C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -1Petr
Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta
Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
Referenční manuál - Infinity
C7800
Počítačová chemie a
molekulové modelování I -
cvičení
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -2-
Infinity
https://lcc.ncbr.muni.cz/whitezone/development/infinity/
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -3Přehled
příkazů
Správa software:
• module aktivace/deaktivace software
Správa úloh:
• psubmit zadání úlohy do dávkového systému
• pinfo informace o úloze
• pgo přihlásí uživatele na výpočetní uzel, kde se úloha vykonává
• pjobs přehled úloh uživatele zadaných do dávkového systému
Další užitečné příkazy: pqueues, pnodes, pqstat
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -4Životní
cyklus úlohy
...... ...... ......
fronty(queues) short normal long
torque-server (pbs_server)
stav uzlů
(nodes)
pnodes
pjobs
pqstat
pqueues
torque-scheduler (pbs_sched)
řazení úloh na výpočetní uzly
dle požadovaných zdrojů
torque-mom
(pbs_mom)
torque-mom
(pbs_mom)
výpočetní uzel#1
np=2
výpočetní uzel#2
np=1
psubmit psubmit
psubmit
připravená úloha
čekající úloha
běžící úloha
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -5-
Úloha
Úloha musí splňovat následující podmínky:
• každá úloha se spouští v samostatném adresáři
• všechny vstupní data úlohy musí být v adresáři úlohy
• adresáře úloh nesmí být do sebe zanořené
• průběh úlohy je řízen skriptem nebo vstupním souborem (u automaticky
detekovaných úloh)
• skript úlohy musí být v bashi
• ve skriptu úlohy se nesmí používat absolutní cesty, všechny cesty musí být uvedeny
relativně k adresáři úlohy
/home/kulhanek
job1
job2
/home/kulhanek
job1
job2
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -6Spuštění
úlohy v gaussianu
Úlohy v programu Gaussian budeme spouštět vždy přes rozhraní Infinity. Úlohy budeme
spouštět na 1 CPU ve frontě normal, kde výpočetní uzel bude vaše pracovní stanice.
$ module add gaussian
$ psubmit localhost@normal soubor.com
aktivace modulu gaussian
pouze jednou v daném terminálu
vstupní soubor pro program gaussian
úloha bude zařazena do fronty normal
(max imální doba běhu úlohy 12 hodin)
běh úlohy je omezen pouze na vaší
pracovní stanici
Po doběhnutí úlohy bude výsledek výpočtu uložen v souboru soubor.log
K monitorování průběhu úlohy lze použít příkaz pinfo, který se spouští v adresáři úlohy.
Dalšími možnostmi jsou příkazy pjobs a pqstat.
Pokud je úloha spuštěna, je možné použít příkaz pgo, který vás příhlásí na výpočetní uzel a
změní aktuální adresář do pracovního adresáře úlohy. Lze tak kontrolovat průběh výpočtu
za běhu úlohy.
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -7Servisní
soubory
V adresáři úlohy vznikají při zadání úlohy do dávkového systému a dále v průběhu života
úlohy a po jejím ukončení servisní soubory. Jedná se o textové soubory, které je možné
analyzovat pomocí libovolného textového prohlížeče (příkazy less, more) či editoru (vi,
kwrite, gedit). Pro účely cvičení je možné obsah souborů ignorovat, kromě případů, kdy
úloha nedoběhne v pořádku.
Význam souborů je následující:
• *.info kontrolní soubor s informacemi o průběhu úlohy
• *.infex vlastní skript (wrapper), který se spouští dávkovým systémem
• *.infout standardní výstup z běhu *.infex skriptu, nutno analyzovat při
nestandardním ukončení úlohy
• *.nodes seznam uzlů vyhrazených pro úlohu
• *.gpus seznam GPU karet vyhrazenych pro úlohu
• *.key unikátní identifikátor úlohy
• *.stdout standardní výstup z běhu skriptu úlohy, nutno analyzovat při
nestandardním ukončení úlohy
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -8Přenos
dat
Typ synchronizace Význam
sync Data úlohy jsou při spuštění úlohy zkopírována ze vstupního
adresáře do pracovního adresáře. Pak je spuštěn vlastní výpočet. Po
jeho doběhnutí jsou všechna data z pracovního adresáře
zkopírována zpět do vstupního adresáře úlohy.
Uživatelské rozhraní (UI)
(Frontend)
/job/input/dir
Výpočetní uzel #1
Worker Node (WN)
/scratch/job_id/
rsync
rsync
Poznámky:
• výchozí synchronizační mód
• při použití localhost@normal je výpočetní uzel a uživatelské rozhraní identický stroj