C2115 Praktický úvod do superpočítání -1-
C2115
Praktický úvod do
superpočítání
Petr Kulhánek, Tomáš Bouchal
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta,
Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
organizace
C2115 Praktický úvod do superpočítání -2-
Obsah
 Organizace výuky
harmonogram, bloková výuka, zakončení předmětu
 Klastr WOLF
struktura, pravidla používání, správci, učebna 1.18
 Prerekvizity
účty
C2115 Praktický úvod do superpočítání -3Organizace
výuky
C2115 Praktický úvod do superpočítání -4Harmonogram
semestru
Výuka: 21. září 2015 - 18. prosince 2015
Zkouškové období: 4. ledna 2016 - 14. února 2016
Celkový počet odpřednášených hodin: 13 x 2 hodiny = 26 hodin
Zakončení: kolokvium (2 kredity)
Celková hodinová zátěž předmětu: 2 kredity -> 2x 26 hodin = 52 hodin (viz ECTS Label)
cca 10 hodin na den během
5-ti denní blokové výuky :-)
C2115 Praktický úvod do superpočítání -5Bloková
výuka
Pondělí – Čtvrtek: výuka
začátek v 9:00, konec v 16:00
oběd a přestávky dle probírané látky
Úterý: výuka 9:00 – 12:00
14:00 exkurze MetaCentrum, CERIT-SC,
Botanická 68a
Pátek: výuka
začátek v 9:00, konec v 10:00
závěrečný test: začátek v 10:00
Zakončení:
- finální test (1 hodina, 50 otázek) 50 bodů
- souhrnný protokol z dílčích cvičení
=======================================================
Celkem: 50 bodů
Uspěl: >= 30 bodů
C2115 Praktický úvod do superpočítání -6Protokol
- náležitosti
 uveďte celé vaše jméno a datum vypracování
 protokol bude obsažen v jednom souboru
 číslujte strany
 uvádějte zadání úkolu (může být zestručněno) včetně jeho čísla (viz níže) a poté vaše
řešení; uvádějte pouze relevantní informace tak, aby bylo možné vámi prezentovaný
výsledek reprodukovat
 grafy budou správně popsány, tj. bude uvedena legenda os, popis datových řad, v
případě proložení křivkou budou naměřené či vypočítané datové body zvýrazněny
křížkem; doporučuji grafy skriptovat v gnuplotu
 pokud má veličina jednotku, tak ji vždy uveďte; mezi hodnotou a jednotkou se uvádí
mezera, kromě úhlových jednotek (stupeň, minuta, sekunda), kde se mezera neuvádí
 pokud výsledkem cvičení není kvantitativní výsledek, tak stručně popište, co jste
provedli
 protokol odevzdejte v pdf formátu do pátku 5. února 2016 10:00 do Odevzdávárny
"Protokoly"; název souboru bude PříjmeníJménoC2115.pdf
L.C.U
číslo lekce
číslo cvičení číslo úkolu
Číslování úkolů:
C2115 Praktický úvod do superpočítání -7Týmová
práce
Teamwork is essential. It allows you to
blame someone else.
Týmová práce je povolena, ale jejím cílem by nemělo být vyhovět výše uvedenému rčení.
C2115 Praktický úvod do superpočítání -8Klastr
WOLF
C2115 Praktický úvod do superpočítání -9Struktura
klastru WOLF
univerzitní síť
wolf.ncbr.muni.cz
místní síť
wolf.wolf.inet
wolf
switch
wolf03 wolf04 wolf05wolf02wolf01
wolf06 wolf07 wolf08 wolf23
server pracovní stanice (výpočetní uzly)
veřejně nedostupná doména:
wolf.inet
Operační systém: Ubuntu 14.04 (Trusty) LTS
http://www.ubuntu.com/
C2115 Praktický úvod do superpočítání -10Pravidla
používání
Klastr WOLF je určen výhradně pro účely výuky či pro vědeckou práci v rámci
Národního centra pro výzkum biomolekul.
Dodržují se pravidla užívání počítačové sítě Masarykovy univerzity:
https://is.muni.cz/auth/do/rect/normy/smernicerektora/Smernice_MU_6-2011.pdf
Klastr WOLF Je vysloveně zakázáno používat pro:
 stahování nelegálního obsahu (autorsky chráněná díla apod.)
 rozesílání virů, spamů, nevyžádané pošty a podobných materiálů
 prolomení ochrany jiných počítačů
 čtení, mazaní či změnu nechráněného obsahu souborů jiných uživatelů
Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně
nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v
nešifrované formě!
C2115 Praktický úvod do superpočítání -11Správci
klastru
Hlavní správce klastru WOLF:
Jakub Štěpán
Správa účtů, hardware, systému a systémových aplikací
Správce aplikací pro vědecko-technické výpočty (moduly):
Petr Kulhánek
Než kontaktujete správce, konzultujte svůj problém s vaším kolegou, vyučujícím nebo
školitelem. Pokud problém nevyřešíte, oznamte problém správcům e-mailem na
support@lcc.ncbr.muni.cz
Ve zprávě uveďte
 Popis problému, název příkazu
 Jméno uživatele, stroje
 Kopie chybového výstupu (celý od zadání příkazu)
C2115 Praktický úvod do superpočítání -12Učebna
1.18
Učebna s 23 PC
3D vizualizace
Uspořádaní do
výpočetního klastru
Učebna je volně přístupná studentům, kteří studují v NCBR a dále studentům,
kterým v daném semestru v učebně probíhá výuka.
Bezpečnost práce!
C2115 Praktický úvod do superpočítání -13-
Prerekvizity
C2115 Praktický úvod do superpočítání -14-
Prerekvizity
 Přístup do pavilonu A4 a přes přepážku (ISIC)
 Studijní materiály – IS MUNI a nebo v
/home/kulhanek/Data/C2110
/home/kulhanek/Data/C2115
C2115 Praktický úvod do superpočítání -15Prerekvizity
- účty
 Kdo nemá účet v MetaCentru – ihned podá přihlášku!
 Kolik studentů má rozdílné přihlašovací jméno na klastr WOLF a do
MetaCentra?
 Účet na klastru WOLF
https://wolf.ncbr.muni.cz
 založení účtu
 reset hesla, prodlužování platnosti účtu
 obsazení učebny
 dokumentace
 Účet ve virtuální organizaci MetaCentrum
http://metavo.metacentrum.cz
 přihláška
 správa účtu
 přehled výpočetních zdrojů a datových úložišť
 dokumentace