Tříbodové mapování
Chrumosome 4
Podmínky pro tříbodové mapování:
1) jeden z rodičů je heterozygot ve všech třech mapovaných genech
2) druhý rodič je recesivní homozygot ve všech třech mapovaných
genech
3) k dispozici máme dostatečně velké potomstvo těchto rodičů tak,
abychom zachytili i potomky s dvojnásobným crossing-overem
Příklad 1
U kukuřice je alela an (antber ear), br (brachytic) a f(ftne stripe) všechny na chromozomu 1. Z údajů v tabulce určete pořadí genů na chromozomu a mapové vzdálenosti mezi nimi, Namalujte genetickou mapu této části chromozomu,
Fenotyp potomstva	Počet
+ + +	38
+ + f	21
+ br +	2
+ brf	339
an + +	355
ar: + f	2
an br +	17
an br f	55
celkem	879
mark-er nameDDBJ ID No.
C 445 321B45 C13/ FH iv
DI 5317 D24571 DI 5117
DZ4145
Díra 17
D25421 D25331
D1475J.D147S5 D24GÍ6
D25451
D1WE6
Dl 3595. D147Í7
D15Ü76 D245Í7
U3-K1-
Postup:
Tříbodové mapování
1) Rozdělení jedinců do tříd podle četnosti crossinq-overu
- DCO (double c.-o.), SCO (single c.-o.) a NCO (non c.-o. -rodičovská kombinace).
DCO
+ br + an + f
NCO
+ brf an + +
2 2
339 355
tedy 4 jedinci z 879, tj. 0,46 %
78,95 %
Fenotyp potomstva Počet
+ + + SS
+ + ř 21
+ br + 2
+ brf 339
an + + 355
an + f 2
an br + 17
an br f 55
celkem 879
SCO
+ + + an br f
88 55
16,27 %
SCO
+ + f
an br +
21 17
4,32 %
Postup:
Tříbodové mapování
2) Stanovení pořadí genů na chromozomu
- u rodičovského uspořádání provedeme dvojitý crossing-over a porovnáváme, zda-li se takto vzniklé kombinace skutečně vyskytly v DCO potomstvu
testujeme:
+    br f
X X
an    + +
+ + f
abr +
+ + f se ve třídě DCO nevyskytuje (je tam a + f) = toto pořadí tedy není správné
prohodíme pozice genů an a br a testujeme:
br    + f
X X
+    an +
br an f
+ + +
ani br an f se ve třídě DCO nevyskytuje, tedy ani toto pořadí není správné
DCO			
+ br +	2		
an + f	2	0,46 %	
NCO			
+ br f	339		
an + +	355	78,95 %	
SCO			
+  + +	88		
an br f	55	16,27%	
SCO			
+ + f	21		
an br +	17	4,32 %	
zaměníme tedy pozice genů anafatestujeme:
br    f   + br + +
^    ^ * br + + se ve třídě DCO vyskytuje, tedy nalezli
+    +   an + f an isme správně poradí £enň br - f - an
Postup:
3) Vypočet vzdálenosti genů mezi sebou.
- vzdálenost mezi dvěma geny určíme jako součet četností SCO mezi těmito dvěma geny a DCO.
br-f
- nejdříve si určíme správnou třídu SCO, testujeme tedy jednoduchý c.-o. na rodičovském uspořádání:
Tříbodové mapování
br    f +
X
+    + an
br + an
+ f +
- vzdálenost určíme jako:
SCO (br + an) + DCO = 4,32 + 0,46 = 4,78 cM
f-an
DCO		
+ br +	2	
an + f	2	0,46 %
NCO		
+ brf	339	
an + +	355	78,95 %
SCO		
+  + +	88	
an br f	55	16,27 %
		
SCO		
+ + f	21	
an br +	17	4,32%
		
Pořadí NCO		
br f + + + an
SCO (br f an) + DCO = 16,27 + 0,46 = 16,73 cM
4) Obrázek genetické mapy:
br f
Konstrukce genetické mapy formou hry - celkem 8 úrovní
- lze využít jako rozcvičku k příkladu 4 ze skript
Recombination Frequencies
12% between A and B. 8% between C and B. 4% between A and C.
Done
B
31
Vři
Back to Games Area
Vyžaduje Java(TM)