TSM – Modelování molekulárních struktur -1-
TSM
Modelování molekulárních
struktur
Petr Kulhánek
petr.kulhanek@ceitec.muni.cz
CEITEC – Středoevropský technologický institut, Masarykova univerzita,
Kamenice 5, 625 00 Brno
NCBR – Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova univerzita,
Kotlářská 2, 611 37 Brno
Cvičení I
TSM – Modelování molekulárních struktur -2-
Obsah
 Klastr WOLF
struktura, pravidla používání, správci
 Přihlašování
místní přihlášení, změna hesla
 Programové vybavení
systémové aplikace, přehled, vědeckotechnické aplikace
 UNIX v kostce
souborový systém, základní příkazy
TSM – Modelování molekulárních struktur -3Klastr
WOLF
 Struktura klastru
 Pravidla používání klastru
 Správci klastru
TSM – Modelování molekulárních struktur -4Struktura
klastru WOLF
univerzitní síť
wolf.ncbr.muni.cz
místní síť
wolf.wolf.inet
wolf
switch
wolf03 wolf04 wolf05wolf02wolf01
wolf06 wolf07 wolf08 wolf23
server pracovní stanice (výpočetní uzly)
veřejně nedostupná doména:
wolf.inet
Operační systém: Ubuntu 12.04 LTS
http://www.ubuntu.com/
TSM – Modelování molekulárních struktur -5Pravidla
používání
Klastr WOLF Je vysloveně zakázáno používat pro:
 stahování nelegálního obsahu (autorsky chráněná díla apod.)
 rozesílání virů, spamů, nevyžádané pošty a podobných materiálů
 prolomení ochrany jiných počítačů
 čtení, mazaní či změnu nechráněného obsahu souborů jiných uživatelů
Dodržují se pravidla užívání počítačové sítě Masarykovy univerzity:
https://is.muni.cz/auth/do/rect/normy/smernicerektora/Smernice_rektora_13-2005.pdf
Klastr WOLF je určen výhradně pro účely výuky či pro vědeckou práci v rámci
Národního centra pro výzkum biomolekul.
TSM – Modelování molekulárních struktur -6Správci
klastru
Hlavní správce klastru WOLF:
Jakub Štěpán (xstepan3@chemi.muni.cz)
 zakládání nových účtů
 změna zapomenutých hesel
 správa hardware
 správa systému a systémových aplikací
Správce aplikací pro vědecko-technické výpočty (moduly):
Petr Kulhánek (kulhanek@chemi.muni.cz)
Než kontaktujete správce, prodiskutujte svůj problém s vaším kolegou, vyučujícím nebo
školitelem.
TSM – Modelování molekulárních struktur -7-
Přihlašování
 Místní přihlášení
 Změna hesla
TSM – Modelování molekulárních struktur -8Místní
přihlášení
Místní terminály:
 šest textových terminálů (F1 ... F6)
 jeden grafický terminál (F7, F8, ...)
 přepínání pomocí kláves Ctrl+Alt+F1 ... Ctrl+Alt+F7
Přihlášení:
 nutno zadat přihlašovací jméno (login) a heslo (password)
Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně
nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v
nešifrované formě!
Operační systém Linux je velmi flexibilní a umožňuje i jiné způsoby míst-ního přihlášení,
např. pomocí identifikačních karet či kryptografických klíčů. Více lze nalézt v nápovědě
systému PAM (Pluggable Authentication Modules).
$ man 8 pam
TSM – Modelování molekulárních struktur -9Místní
přihlášení
Textový terminál (F1-F6):
 zpřístupňuje příkazovou řádku (CLI – command line interface)
 výchozím adresářem je /home/vas_login
 grafické aplikace (X11) lze spouštět jen s exportem displeje na vzdálený
grafický terminál
 odhlášení příkazem exit
Grafický terminál (F7):
 spouští X11 server a v něm okenního správce (KDE, GNOME, atd.)
 okenního správce (WM – window manager) lze zvolit před vlastním
přihlášením
 umožňuje přímé spouštění grafických programů (GUI – graphical user
interface)
 příkazová řádka je dostupná pomocí speciálních aplikací
 xterm
 konsole
 odhlášení pomocí nabídky v menu okenního správce
TSM – Modelování molekulárních struktur -10Místní
přihlášení
Grafický terminál (F7):
Volba desktopového
prostředí
Přihlašovací jméno
Heslo
TSM – Modelování molekulárních struktur -11-
Terminály
Příkazová řádka je přístupná přímo z textových terminálů. V grafickém prostředí X11 je
nutné spustit vhodnou aplikaci emulující textový terminál.
xterm konsole
jednoduché, standard na všech UNIXových
systémech
jednoduché přitom značně
konfigurovatelné, dostupné v prostředí
KDE
Výchozím adresářem je: /home/vas_login
TSM – Modelování molekulárních struktur -12Příkazová
řádka
[kulhanek@wolf ~]$
jméno uživatele
jméno počítače
aktuální adresář (~ znamená domovský adresář /home/vas_login)
typ uživatele ($ běžný uživatel, # superuživatel)
místo pro příkaz
Příkaz se vykoná zmáčknutím klávesy Enter.
Historie: pomocí kurzorových šipek nahoru a dolů lze procházet seznamem již
zadaných příkazů. Příkaz z historie lze znovu použít nebo upravit a upravený použít.
Automatické doplňování: zmáčknutím klávesy Tab (tabulátor) se interpret
příkazové řádky snaží dokončit rozepsané slovo. Doplňují se jména příkazů, cesty a
jména souborů ...
TSM – Modelování molekulárních struktur -13Změna
hesla, příkaz passwd
 Heslo se mění po přihlášení do systému z příkazové řádky pomocí příkazu passwd.
 Po jeho spuštění jste dotázaní na současné platné heslo a poté na heslo nové. Nové heslo
se je nutné zadat dvakrát, aby se omezily možné překlepy.
 Změna se projeví na všech počítačích klastru WOLF.
 Heslo by mělo být dostatečně silné. Mělo by obsahovat kombinaci písmen (malých a
velkých), číslic a speciálních znaků.
 Při zadávání hesla nepoužíváme numerickou část klávesnice, speciální klávesy a
přemykače kromě klávesy Shift. Vyvarujete se tak problémům se zadáváním hesla na
jiných počítačích.
TSM – Modelování molekulárních struktur -14Změna
hesla - passwd
kulhanek@wolf:~$ passwd
Enter login(LDAP) password:
You can now choose the new password or passphrase.
A valid password should be a mix of upper and lower case letters,
digits, and other characters. You can use an 8 character long
password with characters from at least 3 of these 4 classes, or
a 7 character long password containing characters from all the
classes. An upper case letter that begins the password and a
digit that ends it do not count towards the number of character
classes used.
A passphrase should be of at least 3 words, 11 to 40 characters
long, and contain enough different characters.
Alternatively, if no one else can see your terminal now, you can
pick this as your password: "freed*frost+groan".
Enter new password:
Re-type new password:
LDAP password information changed for kulhanek
passwd: password updated successfully
kulhanek@wolf:~$
při psaní se nezobrazují žádné znaky
TSM – Modelování molekulárních struktur -15Desktopová
prostředí
Grafický terminál (F7):
Volba desktopového
prostředí
Přihlašovací jméno
Heslo
TSM – Modelování molekulárních struktur -16KDE
kde.org
TSM – Modelování molekulárních struktur -17GNOME
gnome.org
TSM – Modelování molekulárních struktur -18Programové
vybavení
 Systémové aplikace
 Přehled systémových aplikací
 Vědecko-technické aplikace
TSM – Modelování molekulárních struktur -19Systémové
aplikace
KDE menu - “Kickoff” styl KDE menu - Klasický styl
Aplikace dostupné v menu okenního manažeru.
Aplikace lze spouštět i z příkazové řádky.
Přepínání stylu v kontextové
nabídce (pravé tlačítko myši
nad ikonou “K”)
TSM – Modelování molekulárních struktur -20Standardní
aplikace
Firefox webový prohlížeč
OpenOffice/LibreOffice
textový editor (Writer)
tabulkový kalkulátor (Calc)
prezentace (Impress)
Gimp editor rastrové grafiky
Inkscape editor vektorové grafiky
Okular prohlížeč PDF dokumentů
TSM – Modelování molekulárních struktur -21Vědecko-technické
aplikace
Přehled dostupných aplikací:
$ module
$ module versions vmd
Přehled dostupných verzí aplikace:
Aktivace aplikace:
$ module add vmd
Spuštění aplikace z modulu vmd:
$ vmd
Vědeckotechnické aplikace, které jsou instalovány v několika verzích (verze aplikace, typ
kompilace, paralelní verze), jsou dostupné ve formě modulů. Před použitím aplikace je
nutné příslušný modul aktivovat.
TSM – Modelování molekulárních struktur -22UNIX
v kostce
TSM – Modelování molekulárních struktur -23Struktura
souborového systému
UNIX využívá hierarchický adresářový souborový systém složený z adresářů (složek) a
souborů. Všechny adresáře a soubory leží v jediném kořenovém adresáři (/).
/
home
bin
ivo
kořenový adresář
soubortest.txt
adresář
podadresář adresáře home
Domovský adresář:
● adresář sloužící pro data a nastavení uživatele
● obvykle v cestě /home/jmeno_uzivatele
TSM – Modelování molekulárních struktur -24Srovnání
s MS Windows
Vlastnost Linux (ext2/ext3/ext4) MS Windows
(FAT32,NTFS)
Diskové
oddíly
(partitions)
Ne
Diskové oddíly se připojují jako
adresáře.
C:, D:, atd.
Je však možné připojit i jako
adresář (ntfs).
Jména Rozlišuje malá a velká písmena
(case sensitive).
Nerozlišuje malá a velká
písmena (case insensitive).
Oddělování
jmen
Lomítko Zpětné lomítko
Přístupová
práva
Ano
POSIX
Ano (pouze NTFS)
ACL
Zařízení
(hardware)
Jako speciální soubory. Ne
TSM – Modelování molekulárních struktur -25Identifikace
adresářů a souborů
/
home
bin
ivo
test.txt
absolutní cesta identifikující soubor
/home/ivo/test.txt
Cesta k adresáři nebo souboru může být uvedena jako absolutní nebo relativní. Jména
adresářů a souborů se oddělují lomítkem /.
relativní cesta identifikující soubor
ivo/test.txt
TSM – Modelování molekulárních struktur -26Typy
cest
Absolutní cesta je vždy uvedena vzhledem ke kořenovému nebo k domovskému adresáři.
Musí tedy začínat buď lomítkem / nebo tildou ~.
Relativní cesta je cesta uvedená k aktuálnímu/pracovnímu adresáři. (Absolutní cestu k
pracovnímu adresáři lze získat příkazem pwd.)
/home/kulhanek/Documents/domaci_ukol.txt
../alois/Documents
Použití tildy:
~ domovský adresář přihlášeného uživatele
~user_name domovský adresář uživatele user_name
Speciální jména adresářů:
. (tečka) aktuální adresář
.. (dvě tečky) rodičovský (nadřazený) adresář
TSM – Modelování molekulárních struktur -27Příklady
cest
Absolutní cesty:
/home/kulhanek/Documents
/home/kulhanek/Documents/domaci_ukol.txt
~/Documents → /home/kulhanek/Documents
~alois/Documents → /home/alois/Documents
Relativní cesty:
Documents/domaci_ukol.txt
../alois/Documents
./muj_script
TSM – Modelování molekulárních struktur -28Souborový
systému na klastru WOLF
wolf01
/scratch
wolf02
/scratch
wolf03
/scratch
wolf04
/scratch
/home
........
stejný obsah na všech
uzlech klastru WOLF
(data jsou zálohována)
rozdílný obsah
data na svaku /scratch se nezálohují a mohou být
kdykoliv smazána bez předchozího upozornění
TSM – Modelování molekulárních struktur -29Příkazy
- nápověda
Manuálové stránky (aneb co dělat, když si nevím rady):
• man vypíše manuálovou stránku příkazu
$ man [section_number] topic
Dostupné sekce:
 Section 1 user commands
 Section 2 system calls
 Section 3 library functions
 Section 4 special files
 Section 5 file formats
jméno příkazu, funkce, tématu, kapitoly apod.
Číslo sekce je nutné udávat u témat se stejným jménem zařazených do různých sekcí.
 Section 6 games
 Section 7 conventions and miscellany
 Section 8 administration and privileged commands
 Section L math library functions
 Section N tcl functions
$ man 1 printf
$ man 3 printf
manuálová stránka příkazu printf
manuálová stránka funkce printf() jazyka C
TSM – Modelování molekulárních struktur -30Příkazy
- nápověda
Navigace v textu nápovědy:
● posun v textu po řádcích (kurzorové šipky nahoru a dolů nebo klávesy j a k)
● posun v textu po stránkách (PgDn a PgUp nebo klávesy f a b)
● vyhledávání ( /hledaný_text , klávesa n pro další vyhledávání )
● zavření nápovědy (klávesa q)
On-line manuálové stránky ve formátu HTML:
http://linux.die.net/man/
TSM – Modelování molekulárních struktur -31Základní
příkazy
Souborový systém:
• pwd vypíše cestu k aktuálnímu pracovnímu adresáři
• cd změní aktuální pracovní adresář
• ls vypíše obsah adresáře
• mkdir vytvoří adresář
• cp zkopíruje soubor či adresář
• mv přesune soubor či adresář
• rm odstraní soubor či adresář
Zjišťovací příkazy:
• hostname vypíše jméno počítače
• whoami vypíše jméno přihlášeného uživatele
• id vypíše identifikační čísla uživatele
• w kdo je přihlášený a co dělá
• ps vypíše běžící procesy