install.packages(vegan)
library(vegan)

vtaky <- read.csv("c:/DANKA HLAVNY ADRESAR/Vyuka/Bi5980 Biodiverzita/Biodiverzita vyuka 2016/03_2016_DataPtaci.csv",sep=";",dec=",", header=T)

vtaky
head(vtaky)
tail(vtaky)

#dist ... funkcia pre distance matrix computation pocita vzdialenosti medzi riadkami matice, preto data vtaky musime transponovat

tvtaky <-t(vtaky[,-1]) ## transponovanie a vylucenie prveho stlpca kde boli nazvy druhov ##
tvtaky

euklid.distance <- dist(tvtaky,method='euclidean')
euklid.distance
# matica vzdialenosti je trojuholnikova, ak chceme aj s diagonalou a hornou castou nad diagonalou, tak: 

#

euklid.cela <- dist(tvtaky, method='euclidean', diag = T, upper = T)
euklid.cela

getwd()
setwd("c:/DANKA HLAVNY ADRESAR/Vyuka/Bi5980 Biodiverzita/Biodiverzita vyuka 2016")
write.table(as.matrix(euklid.cela), file="euklid.csv", sep=";")   #ulozi vyslednu tabulku vzdialenosti

#

bray <- vegdist(tvtaky, "bray", diag = T, upper = T)    
                       # funkcia vegdist ... dalsie indexy vzdialenosti alebo podobnosti 
bray

gower <- vegdist(tvtaky, "gower", diag = T, upper = T) 
gower