logo-IBA logo-MU © Institut biostatistiky a analýz ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. prof. Ing. Jiří Holčík, CSc. UKB, pav. A29, RECETOX, dv.č.112 holcik@iba.muni.cz levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz þ þzástupce ředitele þIBA PřF a LF MU pro výuku: þ þ þ þ þ þRNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D. þe-mail: pavlik@iba.muni.cz levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz A KDO JSTE VY ? http://www.iba.muni.cz/images/noph.jpg levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz KDY A KDE SE BUDEME VÍDAT? þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz KDY A KDE SE BUDEME VÍDAT? þ þUKB, budova A1, Kamenice 3, 6.p, þ učebna COMPK6 þpondělí jednou za 2 týdny, 10 - 12 hod. Detail fotografie levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz KDY A KDE SE BUDEME VÍDAT? þ þUKB, budova A1, Kamenice 3, 6.p, þ učebna COMPK6 þpondělí jednou za 2 týdny, 10 - 12 hod. þ þzačínáme dnes, tj. 21. září 2015 þkončíme 14. prosince 2015 þtakže oficiálně 7 krát þ? 16. listopadu 2015 ? þtedy nejspíš 6 krát levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU? þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU? þměli bychom si ujasnit o co v matematické biologii půjde – obecně i v zaměření studia levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU? þměli bychom si ujasnit o co v matematické biologii půjde – obecně i v zaměření studia levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz http://www.iba.muni.cz/index.php?pg=vyuka--ucebnice levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz http://portal.matematickabiologie.cz/ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU? þměli bychom si ujasnit o co v matematické biologii půjde – obecně i v zaměření studia þpředmět by měl sloužit trochu jako průvodce studiem oboru „Matematická biologie“ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU? þměli bychom si ujasnit o co v matematické biologii půjde – obecně i v zaměření studia þpředmět by měl sloužit trochu jako průvodce studiem oboru „Matematická biologie“ þa trochu se seznámit s tím, co se až dosud v matematické biologii přihodilo, þ aneb þ „matematické příběhy biologie“, þ resp. þ „biologické příběhy matematiky“ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU? B. Vogler, A. Rambousek, A. Alt (učitel matematiky), František Tomaš Bratránek (filozof se zvláštním zájmem o přírodní vědy), J. Lindenthal, G. Mendel (učitel fyziky- drží v ruce fuchsii), V. Šembera, Pavel Křížkovský (hudebník a skladatel), J. B. Vorthey, opat Cyril František Napp (odborník na biblická studia a botaniku), František Matouš Klácel (filozof se zvláštním zájmem o přírodní vědy) Aurelius (Antonín?) Thaler Narozen: 13. června 1796 v Jihlavě Zemřel: 21. června 1843 Aurelius Thaler byl od roku 1824 do roku 1833 profesorem matematky na brněnském filozofickém učilišti. Byl členem řádu Augustiniánů na Starém Brně, kde konal botanické pokusy v klášterní zahradě. Považujeme ho za jednoho z prvních významných moravských botaniků. Je autorem herbáře, který využíval při svém studiu Gregor Mendel. Již od r. 1830 konal v klášterní zahrádce pokusy profesor matematiky Aurelius Thaler (1796–1843), zakladatel klášterního herbáře. Po Thalerově smrti převzal péči o herbář i zahrádku právě Klácel, který ji (1848) zase předal Mendelovi (jemuž také pomáhal v počátcích jeho přírodovědeckých studií). levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz KREDITOVÝ SYSTÉM þkredity podle časové náročnosti předmětu þ zpravidla počet hodin výuky za týden þ þUKONČENÍ PŘEDMĚTU þzápočet – žádný kredit navíc þkolokvium – 1 kredit navíc þzkouška – 2 kredity navíc levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz PODMÍNKY UDĚLENÍ ZÁPOČTU þaktivní účast ve výuce þze 7 (6?) přednášek max. 1 absence (omluvená/neomluvená všechno jedno) þasi jednostránková esej na téma: èCo jsem si představoval(a) pod pojmem „matematická biologie“ a co chci dělat/dokázat v „matematické biologii“? èProč jsem si vybral(a) obor „Matematická biologie“? è levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz KDO JE MATEMATICKÝ BIOLOG? þodborník s komplexním vzděláním v oblasti matematiky, analýzy dat a informatiky, ale zároveň i biologie a (bio)medicínských oborů; https://encrypted-tbn3.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcTIxBYPWe__4kT71CgB9Fo9QaFgxOXAcxHgszOX_NdAdyy 32Qjz3w þodborník s invenčním myšlením; þčlověk schopný analýzy a syntézy poznatků z různých oborů. http://akce.o106.com/files/einstein-222x300.jpg levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE þMatematická biologie (méně též biomatematika ?!) je obor biologie používající matematické metody ke studiu živých organismů. Jde o poměrně široký obor, který zahrnuje matematické přístupy ke zpracování biologických dat (např. bioinformatika a biostatistika) a matematické a počítačové modelování biologických systémů (např. biokybernetika, ekologie). þ http://danq.nantoka.info/zangletritecky/uploads/pl-wikipedie640.png levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE SMĚRY STUDIA þzpracování, analýza a modelování klinických, fyziologických a epidemiologických dat; http://www.svod.cz/graph/?sessid=flsa0vrumuivfbk0o6an2lnph1&typ=incmor&diag=C50&pohl=z&kraj=&vek_od =1&vek_do=18&zobrazeni=graph&incidence=1&mortalita=1&mi=0&vypocet=w&obdobi_od=1977&obdobi_do=2011&s tadium=&t=&n=&m=&pt=&pn=&pm=&t=&n=&zije=&umrti=&lecba=## þzpracování a analýza biologických, genomických a proteomických dat; þzpracování, analýza a modelování environmentálních dat. p_dna_03.jpg https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcTW00IaL2xyvvt4MTXo7rIlv9cIEnrzkrEvYtwVckP-xIH qnfxO levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz þVysvětlivky: þ þPPK - počet kreditů připadající na povinné a povinně volitelné předměty požadovaný pro absolvování, bez sportovního, jazykového a pedagogického minima a tzv. univerzitního základu, D/N značí značí počet kreditů za diplomový/nediplomový obor. þMin SP - sportovní minimum þMin JZB/JZM - jazykové minimum v bakalářském/magisterském stupni þZbývá do 180/120 - (garantovaný) počet kreditů pro volbu studenta þMax (a) až (d) - maximální počet kreditů, který lze požadovat za předměty skupin (a) až (d) þMax (a) až (e) - maximální počet kreditů, který lze požadovat za předměty skupin (a) až (e) þ þVýjimky schválené AS: þObor Matematická biologie z bakalářského studijního programu Experimentální biologie (dříve pouze Biologie) – PPK činí 158. Studium PPK Min SP Min. JZB/JZM Zbývá do 180/120 Max (a) až (d) Max (a) až (e) Jednooborové bak. 140 2 2 36 153 171 Dvouoborové bak. odb. 86/72 2 2 18 171 171 MATEMATICKÁ BIOLOGIE SCHVÁLENÁ KREDITOVÁ SKLADBA STUDIA levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE STUDIJNÍ PLÁNY þ1. rok studia þ þPodzimní semestr þPovinné předměty þBi1010 Fylogeneze a diverzita rostlin 3+2 kr. 3/0 zk þBi1041 Úvod do studia matematické biologie I þ 1 kr. 1/0 z þBi1700 Buněčná biologie 2+2 kr. 2/0 zk þBi2011 Teoretické základy informatiky 4+2 kr. 2/2 zk þC7777 Zacházení s chemickými látkami 0 kr. 0/0 z þMB102 Diferenciální a integrální počet 4+2 kr 2/2 zk þM1111 Lineární algebra a geometrie I 4+2 kr. 2/2 zk þ þDoporučené volitelné předměty þBi1010c Fylogeneze a diverzita rostlin – cv. 2 kr. 0/2 z þBi1700c Buněčná biologie – cvičení 1 kr. 0/1 z þC1601 Základy obecné a anorg. chemie 2+2 kr. 2/0 zk þ þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE STUDIJNÍ PLÁNY þ1. rok studia þ þJarní semestr þPovinné předměty þBi2000 Fylogeneze a diverzita živočichů 3+2 kr. 3/0 zk þBi3011 Algoritmizace a programování 4+1 kr. 2/2 k þBi6180 Biologie rostlin 2+2kr 2/0 zk þC2480 Základy organické chemie a biochemie 2+2 kr. 2/0 zk þM2B02 Diferenciální a integrální počet II 4+2 kr. 2/2 zk þM2110 Lineární algebra a geometrie II 4+2 kr. 2/2 zk þ þDoporučeně volitelné předměty þBi2000c Fylogeneze a diverzita živočichů – cv 2 kr. 0/2 z þBi6180c Biologie rostlin – cvičení 2 kr. 0/2 z þBi8668 Matematická analýza s použitím MAPLE 2 kr. 0/2 z þ þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE STUDIJNÍ PLÁNY þ2. rok studia þ þPodzimní semestr þPovinné předměty þBi1051 Úvod do studia matematické biologie II 1 kr. 1/0 z þBi3060 Obecná genetika 3+2 kr. 3/0 zk þBi5080 Základy ekologie 2+2 kr. 2/0 zk þC3580 Biochemie 3+2 kr. 3/0 zk þC7777 Zacházení s chemickými látkami 0 kr. 0/0 z þM3121 Pravděpodobnost a statistika I 4 kr. 2/2 z þM4130c Výpočetní matematické systémy 4 kr. 2/2 z þM5858 Spojité deterministické modely I 4+2 kr 2/2 zk þ alternace s þM8230 Diskrétní deterministické modely 4+2 kr 2/2 zk þ þDoporučeně volitelné předměty þBi3061 Praktikum z obecné genetiky 2 kr. 0/2 z þ þ þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE STUDIJNÍ PLÁNY þ2. rok studia þ þJarní semestr þPovinné předměty þBi2060 Základy mikrobiologie 3+2kr 2/1 zk þBi4010 Základy molekulární biologie 2+2kr 2/0 zk þBi4011 Týmový projekt z Matematické biologie 2 kr. 0/2 z þBi5045 Biostatistika pro matematickou biologii 4+2 kr. 3/1 zk þBi6790 Biologie živočichů 2+2 kr. 2/0 zk þM4122 Pravděpodobnost a statistika II 4+2 kr. 2/2 zk þ þDoporučeně volitelné předměty þBi4010c Základy molekulární biologie – cvičení 1 kr. 0/1 z þBi6790c Biologie živočichů – cvičení 2 kr. 0/2 z þ þ þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE STUDIJNÍ PLÁNY þ3. rok studia þ þPodzimní semestr þPovinné předměty þBi3101 Úvod do matematického modelování 2+2 kr. 2/0 zk þBi5008 Bakalářská práce z matematické biologie I. þ 5 kr. 0/5 z þBi5011 Seminář k bakalářské práci z Matematické biologie þ 2 kr. 0/2 z þBi5440 Signály a lineární systémy (Časové řady) 3+2 kr. 2/1 zk þBi7492 Analýza sekvencí DNA 3+2 kr 2/1 zk þBi8600 Vícerozměrné metody 3+2 kr. 2/1 zk þC7777 Zacházení s chemickými látkami 0 kr. 0/0 z þM5858 Spojité deterministické modely I 4+2 kr 2/2 zk þM8230 Diskrétní deterministické modely 4+2 kr 2/2 zk þDoporučeně volitelné předměty þM5VM05 Statistické modelování 3+2 kr 2/1 zk þ þ þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE STUDIJNÍ PLÁNY þ3. rok studia þ þJarní semestr þPovinné předměty þBi6010 Bakalářská práce z matematické biologie II. þ 5 kr. 0/5 z þBi6011 Seminář k bakalářské práci z Matematické biologie þ 2 kr. 0/2 z þBi8150 Evoluční biologie 3+2 kr 3/0 zk þ þBi6084 Bakalářská státní závěrečná zkouška z Matematické biologie þ 0 kr. 0/0 SZk þ þ þ þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE STUDIJNÍ PLÁNY þVOLITELNÉ PŘEDMĚTY þPodzimní semestr þDoporučené volitelné předměty þBi1010c Fylogeneze a diverzita rostlin – cvičení 2 kr. 0/2 z þBi1700c Buněčná biologie – cvičení 1 kr. 0/1 z þBi3061 Praktikum z obecné genetiky 2 kr. 0/2 z þBi5447 Databázové systémy v biomedicíně 2+2 kr. 1/1 zk þBi8600c Vícerozměrné metody – cvičení 1 kr. 0/1 z þM5VM05 Statistické modelování 3+2 kr 2/1 zk þPV131 Digitální zpracování obrazu 4+2 kr. 2/2 zk þ þVolitelné předměty z širšího oboru þC1601 Základy obecné a anorganické chemie 2+2 kr. 2/0 zk þC4300 Chemie životního prostředí I - Environmentální procesy þ 2+2 kr. 2/0 zk levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE STUDIJNÍ PLÁNY þVOLITELNÉ PŘEDMĚTY þJarní semestr þDoporučené volitelné předměty þBi2000c Fylogeneze a diverzita živočichů – cv. 2 kr. 0/2 z þBi4010c Základy molekulární biologie – cvičení 1 kr. 0/1 z þBi6180c Biologie rostlin – cvičení 2 kr. 0/2 z þBi6790c Biologie živočichů – cvičení 2 kr. 0/2 z þBi7527 Analýza dat v R 2+2 kr. 2/0 zk þBi8668 Matematická analýza s použitím MAPLE 2kr. 0/2 z þM6130 Výpočetní statistika 3+2 kr. 2/2 zk þ þVolitelné předměty z širšího oboru þC4310 Chemie životního prostředí II - Zdroje znečištění, složky prostředí a jejich znečištění - technosféra, atmosféra þ 2+2 kr. 2/0 zk þ þ levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU © Institut biostatistiky a analýz þZA DVA TÝDNY NA SHLEDANOU