Harmonogram 2016 •5.10 Medalová - rešerše •12.10 Medalová - bakalářka •19.10 Vaculová Hyršlová začátky práce v nové laboratoři, rady a tipy •26.10 Medalová - publikace •2.11 Kratochvíl – citování v praxi •9.11 Vaculová Hyršlová – prezentace, přednáška, poster •16.11 Vaculová Hyršlová - granty •23.11 •30.11 prezentace studentů •7.12. prezentace studentů Podmínky získání zápočtu •Prezence – max. 2 absence • •Vypracování a přednesení prezentace na téma aktuálně zpracovávané závěrečné práce + handout Zdroje a vyhledávání informací pro vědeckou práci Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. jipro@sci.muni.cz • • •Zdroje informací •knihovny (http://aleph.muni.cz/F) • (http://projekt.cistbrno.cz) •internetové databáze •ostatní (osobní kontakt, žádost o článek…) • •Typy informací •současný stav dané problematiky •statistické údaje (WOS) •praktické informace •grafická data Principy vyhledávání •„Každé 3 dny vzniká zhruba stejné množství dat jako od počátku civilizace do roku 2003.“ (Jeff Jonas) •Boolean AND, OR, NOT, NEAR, () •Search Engine Math +,-,““ •Pozor na umístění mezery, např. +cell +cycle (hierarchie) •Používání zástupných symbolů (PubMed *, aleph ?, IS %) •Klíčová slova – téma bez spojek a předložek a obecných výrazů • např.: zdraví prospěšné látky obsažené v lněném semínku •http://elektra.ff.cuni.cz/ingram/online-manualy/jak-hledat-informace-rychle-a-efektivne •„Každé 3 dny vzniká zhruba stejné množství dat jako od počátku civilizace • •do roku 2003.“ (Jeff Jonas) ANd9GcR5lEW3q2_wSRBoFqqy97CvK3LmqQQ7kW79TyO2Kg8yNfRlY9h6vqMtxlI • • Výsledek obrázku pro pubmed logo Současný stav dané problematiky •PubMed •http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi – export a ukládání dat (Clipboard, My NCBI account) • • •Informační systém MU •http://library.muni.cz/ezdroje – abstrakty, fulltexty, seznamy fulltextových časopisů, knih – jedno rozhraní pro vyhledávání pro všechny zdroje na MU – – PubMed – co všechno můžete hledat •Obtain the full text of an article •Find articles about a topic similar to that in a given article •Find bioassays in which a given drug is active •Find bioassays that test a particular disease or protein target •Find expression patterns •Compare protein homologs between two microbial genomes •View/download features around an object or between two objects on a chromosome •Download the complete genome for an organism •Find sequenced genomes, including those in progress, for a taxonomic group •Find a homolog for a gene in another organism •View the 3D structure of a protein •Align two or more 3D structures to a given structure •Find the function of a gene or gene product •Find transcript sequences for a gene •Design PCR primers and check them for specificity •Obtain genomic sequence for/near a gene, marker, transcript or protein •Find the complete taxonomic lineage for an organism •Generate a Common Tree for a set of taxa •Learn about the basics of molecular biology and bioinformatics •View a mutation site in a 3D structure •View all SNPs associated with a gene •View genotype frequency data for a gene, disease or SNP •Find genes associated with a phenotype or disease •Find human variants associated with a phenotype or disease as reported in the literature •Find human variants with a clinical association in the SNP database • •Jak pracovat s PubMedem • • •Vyhledávání konkrétního článku Odborné vs. lidové termíny •Osobní schránka • •databáze •My NCBI •Uchovávání vyhledávaných výsledků, statistika • • • •Really Simple Syndication – buď přehledný formát výsledku hledání, nebo možnost zasílání aktualizací (RSS čtečka) • Základní stránka pro el. zdroje na PřF http://ezdroje.muni.cz/ • Připojování se z PC mimo síť MU •nutná registrace v is.muni.cz •http://ezdroje.muni.cz/vzdaleny_pristup/?lang=cs –EZProxy –VPN –Shibboleth – •Informace poskytované knihovnou –https://kuk.muni.cz/vyuka/materialy/ Vyhledávání fulltextů - Discovery • • • • • • • Statistické údaje •Web of Sciences - impact factor časopisů –- citovanost autorů, článků –- Current content počet citací článků, které vyšly „Impact factor“ za rok X = v daném časopise v letech (X-1) a (X-2) počet článků vyšlých v daném časopise v letech (X-1) a (X-2) počet citací článků, které vyšly „Immediancy factor“ za rok X = v daném časopise v roce X počet článků vyšlých v daném časopise v roce X • • •https://www.myendnoteweb.com/EndNoteWeb.html?func=slogout&locale=en_us& •Citační manažer EndNoteWeb •REGISTRACE •2. Možnost – cite while you write • - stažení aplikace •http://www.myendnoteweb.com/EndNoteWeb.html?func=downloadInstallers& Cite while you write • • • • Citační manažer Mendeley • • •Nutné stáhnout desktop verzi Citační manažer Zotero •https://kuk.muni.cz/vyuka/materialy/zotero/index.html • •https://is.muni.cz/auth/elearning/warp?furl=%2Fauth%2Fel%2F1411%2Fpodzim2006%2FDSVIz01%2Findex.qwa rp;so=ta;qurl=%2Fel%2F1411%2Fpodzim2006%2FDSVIz01%2Findex.qwarp;prejit= •Citační rozcestník •https://kuk.muni.cz/vyuka/materialy/index.php •KUK nápověda •http://www.citace.com/ •Citační formát •http://is.muni.cz/do/rect/el/estud/prif/ps11/metodika/web/ebook_citace_2011.html#uvod •Metodika tvorby bibliografických citací •V případě pochybností jak citovat si pročtěte níže uvedené zdroje •Praktické informace •Laboratorní průvodce http://www.labo.cz/ •Gate to Biotech http://www.gate2biotech.com/ •Abcam http://www.abcam.com/ •Laboratorní manuály http://userpages.umbc.edu/~jwolf/method1.html • http://www.cshprotocols.org/ •Konference • http://www.conference-service.com/conferences/biology.html • http://www.conferencealerts.com/biology.htm •FEBS - http://www.febs.org/ •EMBO - http://www.embo.org/ •ČSBMB - http://www.csbmb.cz/ • Další pomůcky •Sigma pomůcky •http://www.sigmaaldrich.com/technical-service-home/web-tool-box.html • •Cell signalling technology •http://www.cellsignallingbiology.org •http://www.cellsignal.com/common/content/content.jsp?id=science-pathways • •ProteinLounge (placené, možná trial for free) •http://www.proteinlounge.com • •Reactome •http://www.reactome.org • •Qiagen •http://www.sabiosciences.com/pathwaycentral.php