1. Připravte v PyMOLu obrázek struktury s PDB-ID 1IZ7. [15 b. + 2 b. bonus]

-          Vložte obrázek






2. Měření v programu PyMOL, struktura s PDB-ID 1IZ7. [10 b.]

a)      vzdálenost =

b)      úhel =

c)       dihedrální úhel Ψ =

3. V databázi PDBsum prostudujte Ramachandrův diagram pro strukturu s PDB-ID 1IZ7. [7 b.]

     -         jaká je kvalita této struktury:


4. V databázi PDBsum prostudujte interakce mezi podjednotkami A a C proteinu s PDB-ID 1EVJ. [7 b.]

a)      ANO/NE

b)      typ interakce =

c)       hodnota evoluční konzervovanosti =

5. Pomocí nástroje CMA proveďte analýzu kontaktů residua Lys12 ve struktuře s PDB-ID 1IZ7. [6 b.]

-          residua v kontaktu:

6. Prostudujte strukturu proteinu s PDB-ID 1IZ7 pomocí nástroje HotSpot Wizard. [8 b.]

a)      hot-spot pouze v kapse =

b)      mutabilita residua K17 =

c)       počet tunelů =

7. Připravte obrázek biologicky relevantního oligomeru struktury s PDB-ID 3VAD. [10 b.]

-          Vložte obrázek








8. Ověřte správnost kvartérní struktury přítomné ve struktuře s PDB-ID 3w3e. [7 b.]

-          ANO/NE

9. Na základě elektronové hustoty ověřte správnost umístění ligandu BRN ve struktuře s PDB-ID 1D63.
[15 b.]

a)      ANO/NE

b)      Vložte obrázek







10. Prostudujte dynamiku vybraných regionů v proteinu s PDB-ID 1IZ7. [10 b.]

-          regiony seřazené podle jejich dynamiky:

1.

2.

3.

4.

11. Predikujte druggabilitu kapes proteinu s PDB-ID 1IZ7 nástrojem DoGSiteScorer [5 b.]

-          objem kapsy s nejvyšší druggabilitu =