Seznam základních otázek k ústní zkoušce z předmětu Bi7722
1) Metoda polymerázové řetězové reakce – popis principu reakce
2) Navrhování primerů pro PCR
3) Využití PCR v mikrobiologii
4) Metoda NASBA a její využití v mikrobiologii
5) Metoda SDA a její využití v mikrobiologii
6) Ligázová řetězová reakce a její aplikace v mikrobiologii
7) Princip metody real-time PCR
8) Primery, sondy, fluorofory a zhášeče u real-time PCR
9) Kvantifikace mikroorganismů metodou real-time PCR
10) Principy účinku DNA modifikujících enzymů
11) Restrikční endonukleázy a jejich využití v mikrobiologii
12) Pulsní gelová elektroforéza a její aplikace v diagnostice mikroorganismů
13) Princip mapování parciálním štěpením DNA restriktázami
14) Princip PCR-REA a její využití v diagnostice mikroorganismů
15) Metody hybridizace
16) Příprava sond pro hybridizaci
17) Hybridizace na pevném povrchu
18) Fluorescentní hybridizace in situ
19) Southernův přenos a jeho využití v mikrobiologii
20) DOT-BLOT a jeho využití v mikrobiologii
21) Metoda RFLP a její aplikace v diagnostice mikroorganismů
22) Reverzní hybridizace a její uplatnění v mikrobiologii
23) Metoda spoligotypizace v mikrobiologii
24) Pravidla pro aplikaci výsledků PFGE a RFLP v epidemiologii
25) Charakteristika biočipů, princip a využití v mikrobiologii
26) Výroba DNA čipů, design experimentů s čipy
27) Proteinové čipy v mikrobiologii
28) Sekvenování nukleových kyselin, popis Maxamovo-Gilbertova sekvenování
29) Sekvenování nukleových kyselin, popis Sangerovy metody sekvenování
30) Pyrosekvenování a emulsní PCR v mikrobiologii
31) Moderní postupy při sekvenování, principy, využití v mikrobiologii
32) Rekombinantní DNA a její využití v mikrobiologii
33) Princip klonování genů prokaryotických a eukaryotických
34) Metody selekce rekombinantních organismů
35) Příprava genomových knihoven
36) Klonování PCR produktů
37) Využití genomových knihoven
38) Celogenomové sekvenování
39) Pojem contig, využití pro sekvenování
40) Mapování genomu mykobakterií s využitím inzerčních sekvencí
41) Metody studia genové exprese a funkce genů
42) Metody amplifikace RNA
43) Využití footprintingu pomocí DNázy I
44) Deleční analýza
45) Reportérové geny
46) Cílená mutageneze
47) Analýza bakteriálního genu prostřednictvím technik rekombinantní DNA
48) Identifikace genů v genomu
49) Určení funkce neznámého genu
50) Studie transkriptomu a proteomu
51) Interakce protein-protein
52) Analýza mikrobiálních komunit
53) Základní informace o využití internetových zdrojů při studiu mikroorganismů
54) Principy posuzování podobnosti sekvencí nukleových kyselin a proteinů
55) Zásady práce v mikrobiologické laboratoři
56) Úrovně zabezpečení mikrobiologických laboratoří
57) Nakládání s GMM
58) Biologický zákon
59) Akreditace mikrobiologické laboratoře
60) Struktura diagnostické laboratoře pro PCR
61) Metody zkoušení
62) In vitro diagnostické soupravy