Speciální metody analýzy
mikroorganizmů II
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Přírodovědecká fakulta MU, 2012
bartosm@vfu.cz
Obsah přednášky I
1) Repetitorium metod analýzy mikroorganismů. Metody kultivační,
metody nekultivační.
2) Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů.
Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu
neseného sondou.
3) PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném
čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a
molekulární majáčky.
4) Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami.
Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty.
Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
5) Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na
pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace. Využití metod
hybridizace v analýze mikroorganismů.
6) Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
Obsah přednášky II
7) Různé způsoby sekvenování nukleových kyselin a analýza DNA
sekvencí.
8) Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu
mikroorganismů.
9) Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely.
Sondy NK, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby
detekce sond.
10) Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
11) Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice
mikroorganismů.
12) Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných
látek.
13) Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace
laboratoří.
Doporučená literatura
1) Persing (2011): Molecular Microbiology - second
edition, ASM Press , Washington, D.C.
3) Šmarda et al. (2005): Metody molekulární biologie, MU
Brno
4) Rolfs et al. (1992): PCR: Clinical Diagnostics and
Research, Sringer-Verlag Berlin
5) www.farmakogenomika.cz
2) Brown (2007): Klonování genů a analýza DNA.
Univerzita Palackého v Olomouci (1. české vydání,
překlad 5. vydání)
Kde najdete studijní materiály?
Pokud toto čtete, tak jste je našli
Podmínky ke zkoušce
Písemný test, zisk alespoň 60% bodů
Ústní rozprava
Ptejte se mne na přednáškách,
u zkoušky se budu ptát já !
A sledujte novinky !
www.osel.cz
http://www.plospathogens.org/home.action
http://www.the-scientist.com/