Projekt z Matematické biologie 2014/2015 INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Týmový projekt ? Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Týmový projekt – rozdělení úkolů Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Týmový projekt - team-leadership Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Týmový projekt – dvě obhajoby Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Týmový projekt - zápočet Závěrečnou zprávu k projektu není potřeba vypracovávat. Zápočet bude udělen na základě úspěšné obhajoby. Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Týmový projekt – tři zadání 1) Segmentace erytrocytů v digitálních obrazech hematologických nátěrů (D. Schwarz) 2) Analýza signálů z měření krevního tlaku při sledování sirkadiánních rytmů (D. Schwarz) 3) Modelovanie tepovej frekvencie u koní (T. Hodásová) Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses SEGMENTACE Segmentace erytrocytů v digitálních obrazech hematologických nátěrů Laboratorní diagnostika, morfometrické analýzy Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses SEGMENTACE Segmentace erytrocytů v digitálních obrazech hematologických nátěrů Laboratorní diagnostika, morfometrické analýzy Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Segmentace erytrocytů v digitálních obrazech hematologických nátěrů Cíl: Z digitálních obrazů získaných optickou mikroskopií při laboratorní diagnostice chorob krve sestavte XLS sešit se seznamem erytrocytů a přiložte obrázek s legendou Návrh pracovních balíků (workpackages) : W1) Charakteristické rysy obrazů z optické mikroskopie, způsob vzniku obrazu, artefakty, zkreslení apod. Laboratorní diagnostika chorob krve a kde jsou možnosti pro automatické zpracování obrazů – morfometrické analýzy apod. W2) Segmentační metody – základní přístupy a rozdíly mezi nimi. Rozvaha a volba jednoho z mnoha přístupů. Podle zvolené metody volit potom techniky předzpracování… W3) Samotná práce s obrazovými daty. Předzpracování. Selekce objektů. Práce s RGB obrazy v Matlabu, vykreslování legendy do obrazu (GUI?). Práce s XLS sešity v Matlabu. Výpočet vybraného morfometrického parametru (např. průměr, sféricita apod.) W4) Prezentace výsledků Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses DIPPEŘI Analýza signálů z měření krevního tlaku při sledování cirkadiánních rytmů Kardiologická medikace, betablokátory Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses DIPPEŘI Analýza signálů z měření krevního tlaku při sledování cirkadiánních rytmů  24-hodinové monitorování krevního tlaku  diurnální rytmus, riziko kardiovaskulárního onemocnění  dippers, non-dippers  běžná metoda: stanovení procentuálního poměru mezi průměrným tlakem v době bdění a spánku  Stanovit dipping pacientů s čerstvě zjištěnou hypertenzí před a po 3-měsíční léčbě kardioselektivními betablokátory. Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses DIPPEŘI Analýza signálů z měření krevního tlaku při sledování cirkadiánních rytmů 151617181920212223 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1011121314 70 75 80 85 90 95 100 105 110 pred, 16: praks DTK 151617181920212223 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1011121314 70 75 80 85 90 95 100 po, 16: praks DTK  data o systolickém krevním tlaku, diastolickém krevním tlaku a o tepové frekvenci  60 pacientů, 2 různé terapie Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses DIPPEŘI: workpackages Cíl: Navrhnout a realizovat model cirkadianních rytmů tlaku krve. Na základě modelu stanovit dipping pacientů s čerstvě zjištěnou hypertenzí před a po 3-měsíční léčbě kardioselektivními betablokátory. Porovnat dosažené výsledky s výsledky klasických metod (popisná statistika). Návrh pracovních balíků (workpackages) : W1) Přehled existujících metod pro modelování denních průběhů tlaku krve ve vztahu k hodnocení dippingu. Vysvětlení podstaty a rizik dippingu x nondippingu. W2) Import dat a jejich předzpracování. Návrh a realizace vlastního modelu. Hodnocení dippingu na předaném souboru pacientů. W3) Porovnání klasických metod (popisná statistika) a nové metody (s využitím modelu). W4) Prezentace výsledků Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Týmový projekt – tři skupiny DIPPEŘI SEGMENTACE KONĚ Dufková, Tereza Gáliková, Marcela Kozáková, Zuzana Krpenská, Michaela Volšička, Vít Vozáriková, Kristína Vyškovský, Roman Závala, Jan Projekt z Matematické biologie © Institute of Biostatistics and Analyses Týmový projekt – dvě prezentace 5. listopadu 2014 dle rozvrhu 17. prosince 2014 dle rozvrhu Modelovanie tepovej frekvencie u koní Terézia Hodásová hodasova.t@gmail.com Terézia Hodásová Modelovanie tepovej frekvencie u koní Cieľ Nájsť vhodný model popisujúci tepovú frekvenciu. Na základe parametrov odhadnutých modelov rozhodnúť, či sa modely koní rôzneho veku líšia. Terézia Hodásová Modelovanie tepovej frekvencie u koní Dáta Dáta cca 10 minút záznamu v strede záznamu dochádza k miernému podráždeniu s cieľom vyvolať šok a stimulovať nervovú sústavu vzorkovanie 10 Hz Terézia Hodásová Modelovanie tepovej frekvencie u koní Úlohy (Odporúčaný postup) Modelovanie jednotlivých postupností nájdenie vhodného typu modelu a vysporiadanie sa s nestacionárnou zložkou postupnosti určenie rádu modelu (výber vhodného kritéria) výpočet koeficientov (výber vhodného postupu odhadovania koeficientov) verifikácia odhadnutých modelov Porovnanie parametrov odhadnutých modelov vybranie vhodnej metódy porovnania parametrov jednotlivých vekových kategórií Terézia Hodásová Modelovanie tepovej frekvencie u koní