Úloha 3 20.11.2011 Rozlišení mutantů Při prvním experimentu v biotechnologické laboratoři BTP (Biotechnology for purification) dostáváte za úkol rozlišit dvě mutantní varianty X1 a X2 proteinu, který se používá k rozkladu nebezpečných látek v pitné vodě. Omylem došlo k záměně štítků na reakčních rezervoárech s enzymy. Jste informováni o tom, že oba typy enzymu obsahují jeden tryptofan. Víte, že mutant X1 má tryptofan umístěn výrazně blíže k povrchu a je tedy více v kontaktu s okolním roztokem, než je tomu v případě druhé varianty proteinu X2. Při řešení tohoto úkolu, důležitého pro obnovení dodávek pitné vody obyvatelům v oblasti sužované suchem, jste využili své znalosti o zhášení fluorescence. Víte, že ze závislosti intenzity fluorescence na koncentraci zhášedla se dá určit, u kterého z proteinů je tryptofan blíž povrchu a takto proteiny identifikovat. Pro zhášení fluoroforu platí základní Stern-Volmerova rovnice: kde F0 je intenzita fluorescence bez přítomnosti zhášedla, F je intenzita fluorescence za přítomnosti zhášedla, KSV je Stern-Volmerova konstanta a [Q] je koncentrace zhášedla. Provedli jste měření intenzity fluorescence proteinů odebraných z rezervoárů A a B. Intenzita fluorescence byla změřena bez přítomnosti zhášedla. Následně jste provedli s každým proteinem měření závislosti fluorescence na postupně vzrůstající koncentrací zhášedla - akrylamidu. Naměřené hodnoty jsou v tabulce níže. Sestavte Stern-Volmerův graf pro závislost relativního úbytku fluorescence na koncentraci akrylamidu a odpovězte na následující otázky. 1. Je akrylamid zhášedlem dynamickým nebo statickým? 2. Jaké jsou konstanty KSV příslušné jednotlivým mutantním variantám enzymu? 3. Rozhodněte, ve kterém z rezervoárů je enzym X1. Stručné odpovědi mi společně s grafem zašlete emailem. Správná dílčí odpověď = 0.5 bodu. ][10 QK F F SV X1 X2 rezervoár Koncentrace akrylamidu [M] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 1 Didi, Vojtěch A 944 911 891 870 853 834 B 944 794 697 621 560 510 2 Gelová, Zuzana A 977 943 922 901 883 864 B 977 822 722 643 580 528 3 Institoris, Jakub A 940 908 887 867 850 831 B 940 791 694 619 558 508 4 Jaške, Karin A 951 918 898 877 860 841 B 951 800 703 626 565 514 5 Kocur, Tomáš A 960 927 907 886 868 849 B 960 808 709 632 570 519 6 Konečná, Jana A 986 952 931 910 891 872 B 986 830 729 649 585 533 7 Muchová, Veronika A 938 906 886 865 848 829 B 938 790 693 617 557 507 8 Nečasová, Ivona A 957 924 903 882 865 846 B 957 805 707 630 568 517 9 Novosadová, Soňa A 986 952 931 910 891 872 B 986 830 729 649 585 533 10 Orság, Petr A 975 942 921 899 881 862 B 975 821 720 642 579 527 11 Plch, Johana A 981 947 926 905 886 867 B 981 825 724 646 582 530 12 Plucnara, Medard A 957 924 903 882 865 846 B 957 805 707 630 568 517 13 Prát, Tomáš A 936 904 884 864 846 828 B 936 788 692 616 556 506 14 Reichman, Pavel A 994 959 938 917 898 878 B 994 836 734 654 590 537 15 Skoupilová, Hana A 984 950 929 908 890 870 B 984 829 727 648 584 532 16 Stejskal, Karel A 962 929 908 887 870 851 B 962 810 711 633 571 520 17 Šafránková, Barbora A 964 931 910 889 871 852 B 964 811 712 635 572 521 18 Špaček, Jan A 953 920 900 879 861 842 B 953 802 704 627 566 515 19 Voráč, Aleš A 970 936 915 894 876 857 B 970 816 716 638 575 524 20 Zouharová, Monika A 997 963 942 920 901 882 B 997 839 737 656 592 539