Úloha 2 6.11.2012
Výběr excitačních laserů a emisního filtru
Přijeli jste na výzkumný pobyt do významné zahraniční laboratoře. Její vedoucí Vás
provedl po laboratořích a ukázal mimo jiné scanner pro fluorescenční snímání gelů.
Po úvodním pohovoru Vás nový vedoucí vyzval, abyste sepsali seznam vybavení,
které budete pro svůj výzkum potřebovat.
Protože budete používat fluorofor A, potřebujete zjistit, zda je možné na stávajícím
scanneru excitovat a selektivně detekovat fluorescenční emisi Vašeho fluoroforu.
Excitační vlnové délky instalovaných laserů jsou 473 nm, 532 nm, 635 nm.
Instalované „long-pass“emisní filtry jsou 510 LP, 575 LP, 665 LP.
1) Jaký stávající laser byste použili pro excitaci Vašeho fluoroforu?
2) Laser o jaké vlnové délce emitovaného záření byste případně dokoupili pro
dosažení maximální intenzity fluorescence a tedy i citlivosti pro Váš fluorofor?
Vyberte prosím dostupný laser z nabídky aplikace SpectraViewer.
3) Který nainstalovaný emisní filtr „long-pass“ by byl použitelný pro detekci
fluorescence Vašeho fluoroforu?
4) Jaký “band-pass“ filtr s šířkou pásu 20 nm byste objednali, aby byla detekce
Vašeho fluoroforu optimální. Napište hodnotu střední vlnové délky lomenou
šířkou pásma
(např. 530/20).
Pro zjištění spektrálních charakteristik fluoroforu a navrhování “band-pass“ filtru
použijte aplikaci SpectraViewer
http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/support/Research-Tools/Fluorescence-
SpectraViewer.html
Pozn.: Pro spuštění aplikace je nutno mít nainstalované rozšíření prohlížeče Java.
Pro aktualizaci zobrazení spekter a filtrů klikněte dvakrát za sebou na
“Toggle Excitation Display”.
Fluorofor A naleznete níže v tabulce u svého jména.
Vaše odpovědi mi prosím zašlete emailem do 48 hodin.
Správná odpověď = 0.5 bodu.
A
1 Bencúrová, Petra Fluorescein (antibody conjugate)
2 Dabravolski, Siarhei 5 ROX (carboxy X rhodamine)
3 Dubec, Vít Acridine Orange
4 Dudová, Zdenka GFP
5 Dvořák, Jan Lucifer Yellow
6 Fabišik, Matej 5 FAM (carboxyfluorescein)
7 Fedorko, Jan 6 JOE
8 Fialová, Martina AlexaFluor 488 (oligo conjugate)
9 Holek, Michal Cy3 dye (antibody conjugate)
10 Kočka, Martin Oregon Green 514 (antibody conjugate)
11 Míka, Matěj Cy5 dye (antibody conjugate)
12
Obacz, Joanna
Agnieszka
Propidium iodide
13 Partyka, Jan YOYO-1
14 Přikrylová, Terézia SYBR Green-1
15 Rájecký, Michal YFP
16 Reichman, Pavel SYBR Gold
17 Sochorová, Jana FITC (antibody conjugate)
18 Škubník, Karel SYPRO Ruby
19 Tylichová, Zuzana RFP