C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -1Petr
Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta
Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
Referenční manuál - Nemesis
C7800
Počítačová chemie a
molekulové modelování I -
cvičení
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -2-
Nemesis
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -3-
Nemesis
Spuštění programu:
$ module add nemesis
$ nemesis
Myš:
Levé tlačítko selekce
Prostřední tlačítko rotace
Levé tlačítko posun
Kolečko zoom
Modifikátory:
Shift XZ -> Y pohyby
Ctrl přepíná mezi sekundárním a primárním manipulátorem
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -4Nemesis
– Build Project
vrstvy
grafické modely
stavba/editace molekuly
měření geometrie
Nastavení silového pole pro optimalizaci: menu Geometry-> Optimizer Setup
optimalizace geometrie
pomocí silového pole
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -5Vizualizace
optimalizace geometrie
1) Projekt: Trajectory
2) File->Import Trajectory as -> Gaussian Geometry Optimization
dvojklik
dvojklik
průběh optimalizace
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování – cvičení -6Vizualizace
vibrací
1) Projekt: Trajectory
2) File->Import Trajectory as -> Gaussian Vibrations
dvojklik dvojklik
zvolíme vibraci
spustíme animaci