•ANOSIM – analysis of similarities



•Bray-Curtis nepodobnost



Bray-Curtis podobnost
•Bray-Curtis neodobnost = Sørensenův kvantitativní koeficient, kde aN a bN jsou celkové počty
jedinců v společenstvech A a B, jN je pak suma abundancí pokud se druh nachází v obou
společenstvech, je počítána vždy z nižší abundance daného druhu ve společenstvu
•
•
•
•Bray-Curtis nepodobnost:
•1-CN

•Vícerozměrné metody



Základní typy vícerozměrných analýz
•Klasifikuje vzorky (lokality), druhy nebo proměnné
•Nachází skupiny v datech
•Uspořádá vzorky podél trendu v datech
•Ordinace
•Shluková analýza
•x
•y
•
•
•Factor axes
•y
•x
•
•
•
•
•
•
•
•similarity

•Nemetrické mnohorozměrné škálování



Nemetrické mnohorozměrné škálování
uMnohorozměrné škálování se používá jako průzkumná metoda
uCílem analýzy je zobrazit pozorované podobnosti nebo nepodobnosti (vzdálenosti) mezi zkoumanými
objekty v euklidovském prostoru
uPomocí NMDS můžeme analyzovat nejenom korelační matice (tak jako je tomu v PCA) ale i jakoukoliv
jinou matici podobnosti/nepodobnosti
•
•
•neparametrická ordinace je robustnější k vychýleným hodnotám (např. druh s výjimečně vysokou
abundancí na lokalitě v jednom roku)
•dá sa použít před použitím nehierarchického shlukování k-průměrů (v případech kdy není možné
použít euklidovské vzdálenosti)
•
•
•počet dimenzí musí byt určen předem
•těžko interpretovatelné výsledky

Nemetrické mnohorozměrné škálování
•REÁLNA DATA
u26 společenstev tří různých typů lokalit (kamenolomy, xerotermní referenční lokality, staré
kamenolomy)
udatová matice: 26 vzorek x 56 druhů šneků; hodnoty = dominance
u NMDS – 2 dimenze

•ANOSIM



ANOSIM – analysis of similarities
u ANOSIM poskytuje možnost statisticky testovat zda jsou signifikantní rozdíly mezi dvěma nebo
vícerými skupinami společenstev (lokalit; vzorků).
u ANOSIM pracuje přímo na matici vzdálenosti/nepodobnosti; ovšem s jejich pořadími.
u metodu můžeme použít k vyhodnocení rozdílů v uspořádání vzorků (společenstev) v NMDS ordinaci.
u Když se dvě skupiny vzorků liší z hlediska společenstev druhů, nepodobnost mezi skupinami bude
větší než nepodobnost uvnitř skupin. Statistika R je založena na rozdílu průměrného pořadí mezi
skupinami (r_B) a uvnitř skupin (r_W).
• R = (r_B - r_W)/(N (N-1) / 4)
u
u
u R od –1 do +1 (0: náhodné skupiny).
u Statistická významnost R se počítá permutacemi vektoru, který zařazuje vzorky do skupin

ANOSIM a ADONIS
u ANOSIM může někdy vést k těžce interpretovatelným výsledkům.
u Většina situací, které řešíme metodou ANOSIM, může být zpracována pomocí ADONIS, která je více
robustní (Permutational Multivariate Analysis of Variance Using Distance Matrices) – je analogická
k MANOVA (Multivariate analysis of variance).
u ADONIS: označovaná i “permutational manova” (dříve:  “neparametrická manova”).
u ADONIS: statistická významnost testovaná pomocí F-testu a permutací vysvětlující proměnné (vektor
zařazující vzorky do skupin; možné vícerúrovňové třídění; permutace různého typu).