------------------ NMDS --------------------------------------------------------------------
getwd()
setwd("c:/DANKA HLAVNY ADRESAR/Vyuka/Bi5980 Biodiverzita/Biodiverzita vyuka 2016")

sneky <- read.csv("07_2016_DataSneky_CaseStudy.csv",sep = ";" ,dec = ",", header = T, row.names = 1)  # nazvy riadkov su povodny prvy stlpec 
sneky
head(sneky)
tail(sneky)


snekyDruh <- sneky[ ,1:56]  # nacteni casti tabulky s druhy na lokalitach jako snekyDruh
snekyDruh

snekyEnv <- sneky[ ,57:67]  # nacteni casti tabulky s vlastnostmi lokalit jako snekyEnv
snekyEnv

snekyDruh.bray <- vegdist(snekyDruh, "bray", diag = T, upper = T)
snekyDruh.bray

?metaMDS
NMDS.snekyDruh <- metaMDS(snekyDruh, distance = "bray", k = 2)
NMDS.snekyDruh
ordiplot (NMDS.snekyDruh, type = 't')

NMDS.snekyDruh <- metaMDS(snekyDruh, distance = "bray", k = 2, autotransform = FALSE)
NMDS.snekyDruh
ordiplot (NMDS.snekyDruh, type = 't')

plot (NMDS.snekyDruh, display = 'sites', type = 't')   #  graf s cislami lokalit
plot (NMDS.snekyDruh, display = 'sites')               #  graf s bodmi, bez oznacenia cisla lokality        

attach(snekyEnv)

ordiplot (NMDS.snekyDruh, display = 'sites', type = 'n')
points (NMDS.snekyDruh, col = snekyEnv$Typ, pch = 16)


---------------- ANOSIM --- analysis of similarities ---------------------------------------- 


getwd()
setwd("c:/DANKA HLAVNY ADRESAR/Vyuka/Bi5980 Biodiverzita/Biodiverzita vyuka 2016")

sneky <- read.csv("07_2016_DataSneky_CaseStudy.csv",sep = ";" ,dec = ",", header = T, row.names = 1)  # nazvy riadkov su povodny prvy stlpec 
sneky
head(sneky)
tail(sneky)

snekyDruh <- sneky[ ,1:56]  # nacteni casti tabulky s druhy na lokalitach jako snekyDruh
snekyDruh

snekyEnv <- sneky[ ,57:67]  # nacteni casti tabulky s vlastnostmi lokalit jako snekyEnv
snekyEnv

snekyDruh.bray <- vegdist(snekyDruh, "bray", diag = T, upper = T) # tu nemusi byt uplna stvorcova matica, staci trojuholnikova
snekyDruh.bray

attach(snekyEnv)

sneky.anosim <- anosim(snekyDruh.bray, Typ)
summary(sneky.anosim)
plot(sneky.anosim)

------------------ ADONIS -----------------------------------------------------------------

sneky.adonis <- adonis(snekyDruh ~ Typ, data=snekyEnv, permutations=99)                     # default pre vypocet matice nepodobnosti je method = "bray" 
sneky.adonis

sneky.adonis <- adonis(snekyDruh ~ Typ, data=snekyEnv, permutations=99, method = "bray" )
sneky.adonis
sneky.adonis <- adonis(snekyDruh ~ Typ*Coverage, data=snekyEnv, permutations=999, method = "bray" )
sneky.adonis
sneky.adonis <- adonis(snekyDruh ~ Limestone, data=snekyEnv, permutations=999, method = "bray" )
sneky.adonis