATTTTGCCAATTTGTTTATACAACATAGAATAATATATATCTTTGTTT
AATCCATGTCAATATATATATTATTTTTTATATTATTTGAATGTTTTATTCAAATAATATAAACATTTAAAAAATAAATTCAAGGTTTAAAGTATAAAA
TAAAAACCCTGGCAATAACTTACTCTCCCGCGAACTCGCAGTACCATCAGCGAATAAGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGAATGATGACAGGAGGAGGCCT
TTTGGCGAACAACGTCGTGGTTATAAGGAAGATAAAAATATGGCCAACGACACGGCGGACGATTTTTTTTT


Úterní skupina:


vzorek č.1:


nečitelná sekvence L


vzorek č.4:


AGGGGAGTGATTAGTTTGCTTTTCCCCAgCTTTTCGCAGCTTACTACGATCTTCTTCGCCTTAAAGCTCCTAGGCATTCACCATAGACTCTTATTACTT
TGACCATATTTTTATCTTCCATCTCTATTTTGCCAATTTGTTTATACAACATAGAATAATATATATCTTTGTTTAATCCATGTCAATATATATATTATT
TTTTATATTATTTGAATAAAACATTCAAATAATATAAACATTTAAAAAATAAATTCAAGATTTAAAGTATAAAATAAAAACCCTGGCAATAACTTACTC
TCCCGCGAACTCGCAGTACCATCAGCGAATAAGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGAATGATAACAGGTGTTTCCTCTTTTCTTTAACCACCAGGGTTTTTA
TAAGGAAGATAAAAATATGGCCAAAGACACGG


vzorek č.6:


TTATTACTTTGACCTATTTTTATCTTCCATCTCTATTTTGCCATTTGTTTATACAACATcAGaAATAATATATATCTTTGcTTTAATCCATGcTcCAAg
TATATATATTATTTTTTATATTATTTGAtATAgAAACATTCAAtATAATATAAACATTCAAAAAATAAATTCAAGATTTAAAGTATAAAATAAAAACCC
TcGGcCAgAgTAACTTACTCTCCCGcCgCAACgTCGCAGTACCATCAGCGAATAAGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGAATGA


vzorek č.9:


TTATTACTTTGACCTATTTTTATCTTCCaTCTCTATTTTGCCATTTATTTATACAACATAAAATAATATATATCTTTGTTTAATACATGTcCAAgTATA
TATTTTATTTTTTATGTTATgTTAAACAACACATTCAAAAACACCAATATTTAAAAAACATAAAAATAAAATCAAAGTTTAAAGTATAAAAATAAAAAC
CCTGGCAgAgTAACCTACTCTCCCGcCGcAACgTCGCAGTACCATCAGCGAATAAGAGCTTAACTTCTGTcGTgTCGGAATGATGACAGGAGGAG
















Středeční skupina:


vzorek č.3:


nečitelná sekvence L


vzorek č.8:


TGCTTCCTAGGCCTTCCCaTTAGACTTCTtTAaTTACTTTTGACCTTATTTTTTTATCTTCCATCTCTATTTTGCCAATTTGTTCATACAACATAGAAT
AATATATATCTTTGTTTAATCCATGTCAATATATATATTATTTTTTATATTATTTGAATGTTTTATTCAAATAATATAAACACATTTAAAAAATAAATT
CAAGGTTTAAAGTATAAAATAAAAACCCTGGCAATAACTTACTCTCCCGCGAACTCGCAGTACCATCAGCGAATAAGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGAA
TGATA


vzorek č.9:


nečitelná sekvence L