Úloha 2 25.10.2011
Výběr excitačních laserů a emisního filtru
Přijeli jste na výzkumný pobyt do významné zahraniční laboratoře. Její vedoucí Vás
provedl po laboratořích a ukázal mimo jiné scanner pro fluorescenční snímání gelů.
Po úvodním pohovoru Vás nový vedoucí vyzval, abyste sepsali seznam vybavení,
které budete pro svůj výzkum potřebovat.
Protože budete používat fluorofor A, potřebujete zjistit, zda je možné na stávajícím
scanneru excitovat a selektivně detekovat fluorescenční emisi Vašeho fluoroforu.
Excitační vlnové délky instalovaných laserů jsou 473 nm, 532 nm, 635 nm.
Instalované „long-pass“emisní filtry jsou 510 LP, 575 LP, 665 LP.
1) Jaký stávající laser byste použili pro excitaci Vašeho fluoroforu?
2) Laser o jaké vlnové délce emitovaného záření byste případně dokoupili pro
dosažení maximální intenzity fluorescence a tedy i citlivosti pro Váš fluorofor?
Vyberte prosím dostupný laser z nabídky aplikace SpectraViewer.
3) Který nainstalovaný emisní filtr „long-pass“ by byl použitelný pro detekci
fluorescence Vašeho fluoroforu?
4) Jaký “band-pass“ filtr s šířkou pásu 20 nm byste objednali, aby byla detekce
Vašeho fluoroforu optimální. Napište hodnotu střední vlnové délky lomenou
šířkou pásma
(např. 530/20).
Pro zjištění spektrálních charakteristik fluoroforu a navrhování “band-pass“ filtru
použijte aplikaci SpectraViewer
http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/support/Research-Tools/Fluorescence-
SpectraViewer.html
Pozn.: Pro spuštění aplikace je nutno mít nainstalované rozšíření prohlížeče Java.
Pro aktualizaci zobrazení spekter a filtrů klikněte dvakrát za sebou na
“Toggle Excitation Display”.
Fluorofor A naleznete níže v tabulce u svého jména.
Vaše odpovědi mi prosím zašlete emailem do 48 hodin.
Správná odpověď = 0.5 bodu.
A
1 Didi, Vojtěch Fluorescein (antibody conjugate)
2 Gelová, Zuzana 5 ROX (carboxy X rhodamine)
3 Institoris, Jakub Acridine Orange
4 Jaške, Karin GFP
5 Kocur, Tomáš Lucifer Yellow
6 Konečná, Jana 5 FAM (carboxyfluorescein)
7 Muchová, Veronika 6 JOE
8 Nečasová, Ivona AlexaFluor 488 (oligo conjugate)
9 Novosadová, Soňa Cy3 dye (antibody conjugate)
10 Orság, Petr Oregon Green 514 (antibody conjugate)
11 Plch, Johana Cy5 dye (antibody conjugate)
12 Plucnara, Medard Propidium iodide
13 Prát, Tomáš YOYO-1
14 Reichman, Pavel SYBR Green-1
15 Skoupilová, Hana YFP
16 Stejskal, Karel SYBR Gold
17 Šafránková, Barbora FITC (antibody conjugate)
18 Špaček, Jan SYPRO Ruby
19 Voráč, Aleš RFP
20 Zouharová, Monika Tetramethylrhodamine dextran