PROKARYOTICKÁ BUŇKA
EUKARYOTICKÁ BUŇKA - ŽIVOČIŠNÁ
EUKARYOTICKÁ BUŇKA - ROSTLINNÁ
HIERARCHIE
BIOLOGICKÝCH
STRUKTUR
C
H
NH2
R COOH
CH3
CH2CH
H3C
H3C
N
CH2
H
CH
OH
H3C
H2N CH2 CH2 CH2 CH2
CH3 S CH2 CH2
HOOC CH2 CH2
HS CH2
CH2HOOC
CH2HO
C CH2
O
CH2
H2N
C CH2
O
H2N
CH
H3C
H3C
CH2HO
CH2
C NHH2N
NH
CH2 CH2 CH2
NHN
CH2
CH2 CH2
CH2 CH
NH
COOH
Gly
Ala
Val
Leu
Ile
Trp
Phe
Tyr
Ser
Thr
Cys
Met
Asp
Glu
Asn
Gln
Lys
Arg
His
Pro
CH2HSe
SeCys
CH
CH2
H3C
H3C
PŘEHLED AMINOKYSELIN
I. DISOCIACE KARBOXYLOVÉ SKUPINY A AMINOSKUPINY
pKa1 pKa2
R-CH-COOH ⇔ R-CH-COO- ⇔ R-CH-COO
 
NH3
+ NH3
+ NH2
II. DISOCIACE BOČNÍHO ŘETĚZCE
pKa3
1. -R nedisociuje
2. -RH ⇔ -R- KYSELÉ AK: protonovaná forma je nenabitá
3. -RH+⇔ -R BAZICKÉ AK: protonovaná forma je kladně nabitá
Typ disociace bočního řetězce a jeho náboj při daném pH lze rozlišit pouze na
základě znalosti jeho chemické struktury!!!
DISOCIACE AMINOKYSELIN
AK pKa1 pKa2 pKa3=pKa bočního řetězce
• Ala 2.3 9.9
• Gly 2.4 9.8
• Phe 1.8 9.1
• Ser 2.1 9.2
• Val 2.3 9.6
• Asp 2.0 10.0 3.9 -COOH
• Glu 2.2 9.7 4.3 -COOH
• His 1.8 9.2 6.0 -imidazolium
• Cys 1.8 10.8 8.3 -SH
• Tyr 2.2 9.1 10.9 -fenol
• Lys 2.2 9.2 10.8 -NH3+
• Arg 1.8 9.0 12.5 -guanidinium
• Asn 2.0 8.8
• Gln 2.2 9.1
• Trp 2.4 9.4
• Leu 2.4 9.6
• Ile 2.3 9.6
• Met 2.3 9.2
• Thr 2.2 9.1
• Pro 2.0 10.6
NH2
+
N
CH2
C NHH2N
NH2
+
CH2 CH2 CH2
DISOCIAČNÍ KONSTANTY AMINOKYSELIN
TITRAČNÍ KŘIVKA GLYCINU
PŘEHLED
MONOSACHARIDŮ
VYBRANÉ
DISACHARIDY
UZAVÍRÁNÍ CYKLU: ALDOSY
UZAVÍRÁNÍ CYKLU: KETOSY
VYBRANÉ
CHEMICKÉ VLASTNOSTI
MONOSACHARIDŮ
PRIMÁRNÍ
STRUKTURA
NUKLEOVÝCH
KYSELIN
G
Provede se štěpení před:
G (DMS/∆T)
G+A (H+/∆T)
C (hydrazin, 5M NaCl)
C+T (hydrazin)
Příklad:
5´ 3´
32P-TGTAGGAGCT
Štěpení před G (DMS/∆T) vede ke vzniku fragmentů:
32P-TGTAGGAGCT
32P-TGTAGGAGCT
32P-TGTAGGAGCT
32P-TGTAGGAGCT
K jiným souborům fragmentů povedou štěpení před G+A, před C a před C+T.
MAXAM-GILBERTOVA METODA SEKVENOVÁNÍ
NUKLEOVÝCH KYSELIN
MAXAM-GILBERTOVA METODA SEKVENOVÁNÍ
NUKLEOVÝCH KYSELIN
DETEKCE FRAGMENTŮ SEPAROVANÝCH ELEKTROFORÉZOU
NA FOSFOIMAGERU
(detekce radioaktivity - vizualizovány jsou pouze 32P značené fragmenty)
G+A G C+T C
________________________________ start
____
____ ____
____ ____
____
____
____ ____
____
____
____
____ ____
____ ____
____ ____
____
____
____