Analýza sekvencí DNA
09 Genetické vzdialenosti, substitučný model
Pred začatím hodiny vyplňte prosím Odpovědník. Obsahuje otázky na pochopenie pojmov z prednášok 06 až 08 za 6 bodov. Za nezodpovedanú otázku sa odrátavajú 2 body. Veľa zdaru!
Hypotéza: Substitučný model, ktorý detailne modeluje zmeny v sekvencii DNA, nie je vhodný na určenie genetických vzdialeností u hranostajov v Európe.
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/1431/podzim2011/Bi7492/um/09vzdialenosti.pdf
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/1431/podzim2011/Bi7492/um/data/Mustela.phy
Výber substitučného modelu v programe Modelgenerator. V Command programe sa potrebujete dostať do zložky, kde je uložený Modelgenerator a alignment pomocou príkazu cd adresar, názov by sa mal dať dokončiť pomocou tabulátora, o úroveň vyššie sa vrátite príkazom cd.., počet kategórií pre určenie alfa parametra gamma rozdelenia zvoľte ako číslo medzi 4 a 12.
Zadanie pre individuálny projekt do 30.11. Podrobné informácie v osnove pre prednášku 07.
Pozor, mením pravidlá!
Vytvorenie hypotézy (4 body) a zostavenie datasetu pre Individuálne projekty (2 body) bude bodované namiesto jedného testu.
Individuálny projekt
Do 30.11. zaveďte hypotézu individuálneho projektu do balíku tém Bi7492, zoznam druhov a génov a prístupové čísla sekvencií (accesssion numbers). Sem vložte sekvencie vo fasta formáte, ktoré budete používať. Podrobné inštrukcie nájdete v interaktívnej osnove pre prednášku 07. Vypracovaný projekt prinesiete na skúšku.