1
Procvičování 12
1. Naimportujte data z Excelového souboru dat_12.xls. Najdete v něm tři listy: env, spe a tax. env a spe už znáte, pracujeme s nimi pravidelně, tax obsahuje taxonomické zařazení druhů (listu spe, jsou ve stejném pořadí) do podčeledí (sloupec subfamily). Při importu zachovejte reprodukovatelnost - nepoužívejte 'clipboarď, ale specifikujte cestu k souboru.
2. Vytvořte zkratky jmen druhů (jež jsou v hlavičce listu spe) a přejmenujte sloupce dataframu spe zkratkami.
3. Zobrazte rank abundance plot. To je sloupečkový graf, v němž každý sloupeček představuje jeden druh, výšku určuje celková abundance druhu a sloupečky jsou seřazeny od nejvyššího po nejnižší.
4. Zjistěte pro každou podčeleď, kolik celkem jedinců dané podčeledi bylo zaznamenáno.
5. Zjistěte, kolik druhů bylo v jednotlivých podčeledích zaznamenáno.
6. Vytvořte dataframe subfam obsahující proměnné froude, chir, orth a tanypod. froude bude obsahovat Froudeho čísla spočítaná pro jednotlivé lokality (tak, jak jsou v proměnné froude dataframu env), chir, orth a tanypod pak součty jedinců nejběžnějších podčeledí Chironominae, Orthocla-diinae a Tanypodinae resp. na jednotlivých lokalitách. Dataframe subfam tedy bude mít 27 řádků (lokalit) a 4 sloupce (proměnné).
7. Do dataframu subfam přidejte proměnnou hab, která bude odlišovat vzorky z různých habitatů. Bude to faktor s úrovněmi OM, P, R a VEG a vytvoříte jej z proměnné hab dataframu env. Úroveň OM vytvoříte sloučením úrovní Ep_CPOM a Ep_FPOM; P, R a VEG vytvoříte přejmenováním úrovní Ep, Er a Er_VEG, resp.
8. Rozdělte si grafické okno na 3 oddíly.
9. Pro každou ze tří nejběžnějších podčeledí zobrazte v bodovém grafu její logaritmované abundance proti Froudeho číslo. Použijte argument main= pro zobrazní názvu grafu a každý graf nazvěte podle zobrazované podčeledi.
10. Stejně jako v předchozím bodě zobrazte pro každou ze tří nejběžnějších podčeledí její logaritmované abundance proti Froudeho číslo, různými symboli ale odlište vzorky z odlišných habitatů hab dataframu subfam.
11. Seřaďte úrovně faktoru hab podle mediánu Froudeho čísla, čili tak, aby v grafu byla první zobrazená úroveň s nejnižším mediánovým Froudeho číslem a poslední ta s nejvyšším. Zkontrolujte zobrazením boxplotu Froudeho čísla proti habitatů.
12. Pro každou ze tří nejběžnějších podčeledí zobrazte v boxplotu její logaritmované abundance proti habitatů. Použijte argument main= pro vytvoření názvu grafu a každý graf nazvěte podle zobrazované podčeledi.