Analýza sekvencí DNA
11 Maximálna vierohodnosť
Tento týždeň nebude bodovaný test, ale vaša ochota vymyslieť si hypotézu a zostaviť dataset pre individuálny projekt.
Hypotéza: Jedlé druhy mrkvovitých rastlín sú fylogeneticky príbuzné.
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/1431/podzim2011/Bi7492/um/11ML.pdf
Analýza maximálnej vierohodnosti v RAxML. PHYLIP formát pre RAxML získate konvertovaním na stránke Alter.
Termíny skúšky sú 19.12.2011 a 9.1.2012 od 9:00. Požiadavky nájdete v popise termínu a bodovaciu škálu na úvodnej stránke tejto osnovy.
Pozor! Zadanie pre individuálny projekt musí byť schválené a v ISe do 30.11. Po tomto termíne budem náhodne priraďovať zložité projekty. Podrobné informácie v osnove pre prednášku 07. Vytvorenie hypotézy (4 body) a zostavenie datasetu pre Individuálne projekty (2 body) bude bodované namiesto jedného testu.
Individuálny projekt
Do 30.11. zaveďte hypotézu individuálneho projektu do balíku tém Bi7492, zoznam druhov a génov a prístupové čísla sekvencií (accesssion numbers). Sem vložte sekvencie vo fasta formáte, ktoré budete používať. Podrobné inštrukcie nájdete v interaktívnej osnove pre prednášku 07. Vypracovaný projekt prinesiete na skúšku.