C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -1-
C7790
Počítačová chemie a
molekulové modelování I
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení
Petr Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta
Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
Úvod
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -2Hlavní
směřování přednášky
ENERGIE FUNKCE
STRUKTURA
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -3Obsah
- cvičení
 Stručný úvod do Linuxu
pouze minimum pro přežití
C2110 Operační systém UNIX a základy programování
 Praktické procvičování probírané látky z přednášky
I. Samostatný projekt (monomer a dimer molekuly vody)
geometrie a interakční energie (gaussian)
 II. Samostatný projekt (modelování reakce)
mechanismus jednoduché reakce za použití semiempirické kvantově
chemické metody (gaussian)
 III. Samostatný projekt (molekulová dynamika)
studium konformačního chování malé organické molekuly (AMBER)
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -4Harmonogram
semestru
Výuka: 21. září 2015 - 18. prosince 2015
Zkouškové období: 4. ledna 2016 - 12. února 2016
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I
Zakončení: klasifikovaný zápočet (2+1 kredity), zkouška (2+2 kredity)
Celkový počet odpřednášených hodin: 12 x 2 hodiny = 24 hodin (-1 týden svátky)
Celková hodinová zátěž předmětu: 4 kredity -> 4 x 26 hodin = 104 hodin studijní zátěže
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I – cvičení
Zakončení: zápočet (1 kredit)
Celkový počet odpřednášených hodin: 12 x 1 hodiny = 12 hodin (-1 týden svátky)
Celková hodinová zátěž předmětu: 1 kredit -> 1 x 26 hodin = 26 hodin studijní zátěže
C7790: Samostudium, domácí úlohy, příprava na zkoušku: 80 hodin
C7800: Vypracování protokolů: 14 hodin
Celkem: 94 hodin
1 ECTS kredit -> 26 hodin studijní zátěže
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -5Hodnocení
znalostí
Zakončení:
 tři protokoly ze samostatných projektů (cvičení)
 závěrečný test (případně ústní pohovor)
Test 50 otázek (50 bodů); délka 1 hodina;
hodnocení F < 30 bodů;
hodnocení E = <30, 35) bodů;
hodnocení D = <35, 40) bodů;
hodnocení C = <40, 45) bodů;
hodnocení A a B >= 45 bodů plus ústní pohovor.
Hodnocení lze zlepšit o jeden stupeň (a neomezeně zhoršit) ústním pohovorem.
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -6Související/Navazující
předměty
Přednášky zaměřené na teorii
C9920 Úvod do kvantové chemie a elektronové struktury molekul
C9930 Metody kvantové chemie
C9550 Kvantová chemie a molekulová spektroskopie
C9545 Chemical Bond Theory
C9540 Introduction to Computational Quantum Chemistry
C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II
C8856 Počítačová chemie a molekulové modelování II cvičení
C8863 Výpočty volných energií
C8862 Výpočty volných energií – cvičení
C9925 Introduction to soft matter models of membranes and proteins
Přednášky zaměřené na počítání
C2110 Operační systém UNIX a základy programování
C2115 Praktický úvod do superpočítání