install.packages(vegan)
library(vegan)

vtaky <- read.csv("c:/DANKA HLAVNY ADRESAR/Vyuka/Bi5980 Biodiverzita/Biodiverzita vyuka 2015/03_2015_data.csv",sep=";",dec=",", header=T)

vtaky
head(vtaky)
tail(vtaky)

    #dist ... funkcia pre distance matrix computation pocita vzdialenosti medzi riadkami matice, 
              preto data vtaky musime transponovat

tvtaky <-t(vtaky)     
tvtaky

tvtaky_upr <- tvtaky[-1,]  ## vylucime riadok 1, kde boli nazvy ##

euklid.distance <- dist(tvtaky_upr,method='euclidean')
euklid.distance


euklid.stvorcova <- as.data.frame(as.matrix(euklid.distance))  
                       #alebo euklid.stvorcova <- as.matrix(euklid.distance)
                       #alebo hned od zac. maticu vzd. s diagonalou aj hornou castou nad diagonalou 

euklid.cela <- dist(tvtaky_upr, method='euclidean', diag = T, upper = T)
euklid.cela

getwd()
setwd("c:/DANKA HLAVNY ADRESAR/Vyuka/Bi5980 Biodiverzita/Biodiverzita vyuka 2015")
write.table(as.matrix(euklid.cela), file="euklid.csv", sep=";")   #ulozi vyslednu tab vzdialenosti

bray <- vegdist(tvtaky_upr, "bray", diag = T, upper = T)    
                       # funkcia vegdist ... dalsie indexy vzdialenosti alebo podobnosti 
bray

gower <- vegdist(tvtaky_upr, "gower", diag = T, upper = T) 
gower