Hypotéza: Ochorenie je asociované s mutáciou v géne

Začnite rozmýšľať, akú tému si vyberiete pre Váš individuálny projekt, ktorý budete prezentovať pri skúške. Vašou úlohou je vymyslieť si hypotézu, ktorá sa dá testovať pomocou zostrojenia fylogenetických stromov. Hodnotení budete za správnosť vytvoreného alignmentu, analýzy maximálnej vierohodnosti (maximum likelihood), Bayesiánskej inferencie a za interpretáciu stromu vo vzťahu k zvolenej hypotéze.

Každý individuálny projekt musí byť dopredu schválený. Vložte preto do balíka tém Individuálny projekt:

1. Hypotézu, ktorú budete riešiť (názov témy) - 4 body.
2. Modelové ogranizmy a gény (zadanie).
3. Prístup k sekvenciám, ktoré plánujete použiť (accession numbers, sekvencie vo fasta formáte vložte do Odevzdávárny - 2 body).

Rozsah datasetu by nemal prekročiť 50 tisíc nukleotidov a mal by sa skladať aspoň z 20 sekvencií (Pozor! Nie 20 sekvencií po 50000 nukleotidov.).

Inšpiráciu môžete hľadať cez Web of Knowledge alebo Google Scholar s heslami phylogeny, evolution, a pod.

Konzultácie k individuálnym projektom budú po zbytok semestra na konci cvičenia, keď budete mať vypracované úlohy.

Termín: do 30.11. musí byť schválené zadanie vložené do ISu. Od 1.12. pridelím pre tých, ktorí ešte nebudú mať schválený individuálny projekt, zadanie. Bude zložité.