Gly
Ala
Val
Leu
Ile
Trp
Phe
Tyr
Ser
Thr
Cys
Met
Asp
Glu
Asn
Gln
Lys
Arg
His
Pro
SeCys
C
H
C
H
2
H
3
C
H
3
C
PŘEHLED AMINOKYSELIN

jednopism AA
JEDNO- A TŘÍPÍSMENNÉ ZKRATY AMINOKYSELIN


}I. DISOCIACE KARBOXYLOVÉ SKUPINY A AMINOSKUPINY
}
}     pKa1                            pKa2
}
}         R‑CH‑COOH     Û        R‑CH‑COO‑   Û    R‑CH‑COO‑
}              ½                                   ½                             ½
}         NH3+                              NH3+                       NH2
}
}
}
}
II. DISOCIACE BOČNÍHO ŘETĚZCE
      pKa3
1. -R nedisociuje
2. -RH  Û -R‑ KYSELÉ AK:  protonovaná forma je nenabitá
3. -RH+Û -R BAZICKÉ AK: protonovaná forma je kladně nabitá
Typ disociace bočního řetězce a jeho náboj při daném pH lze rozlišit pouze na základě znalosti jeho
chemické struktury!!!
DISOCIACE AMINOKYSELIN

} AK pKa1      pKa2    pKa3=pKa bočního řetězce
}Ala 2.3         9.9
}Gly      2.4         9.8
}Phe     1.8         9.1
}Ser      2.1         9.2
}Val      2.3         9.6
}Asp     2.0 10.0       3.9 ‑COOH
}Glu      2.2         9.7         4.3 ‑COOH
}His      1.8         9.2         6.0 ‑imidazolium
}Cys     1.8 10.8         8.3 ‑SH
}Tyr      2.2         9.1      10.9 ‑fenol
}Lys      2.2         9.2      10.8 ‑NH3+
}Arg      1.8         9.0      12.5 ‑guanidinium
}Asn 2.0   8.8
}Gln 2.2   9.1
}Trp 2.4   9.4
}Leu 2.4   9.6
}Ile 2.3   9.6
}Met 2.3   9.2
}Thr 2.2   9.1
}Pro 2.0 10.6
DISOCIAČNÍ KONSTANTY AMINOKYSELIN

TITRAČNÍ KŘIVKA GLYCINU
titrgly


PŘEHLED
MONOSACHARIDŮ
sacharidy přehled

disacharidy
VYBRANÉ
DISACHARIDY

aldosy uzav cyklu
UZAVÍRÁNÍ CYKLU: ALDOSY


ketosy uzav cyklu
UZAVÍRÁNÍ CYKLU: KETOSY


VYBRANÉ
CHEMICKÉ VLASTNOSTI
MONOSACHARIDŮ
monosach chem vl

PRIMÁRNÍ
STRUKTURA
NUKLEOVÝCH
KYSELIN
NK primstr1 NK primstr2
G

Gly
Ala
Val
Leu
Ile
Trp
Phe
Tyr
Ser
Thr
Cys
Met
Asp
Glu
Asn
Gln
Lys
Arg
His
Pro
SeCys
C
H
C
H
2
H
3
C
H
3
C
PŘEHLED AMINOKYSELIN

}Provede se štěpení před:
}G      (DMS/DT)
}G+A (H+/DT)
}C      (hydrazin, 5M NaCl)
}C+T (hydrazin)
}
}Příklad:
}   5´                     3´
}32P-TGTAGGAGCT
}
}Štěpení před G (DMS/DT) vede ke vzniku fragmentů:
}32P-TGTAGGAGCT
}32P-TGTAGGAGCT
}32P-TGTAGGAGCT
}32P-TGTAGGAGCT
}
}K jiným souborům fragmentů povedou štěpení před G+A, před C a před C+T.
}
}
}
}
}
MAXAM-GILBERTOVA METODA SEKVENOVÁNÍ
NUKLEOVÝCH KYSELIN

MAXAM-GILBERTOVA METODA SEKVENOVÁNÍ
NUKLEOVÝCH KYSELIN
DETEKCE FRAGMENTŮ SEPAROVANÝCH ELEKTROFORÉZOU
NA FOSFOIMAGERU
(detekce radioaktivity - vizualizovány jsou pouze 32P značené fragmenty)
G+A   G C+T   C
________________________________  start
____
____ ____
____ ____
____
____
____ ____
____
____
____
____ ____
____ ____
____ ____
____
____
____