Úloha 3 23.11.2012 Rozlišení mutantů Při prvním experimentu v biotechnologické laboratoři BTP (Biotechnology for purification) dostáváte za úkol rozlišit dvě mutantní varianty X1 a X2 proteinu, který se používá k rozkladu nebezpečných látek v pitné vodě. Omylem došlo k záměně štítků na reakčních rezervoárech s enzymy. Jste informováni o tom, že oba typy enzymu obsahují jeden tryptofan. Víte, že mutant X1 má tryptofan umístěn výrazně blíže k povrchu a je tedy více v kontaktu s okolním roztokem, než je tomu v případě druhé varianty proteinu X2. Při řešení tohoto úkolu, důležitého pro obnovení dodávek pitné vody obyvatelům v oblasti sužované suchem, jste využili své znalosti o zhášení fluorescence. Víte, že ze závislosti intenzity fluorescence na koncentraci zhášedla se dá určit, u kterého z proteinů je tryptofan blíž povrchu a takto proteiny identifikovat. Pro zhášení fluoroforu platí základní Stern-Volmerova rovnice: kde F0 je intenzita fluorescence bez přítomnosti zhášedla, F je intenzita fluorescence za přítomnosti zhášedla, KSV je Stern-Volmerova konstanta a [Q] je koncentrace zhášedla. Provedli jste měření intenzity fluorescence proteinů odebraných z rezervoárů A a B. Intenzita fluorescence byla změřena bez přítomnosti zhášedla. Následně jste provedli s každým proteinem měření závislosti fluorescence na postupně vzrůstající koncentrací zhášedla - akrylamidu. Naměřené absolutní hodnoty intenzity fluorescence jsou v tabulce níže. Sestavte Stern-Volmerův graf pro závislost relativního úbytku fluorescence na koncentraci akrylamidu a odpovězte na následující otázky. 1. Je akrylamid zhášedlem dynamickým nebo statickým? 2. Jaké jsou konstanty KSV příslušné jednotlivým mutantním variantám enzymu? 3. Rozhodněte, ve kterém z rezervoárů je enzym X1. Stručné odpovědi mi společně s grafem zašlete emailem. Správná dílčí odpověď = 0.5 bodu. ][10 QK F F SV X1 X2 rezervoár Koncentrace akrylamidu [M] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 1 Bencúrová, Petra A 944 911 891 870 853 834 B 944 794 697 621 560 510 2 Dabravolski, Siarhei A 977 943 922 901 883 864 B 977 822 722 643 580 528 3 Dubec, Vít A 940 908 887 867 850 831 B 940 791 694 619 558 508 4 Dudová, Zdenka A 951 918 898 877 860 841 B 951 800 703 626 565 514 5 Dvořák, Jan A 960 927 907 886 868 849 B 960 808 709 632 570 519 6 Fabišik, Matej A 986 952 931 910 891 872 B 986 830 729 649 585 533 7 Fedorko, Jan A 938 906 886 865 848 829 B 938 790 693 617 557 507 8 Fialová, Martina A 957 924 903 882 865 846 B 957 805 707 630 568 517 9 Holek, Michal A 986 952 931 910 891 872 B 986 830 729 649 585 533 10 Kočka, Martin A 975 942 921 899 881 862 B 975 821 720 642 579 527 11 Míka, Matěj A 981 947 926 905 886 867 B 981 825 724 646 582 530 12 Obacz, Joanna Agnieszka A 957 924 903 882 865 846 B 957 805 707 630 568 517 13 Partyka, Jan A 936 904 884 864 846 828 B 936 788 692 616 556 506 14 Přikrylová, Terézia A 994 959 938 917 898 878 B 994 836 734 654 590 537 15 Rájecký, Michal A 984 950 929 908 890 870 B 984 829 727 648 584 532 16 Reichman, Pavel A 962 929 908 887 870 851 B 962 810 711 633 571 520 17 Sochorová, Jana A 964 931 910 889 871 852 B 964 811 712 635 572 521 18 Škubník, Karel A 953 920 900 879 861 842 B 953 802 704 627 566 515 19 Tylichová, Zuzana A 970 936 915 894 876 857 B 970 816 716 638 575 524