V tabulkách máte hodnoty Ct (bod přechodu křivky do exponenciální fáze) pro oba geny, ze kterých si
spočítáte jejich míru exprese. Jelikož níže uvedené výpočty platí pouze pro srovnání referenčního
genu (housekeeping) a vyšetřovaného genu (ten zde není), provedete výpočty alespoň pro porovnání
exprese housekeep. genů vůči sobě.

Z Ct hodnot je na první pohled zřejmé, že GAPDH se v podstatě u všech exprimuje více než β-aktin.
K tomu ještě využijete všechny 3 vzorce v upravené podobě (červeně). Do výrazu ΔCt [testovaného
vzorku] dosadíte nejnižší hodnotu ΔCt v rámci vaší skupiny a do výrazu

ΔCt [kontrolního vzorku] dáte svoji hodnotu ΔCt – vyjde vám záporné číslo, které dosadíte do vzorce
pro R. Exponent bude kladný, protože ΔΔCt je záporné, tedy R = 2^-(-ΔΔCt). Výsledné číslo pak udává
kolikrát více se exprimuje GAPDH než β-aktin v rámci hodnot vaší skupiny.


Ten, kdo bude mít ve skupině nejnižší ΔCt, může do výsledků použít hodnoty někoho jiného se
zmínkou, že jeho hodnota posloužila k výpočtu ΔΔCt.


Těm, kterým PCR nevyšla můžou k modelovému výpočtu použít hodnoty někoho jiného.


Snad je to trochu srozumitelné…jinak to udělat nejde, tak aspoň takto.


Pod tabulkama máte také fotky křivek obou genů.




Původní vzroce:

R = 2 ^–ΔΔCt

kde:

ΔΔCt = ΔCt [testovaného vzorku] – ΔCt [kontrolního vzorku]

ΔCt [testovaného vzorku] = Ct [cílového (target) genu] – Ct [housekeeping][ genu]

[ ]

Přizpůsobené vzorce:

R = 2 ^–ΔΔCt

kde:

ΔΔCt = ΔCt [nejnižší hodnota v rámci skupiny] – ΔCt [vaše hodnoty]

ΔCt = Ct [β-aktin ]– Ct [GAPDH]





Úterý


                                             Vzorek č.

                                           β-aktin (Ct)

                                             GAPDH (Ct)

                                                 1

                                               43.50

                                               33.49

                                                 2

                                               37.33

                                               36.05

                                                 3

                                               31.05

                                               29.49

                                                 4

                                               33.75

                                               30.00

                                                 5

                                               31.32

                                               29.04

                                                 6

                                                 X

                                               35.21

                                                 7

                                               33.13

                                               30.24

                                                 8

                                               37.36

                                               28.01

                                                 9

                                                 X

                                                 X

                                                10

                                                 X

                                                 X

                                                11

                                               32.30

                                               28.53

                                                12

                                               37.80

                                               31.86

                                                13

                                               30.46

                                               29.30

                                                14

                                               36.41

                                               33.07





Středa


                                             Vzorek č.

                                           β-aktin (Ct)

                                            GAPDH (Ct)

                                                 1

                                               32.29

                                               32.09

                                                 2

                                               37.17

                                               34.15

                                                 3

                                               34.48

                                               32.50

                                                 4

                                                 X

                                                 X

                                                 5

                                               41.40

                                               37.67

                                                 6

                                                 X

                                                 X

                                                 7

                                               35.83

                                               30.59

                                                 8

                                               34.57

                                               27.73

                                                 9

                                               36.05

                                               33.98

                                                10

                                               34.68

                                               36.16

                                                11

                                                 X

                                               30.92



Čtvrtek


                                             Vzorek č.

                                           β-aktin (Ct)

                                            GAPDH (Ct)

                                                 1

                                               32.99

                                               30.91

                                                 2

                                               38.78

                                               34.94

                                                 3

                                               31.23

                                               29.40

                                                 4

                                               35.38

                                               31.50

                                                 5

                                               32.79

                                               32.47

                                                 6

                                               32.31

                                               37.75

                                                 7

                                               45.00

                                                 X

                                                 8

                                               30.78

                                               27.49

                                                 9

                                               31.81

                                               30.98

                                                10

                                                 X

                                                 X

                                                11

                                               29.04

                                               28.08

                                                12

                                               38.56

                                               27.64

                                                13

                                               26.88

                                               38.45

                                                14

                                               33.00

                                               31.85

                                                15

                                               29.82

                                               27.46

                                                16

                                               31.51

                                               28.58






Pátek


                                             Vzorek č.

                                           β-aktin (Ct)

                                            GAPDH (Ct)

                                                 1

                                               32.04

                                               29.57

                                                 2

                                               32.28

                                               29.11

                                                 3

                                                 X

                                               30.23

                                                 4

                                               30.56

                                               28.54

                                                 5

                                               29.89

                                               30.80

                                                 6

                                               31.64

                                               31.71


Úterý – β-aktin






Úterý - GAPDH




Středa – β-aktin




Středa – GAPDH



Čtvrtek – β-aktin





Čtvrtek – GAPDH




Pátek – β-aktin






Pátek – GAPDH