MODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ.1.07/2.2.00/15.0204 PF_72_100_grey_tr ubz_cz_black_transparent http://web.siumed.edu/~bbartholomew/images/chapter6/F06-21.jpg http://www.science-house.com/images/Tarsons/ElectrophoresisSubMidi.jpg http://bio1151.nicerweb.com/Locked/media/ch20/20_09bGelElectrophoresis-L.jpg •elektroforéza: z řečtiny = transport pomocí elektřiny obecně = pohyb nabitých částic v médiu vlivem el. pole • •do konce 50. let genetická proměnlivost v populacích studována pouze na základě mendelovských morfologických znaků nebo polytenních chromozomů ® otázka, do jaké míry tyto jevy reprezentují skutečnou míru genetické proměnlivosti v přírodě • •substituce aminokyselin můžeme zjistit sekvenováním – pokud to není možné, lze nahradit elektroforézou proteinů •z 20 AA 3 nesou kladný náboj (Arg, Lys, His), 2 záporný náboj (Asp, Glu) • •kromě náboje i velikost a konformace makromolekuly (-S-S- můstky, van der Waalsovy síly, vodíkové vazby, elektrostatické síly); pH pufru • •stabilizace el. náboje → specifický pufr s vysokou iontovou silou a pH co nerozdílnější od pI daného proteinu: pH 3-10, nejčastěji 6,5-9,5 • •náboj většiny proteinů při pH 8-9 záporný ® migrace k anodě •Princip ELFO znám již od konce 19. stol. • •1937 - Thisselius: metoda „pohyblivého rozhraní“ • •1949 - Linus Pauling: papírový nosič - abnormální Hb srpkovité anémie • •1955 - O. Smithies: škrob • •1957 - Hunter a Moeller: užití katalytických shopností enzymů (histochemické barvení) • •1966 - aplikace ELFO na přírodní populace: Harry Harris (člověk), Richard Lewontin a John Hubby (octomilka) • • •Úroveň genetické proměnlivosti v přírodních populacích: –20-50% lokusů polymorfních –průměrná heterozygotnost: savci - ca. 5%, bezobratlí a rostliny - 15-20% • •Nosiče (média): •škrob (starch gel el., SGE): velikost molekuly + velikost náboje •celulózoacetát (CAGE): náboj •agar, agaróza (AGE): náboj •polyakrylamid (PAGE): velikost molekuly + náboj Metody elektroforézy •horizontální •vertikální •kapilárová • • 3_1 3_2 •1. ELFO v kontinuálním pufru • •2. ELFO v diskontinuálním pufru (multifázická ELFO): •2 gely o různých koncentracích - koncentrující a separující •na rozhraní „sendvičování“ proteinů mezi „vedoucím“ a „taženým“ iontem; pokud jen tento krok = izotachoforéza Metody elektroforézy http://web.siumed.edu/~bbartholomew/images/chapter6/F06-21.jpg •3. Izoelektrická fokusace (isoelectric focusing, IEF): •v gelu syntetické polyamino polykarbonátové skupiny = nosné amfolyty s rozsahem pI •připojením el. pole ® stabilní gradient pH; amfolyty drženy v gelu silnou kyselinou při anodě a silnou zásadou při katodě • Metody elektroforézy http://www.fda.gov/ucm/groups/fdagov-public/documents/image/ucm059972.jpg http://www.channelwolf.com/lvv/sem6/index_files/image1749.jpg •4. ELFO v močovině a SDS: •SDS = sodium dodecyl sulphate (= aniontový detergent): schopnost rozpouštět některé proteiny a štěpit některé polymery SDS způsobuje silný záporný náboj proteinů, migrace jen podle hmotnosti molekuly •močovina: podobně jako SDS, ale náboj proteinů normální - migrace podle celkového náboje •(podobně možnost tepelné denaturace proteinů a následná ELFO) • •5. Dvousměrná (2-D) ELFO: •připojení el. pole postupně ve dvou na sebe kolmých směrech např. 1. fáze = IEF, 2. fáze = SDS ELFO - kombinace pI a molekulové hmotnosti Metody elektroforézy •Schopnost separace proteinů krevní plazmy: • •CAGE: 5 pruhů •SGE: 15 •PAGE: 19 •IEF > 30 •2-D ELFO ca. 300 skvrn ~ 75-100 polypeptidů Metody elektroforézy http://www.prlog.org/10827617-2d-gel-electrophoresis.jpg 3_6 •nespecifická: amidočerň, Coomassie Brilliant Blue R •specifická: barviva pro glykoproteiny, lipoproteiny histochemické barvení enzymů: spřažení katalýzy přeměny specifického substrátu s barvicí reakcí - nitrotetrazoliové soli (MTT, NBT) + PMS (phenazin methosulfát); Fast Blue RR; Fast Garnett GBC, Fast Black K - redukce NAD+, NADP+ - někdy nutno dodat další enzymy Detekce proteinů obarvený gel = obecně elektroforetogram, jestliže obarveny enzymy = zymogram (enzymogram) proužky = „elektromorfy“, „alely“, „alelomorfy“ izozymy, alozymy 3_8 3_9