Návod na spuštění úlohy v Metacentru

1.       Zaregistrovat se v Metacentru

2.       Nahrát soubory dat a skriptů na server metacentra přes WinSCP:

Hostname: skirit.ics.muni.cz

User name: xUČO

Password: primární IS

vyrobit si složku (ideálně na /auto/brno2/home/ - lze i jinde než brno2, ale tady by nemělo dojít
k žádným problémům, pak lze psát napevno adresu brno2.)


nahrávát je třeba: soubor s daty, maple skript, shell skript pro spuštění úlohy


3.       Stáhnout si program putty.exe (ve Windows) pro komunikaci se serverem.

4.       Připojit se na server Metacentra přes Putty

Hostname: skirit.ics.muni.cz, login as: xUČO, password: primární IS

5.       Otevřít Screen, pro přístup k výpočtům i po zavření okna:

screen (zapne se)

výpis seznamu existujících screenů: screen -ls

výběr okna screenu: screen s popiskem Attached je aktivní, a v něm poběží následně spuštěný
výpočet. Lze otevřít i jiné okno screenu, přenastavit pomocí screen –r číslo_screenu

6.       Ověření dostupných zdrojů na webu metacentra http://metavo.metacentrum.cz/

a.       záložka Stav zdrojů -> Osobní pohled - v Sestavovači příkazu qsub na této stránce je třeba
navolit svoje požadavky na výpočet a vygenerovat sekvenci příkazu qsub, např.:

 qsub -l walltime=1d -l mem=60gb -l scratch=2gb -l nodes=1:ppn=1:x86_64:linux:brno

(úloha poběží maximálně 1 den s alokovanou pamětí 60gb, na jednom uzlu, 1 procesoru)

b.      pod vygenerovaným qsub je napsáno, jestli aspoň jeden stroj odpovídá mým požadavkům. Když
ano, pokračuju dál. (Když ne, můžu zkusit pokračovat dál, pokud jsou jen stroje aktuálně zabrané
někým jiným – můj požadavek se vloží do fronty a po uvolnění zdrojů se sám spustí. Jinak můžu
přehodnotit požadavky, anebo napsat administrátorům.


7.       Spuštění úlohy

a.       Do Putty nakopírovat vygenerovaný qsub a na konec připsat název svojí úlohy s příponou
.sh, která spustí Maple a Maplový skript s výpočtem.

qsub -l walltime=1d -l mem=60gb -l scratch=2gb -l nodes=1:ppn=1:x86_64:linux:brno ulohamaplempl.sh

b.      Spustit. Putty vypíše název spuštěné úlohy a jméno serveru, na kterém úloha běží, např.
7757201.arien.ics.muni.cz To lze sledovat online na webu Metacentra na adrese
http://metavo.metacentrum.cz/pbsmon2/user/moje_slozka

Po kliknutí na název stroje je možné vidět další podrobnosti o běhu úlohy, např. do kdy se
nejpozději ukončí.



Shellový skript pro spuštění úlohy v Maple:

Pro spuštění skriptu v Maple je potřeba mít napsaný jednoduchý skript v shellu bash, který je možné
připsat do příkazu qsub a poslat tak úlohu do fronty úloh. Skript můžu napsat v poznámkovém bloku a
poté přepsat příponu na .sh

Obsah skriptu:

#!/bin/bash


#inicializace modulu maple

module add maple


#nastaveni adresare kde mam skript a data

cd /storage/brno2/home/moje_slozka/


#predani vstupnich dat programu maple

maple < zadani_ulohy_maple.mpl