Harmonogram - úprava •25.9. – úvod, plán semestru, podmínky zápočtu. Studium literatury, vyhledávání literatury, databáze, knihovny, citace, Dr. Procházková •9.10. - principy psaní bakalářské a diplomové práce (členění, styl, pravidla), Dr. Procházková •!16.10. příprava publikace – typy publikací, členění a rozbor jednotlivých částí publikace, pravidla a zásady pro psaní, výběr vhodného časopisu a proces recenzního řízení, Dr. Procházková •6.11. - začátek práce v nové laboratoři, plánování a provádění experimentů, pracovní hypotézy, vedení poznámek – laboratorní sešit, komunikace v laboratoři, Dr. Hyršlová Vaculová •20.11. - prezentace výsledků na konferenci – přednáška, poster + panelová diskuse, Dr. Hyršlová Vaculová •4.12. - žádosti o granty, stipendia, studijní pobyty, konference – tuzemské, zahraniční, životopis, uplatnění v praxi, Dr. Hyršlová Vaculová •11.12. - prezentace studentů, hodnocení, účast povinná na obou termínech, Dr. Procházková, Dr. Hyršlová Vaculová Zdroje a vyhledávání informací pro vědeckou práci Mgr. Jiřina Procházková, Ph.D. jipro@sci.muni.cz •Zdroje informací •knihovny (http://aleph.muni.cz/F) •internetové databáze •ostatní (osobní kontakt, žádost o článek…) • •Typy informací •současný stav dané problematiky •statistické údaje (WOS) •praktické informace •grafická data Principy vyhledávání •Boolean (http://searchenginewatch.com/showPage.html?page=2155991) • AND, OR, NOT, NEAR, () • př.: PubMed • •Search Engine Math • (http://searchenginewatch.com/showPage.html?page=2156021) –+,-,““ (pozor na umístění mezery, např. +cell +cycle) (hierarchie) – př.: Google • •Další detaily na •http://searchenginewatch.com/showPage.html?page=2156031 • •Používání zástupných symbolů (PubMed *, aleph ?, IS %) • Současný stav dané problematiky •PubMed •http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi – export a ukládání dat (Clipboard, My NCBI account) • •Informační systém MU •http://library.muni.cz/ezdroje – abstrakty, fulltexty, seznamy fulltextových časopisů, knih – jedno rozhraní pro vyhledávání – – PubMed – co všechno můžete hledat Obtain the full text of an article Find articles about a topic similar to that in a given article Find bioassays in which a given drug is active Find bioassays that test a particular disease or protein target Find expression patterns Compare protein homologs between two microbial genomes View/download features around an object or between two objects on a chromosome Download the complete genome for an organism Find sequenced genomes, including those in progress, for a taxonomic group Find a homolog for a gene in another organism View the 3D structure of a protein Align two or more 3D structures to a given structure Find the function of a gene or gene product Find transcript sequences for a gene Run BLAST software on a local computer Design PCR primers and check them for specificity Obtain genomic sequence for/near a gene, marker, transcript or protein Find the complete taxonomic lineage for an organism Generate a Common Tree for a set of taxa Learn about the basics of molecular biology and bioinformatics Save text searches and set up automated searches with E-mailed results View a mutation site in a 3D structure View all SNPs associated with a gene View genotype frequency data for a gene, disease or SNP Find genes associated with a phenotype or disease Find human variants associated with a phenotype or disease as reported in the literature Find human variants with a clinical association in the SNP database Submit data to NCBI Submit sequence data to NCBI Jak pracovat s PubMedem Vyhledávání konkrétního článku Odborné vs. lidové termíny Osobní stránka databáze My NCBI Uchovávání vyhledávaných výsledků, statistika Really Simple Syndication – buď přehledný formát výsledku hledání, nebo možnost zasílání aktualizací (RSS čtečka) Základní stránka pro el. zdroje na PřF Databáze na Př.F. MU D D D D D D D D Novinky a zkušební přístupy http://www.sci.muni.cz/web/main.php?stranka=319840&podtext=E0 Připojování se z PC mimo síť •nutná registrace v is.muni.cz • •proxy http://library.muni.cz/ezdroje/proxy_podrobne.html –https://inet.muni.cz/auth/login – – •VPN https://vpn.muni.cz/ • - Vytvoření „tunelu“ mezi MU sítí a osobním PC Vyhledávání fulltextů http://sfx.muni.cz/sfxlcl3/az/MUNI?¶m_sid_save=4755fcf90289d4c71e4fa89a273169db¶m_chinese_c heckbox_type_save=Pinyin¶m_lang_save=cze¶m_letter_group_save=¶m_perform_save=locate&par am_letter_group_script_save=¶m_chinese_checkbox_save=0¶m_services2filter_save=getFullTxt&pa ram_services2filter_save=getSelectedFullTxt¶m_current_view_save=table¶m_jumpToPage_save=1&p aram_type_save=textSearch¶m_textSearchType_save=contains¶m_ui_control_scripts_save=&¶m_ perform_value=citation • http://web.ebscohost.com/ehost/search/advanced?sid=522596b2-f81f-4700-89d1-c9e19ce2cbe4%40sessionmg r112&vid=2&hid=127 METALIB •http://metalib.muni.cz/V •hromadné prohledávání databází dostupných ze sítě MU •Nejdříve prohledejte Hlavní elektronické zdroje MU •Následně Přírodovědné zdroje •Přes SFX systém jsou zde dostupné i fulltexty Statistické údaje •Web of Sciences http://apps.isiknowledge.com –impact factor časopisů –citovanost autorů, článků –Current content počet citací článků, které vyšly „Impact factor“ za rok X = v daném časopise v letech (X-1) a (X-2) počet článků vyšlých v daném časopise v letech (X-1) a (X-2) počet citací článků, které vyšly „Immediancy factor“ za rok X = v daném časopise v roce X počet článků vyšlých v daném časopise v roce X https://www.myendnoteweb.com/EndNoteWeb.html?func=slogout&locale=en_us& Citační manažer EndNoteWeb REGISTRACE 2. Možnost – cite while you write - stažení aplikace http://www.myendnoteweb.com/EndNoteWeb.html?func=downloadInstallers& Praktické informace •Laboratorní průvodce http://www.labo.cz/ •Gate to Biotech http://www.gate2biotech.com/ •Abcam http://www.abcam.com/ •Laboratorní manuály http://userpages.umbc.edu/~jwolf/method1.html http://www.cshprotocols.org/ •Konference http://www.conference-service.com/conferences/biology.html http://www.conferencealerts.com/biology.htm •FEBS - http://www.febs.org/ •EMBO - http://www.embo.org/ •ČSBMB - http://www.csbmb.cz/ Grafická data •Sigma obrázky •http://www.sigmaaldrich.com • •Pathway maps •http://escience.invitrogen.com/ipath • •Cell signalling technology •http://www.cellsignallingbiology.org • •ProteinLounge (7 denní volný přístup) •http://www.proteinlounge.com • •Reactome •http://www.reactome.org