logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Parametrická analýza rozptylu Post hoc testy Kruskal-Wallisův test Friedmanův test 11. Analýza rozptylu logo-IBA logomuni Shrnutí statistických testů Typ srovnání Nulová hypotéza Parametrický test Neparametrický test 1 skupina dat vs. etalon Střední hodnota je rovna hodnotě etalonu. jednovýběrový t-test Wilcoxonův test; znaménkový test 2 skupiny dat nepárově Obě skupiny hodnot pochází ze stejného rozdělení. nepárový t-test Mann-Whitneyův test 2 skupiny dat párově Zkoumaný efekt mezi páry hodnot je nulový. Párový t-test Wilcoxonův test; znaménkový test shoda rozdělení rozdělení dat ve skupině odpovídá teoretickému (vybranému) rozdělení. Shapiro-Wilkův test; Kolmogorovův-Smirnovův test; Lilieforsův test χ2 test, test dobré shody homoskedasticita (shoda rozptylů) rozptyl obou (všech) skupin je shodný. Levenův test více skupin nepárově Zkoumaný efekt mezi skupinami hodnot je nulový. ANOVA Kruskal- Wallisův test korelace Neexistuje (příčinná, důsledková) vazba mezi skupinami hodnot. Pearsonův koeficient Spearmanův koeficient; Kendallův koeficient logo-IBA logomuni Shrnutí statistických testů Jsou data normálně rozdělená? Lze použít transformaci? Kolik je skupin? Jsou data párová? Co chci spočítat? Mají sku- piny stejný rozptyl? Nelze spočítat NE ANO ANO Co chci spočítat? Co chci spočítat? Jedno-výběro-vý t-test Párový t-test Nelze spočítat Dvouvý běrový t-test Mann- Whitney U-test Sada Pears. kor. koef. ANOVA Kruskal-Wallisův test Nelze spočítat Wilco-xonův test Spear-manův/ Kendallův k. k. Wilco-xonův test Nelze spočítat Nelze spočítat Kuskal-Wallisův test Pearso-nův kor. koef. ANO NE ANO NE Jsou data párová? ANO NE Mají sku- piny stejný rozptyl? ANO NE Co chci spočítat? Co chci spočítat? Kolik je skupin? Co chci spočítat? Jsou data párová? ANO NE Jsou data párová? Nelze spočítat Mann-Whitney U-test Co chci spočítat? Co chci spočítat? Co chci spočítat? ANO NE Parametrické testy Kolomogorovův-Smirnovův test Shapiro-Wilkův test F test Levenův test Co chci spočítat? log arcsin logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Anotace —t-test slouží pro porovnání průměrů spojité proměnné ve dvou (diskrétních) skupinách. —Analýza rozptylu (ANOVA) umožňuje totéž porovnání provést pro větší počet (diskrétních) skupin. —Korelační analýza je využívána pro vyhodnocení míry vztahu dvou spojitých proměnných. —Regresní analýza vytváří model vztahu dvou nebo více proměnných, tedy jakým způsobem jedna proměnná (vysvětlovaná) závisí na jiných proměnných (prediktorech). —Regresní analýza je obdobně jako ANOVA nástrojem pro vysvětlení variability hodnocené proměnné. —Existují rovněž neparametrické varianty t-testu, ANOVy a korelace. — logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Analýza rozptylu - ANOVA —Zobecnění dvouvýběrového t-testu —ANOVA je základním nástrojem pro analýzu rozdílů mezi průměry v několika skupinách —H0: všechny střední hodnoty jsou stejné HA: alespoň jedna dvojice středních hodnot se liší —Předpoklady: normální rozložení ve skupinách, nezávislost skupin, shoda rozptylů (Levenův či Bartlettův test) —Pokud H0 zamítáme na hl. význ. α → nás zajímá, která dvojice středních hodnot se od sebe liší ¡metody mnohonásobného testování (tzv. post hoc testy), např. Scheffého, Tukeyova metoda logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Anotace —Základní myšlenka, na níž je ANOVA založena, je rozdělení celkové variability v datech (neznámé, dané pouze náhodným rozložením) na část systematickou (spjatou s kategoriemi pacientů, vysvětlená variabilita) a část náhodnou. Pokud systematická, tedy nenáhodná a vysvětlitelná část variability převažuje, považujeme daný kategoriální faktor za významný pro vysvětlení variability dat. —Analýza rozptylu vyhodnocuje pouze celkový vliv faktoru na variabilitu, v případě analýzy jednotlivých kategorií je třeba využít tzv. post-hoc testy. logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Analýza rozptylu - ANOVA Základní technika sloužící k posouzení rozdílů mezi více úrovněmi pokusného zásahu .............. Rostoucí koncentrace testované látky / látek Celkově významné změny v reakci biologického systému Vzájemné rozdíly účinku jednotlivých dávek Rozdíly účinku dávek od kontroly logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Analýza rozptylu - ANOVA Významné kroky analýzy, vedoucí k efektivnímu srovnání variant .............. Rostoucí koncentrace testované látky / látek Splnění předpokladů analýzy Transformace dat Relevantnost kontroly (vliv vlastní aplikace látek) Vhodnost modelu ANOVA pro účely testu Vlastní srovnání variant Minimalizace chyb při ověřování hypotéz logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Analýza rozptylu - ANOVA ANOVA = parametrická analýza dat Předpoklad nezávislosti opakování experimentu Normalita rozložení v rámci pokusných variant Homogenita rozptylu v rámci pokusných variant SPLNĚNÍ PŘEDPOKLADŮ ANOVA JE NEZBYTNOU PODMÍNKOU POUŽITÍ TÉTO TECHNIKY ALTERNATIVOU JSOU NEPARAMETRICKÉ METODY 1. 3. 2. logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Analýza rozptylu - ANOVA Předpoklady analýzy rozptylu jsou nezbytné pro dosažení síly testu • Symetrické rozložení hodnot a normalita odchylek od hodnoceného modelu ANOVA. Velkou část dat lze adekvátně normalizovat použitím logaritmické transformace. Předpoklad lognormální transformace může pochopitelně být teoreticky vyloučen u mnoha datových souborů obsahujících diskrétní parametry, kde je indikována vhodnost jiného typu transformace. U asymetricky rozložených a u diskrétních dat je nutné využít neparametrické alternativy analýzy rozptylu. • Homogenita rozptylu je nutným předpokladem pro smysluplnost vzájemných srovnání pokusných variant. U testů toxicity by splnění tohoto předpokladu mělo být ověřováno (Bartlettův test), neboť vážné rozdíly (až řádové) v jednotkách testovaného parametru mohou nastat v důsledku inhibice dávkami látky. Nehomogenita rozptylu je často ve vztahu k nenormalitě (asymetrii) dat a lze ji odstranit vhodnou normalizující transformací. • Statistická nezávislost reziduí vyhodnocovaného modelu ANOVA. Pokud odhad a posouzení korelačních vztahů mezi pokusnými variantami není přímo předmětem výzkumu, lze jejich vliv na vyhodnocení odstranit znáhodněním dat v rámci pokusných variant - tedy změnou pořadí v náhodné. Rozsah vlivu těchto autokorelačních vztahů musí být ovšem primárně omezen správností experimentálního uspořádání. • Aditivita jako předpoklad týkající se složitějších experimentálních uspořádání. Exaktní otestování aditivity více pokusných faktorů je procedura poměrně náročná na experimentální design vyvážený co do počtu opakování. Je rovněž obtížné testovat interakci na nestandardních datech, neboť případná transformace může změnit charakter odchylek původních dat od hodnoceného modelu ANOVA. logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Analýza rozptylu - ANOVA Omezení aplikace ANOVA lze řešit • Chybějící data. Vážným problémem jsou chybějící údaje o celé skupině kombinací testovaných látek, například u faktoriálních pokusů, kdy je znemožněno hodnocení experimentu jako celku. • Různé počty opakování Jde o typický jev pro experimentální datové soubory. Při různých počtech opakování v experimentálních variantách jsou testy ANOVA citlivější na nenormalitu dat. Pokud jsou počty opakování zcela odlišné (až řádové rozdíly), je nutno použít neparametrické techniky nebo analýzu rozptylu nevyvážených pokusů. • Nehomogenita rozptylu. Velmi častý nedostatek experimentálních dat, často související s nenormalitou rozložení nebo s odlehlými hodnotami. • Odlehlé hodnoty. Ojedinělé odlehlé hodnoty musí být před parametrickou analýzou rozptylu vyloučeny. • Nedostatek nezávislosti mezi rezidui modelu. Jde o závažný nedostatek, zkreslující výsledek F-testu. Velmi často je tato skutečnost důsledkem špatného provedení nebo naplánování experimentu. • Nenormalita dat. I v tomto případě lz situaci upravit vyloučením odlehlých hodnot nebo normalizující transformací. • Neaditivita kombinovaného vlivu více pokusných zásahů. Tuto situaci lze testovat jednak speciálními testy aditivity nebo přímo F testem kontrolujícím významnost vlivu interakce pokusných zásahů. Při významné interakci je nutné prozkoumat především její charakter ve vhodném experimentálním uspořádání. logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Modely analýzy rozptylu Model I. Pevný model Model II. Náhodný model X0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . X2 . . . . . . . . . . X3 . . . . . . . . . . X4 . . . . . . . . . . A B C D E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . X1 X0 X1 X2 X3 X4 Y . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A B C D E Y Tmavý šikmo nahoru logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek ANOVA – základní výpočet —Základním principem ANOVY je porovnání rozptylu připadajícího na: ¡Rozdělení dat do skupin (tzv. effect, variance between groups) ¡Variabilitu objektů uvnitř skupin (tzv. error, variance within groups), předpokládá se, že jde o náhodnou variabilitu (=error) 1.Variabilita mezi skupinami Rozptyl je počítán pro celkový průměr (tzv. grand mean) a průměry v jednotlivých skupinách dat Stupně volnosti jsou odvozeny od počtu skupin (= počet skupin -1) 2.Variabilita uvnitř skupin Rozptyl je počítán pro průměry jednotlivých skupin a objekty uvnitř příslušných, celková variabilita je pak sečtena pro všechny skupiny Stupně volnosti jsou odvozeny od počtu hodnot (= počet hodnot - počet skupin) ANOVA Výsledný poměr (F) porovnáme s tabulkami F rozložení pro v1 a v2 stupňů volnosti SS=sum of squares logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Jednoduchý ANOVA design Nejjednodušším případem ANOVA designu je rozdělení na skupiny podle jednoho parametru. logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Nested ANOVA (hierarchická ANOVA) •Rozdělení skupin na náhodné podskupiny (např. opakování experimentu), podskupiny jsou vždy v jedné skupině (ne kartézský součin) – v podstatě přidání další (kategoriální) nezávislé proměnné. • Cílem je zjistit, zda data v jedné skupině nejsou pouhou náhodou • Nejprve je testována shoda podskupin v hlavních skupinách, • pokud jsou shodné, je vše v pořádku • pokud nejsou, stále lze zjišťovat, zda se variabilita uvnitř hlavních skupin liší od celkové variability logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Two way ANOVA Pro rozdělení do kategorií je zde více parametrů (možné jsou všechny varianty kartézského součinu). Na rozdíl od nested ANOVY nejde o náhodná opakování experimentu, ale o řízené zásahy (např.vliv pH a koncentrace O2) Kromě vlivu hlavních faktorů se uplatňuje i jejich interakce logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Modely analýzy rozptylu - základní výstup Základním výstupem analýzy rozptylu je Tabulka ANOVA - frakcionace komponent rozptylu Zdroj rozptylu Pok. zásah (mezi skupinami) Uvnitř skupin Celkem SSB/SST MSB/MST St. v. a -1 SSB SSB/(a -1) MSB/MSE N - a SSE SSE/(N - a) N -1 SST SS MS F Kvantifikovaný podíl rozdílu mezi pokusnými zásahy na celkovém rozptylu Statistická významnost rozdílu logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Analýza rozptylu - obecný F test obecný F test H0: m1 = m2 = m3 = .... = mp .............. F test: H0 Látka nepůsobí H0 neplatí Látka působí Další analýzy H0 platí logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Analýza rozptylu - Testy kontrastů ANOVA:H0 zamítnuta Testy kontrastů .......... Rozdíly v smysluplných kombinacích ? Testování kontrastů "Multiple range testy" Parametrické Neparametrické Plánované Neplánované Pro srovnání variant s kontrolou logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Příklad: Anova - One way Dávka rostlinného stimulátoru (0, 4, 8, 12 mg/l) A = 4 ; n = 8 I. ANOVA Bartlett's test: P = 0,9847 K-S test: P = 0,482 - 0,6525 pro jednotlivé kategorie Source D. f. SS MS F Between Groups 3 305,8 101,9 8,56 Within Groups 28 322,2 11,9 Total (corr.) 31 638,0 II. Multiple Range Test NKS -test Level Average Homogenous Groups 0 34,8 x 4 41,4 x 12 41,8 x 8 52,6 x logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Srovnání variant v testech Srovnáváni variant po celkovém testu ANOVA Mnoho existujících algoritmů není vhodných pro konkrétní případ Day and Quin Ecological Monographs,1989 Test Využití Poznámka Dunnett Williams Srovnání s kontrolou Ex. i modifikace pro různá n. ANOVA testy (F) Orthogonální kontrasty Plánovaná srovnání Ryan Q test Jednoduché kontrasty Vyhodnocen jako nejlepší test Testy pro jednoduché kontrasty Scheffe Tukey LSD Bonferroni Dunn-Sidák Kramer Duncan Student - Newmann-Keuls Waller-Duncan k ratio Testy nevhodné logo-IBA logomuni Srovnání variant v testech Výhody a nevýhody jednotlivých post-hoc testů Fisherův nejmenší významný rozdíl (LSD): sada t-testů pouze s upraveným výpočtem celkového rozptylu. Relativně slabý test vyžadující splnění podmínek. Bonferroniho test: sada t-testů s korekcí p-hodnoty podle počtu hypotéz. Jednoduchý na výpočet, ale velmi slabý. Velmi univerzální přístup (nejen ANOVA). Studentova-Newmanova-Keulsova metoda: velmi silný test, který ale tíhne k chybám 1. druhu. Populární v 50. letech 20. století, ustoupila Tukeyovým testům. Duncanův test: vylepšení Studentovy-Newmanovy-Keulsovy metody – je velmi silný, ale má vysoké riziko chyby 1. druhu. Tradičně oblíbený v agronomii. Rodgerův test: h Scheffého test: velmi flexibilní, protože netestuje dvojice skupin navzájem, ale vždy jednu skupinu proti ostatním. Tíhne ale k chybám I. i II. druhu. logo-IBA logomuni Srovnání variant v testech Výhody a nevýhody jednotlivých post-hoc testů Tukeyův poctivý významný rozdíl (HSD): nejvhodnější test pro nestejně velké počty jednotek ve skupinách, velmi vhodný i pro stejně velké vzorky (lepší je Scheffého). Dunnettův test: efektivnější, protože testuje každou skupinu vůči teoretické referenční skupině. Tradičně oblíbený v lékařství. Může být silnější díky menšímu počtu porovnání. logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek Řada post-hoc testů v různých SW logo statsoft logo-IBA logomuni Vytvořil Institut biostatistiky a analýz, Masarykova univerzita J. Jarkovský, L. Dušek ANCOVA —Rozšíření ANOVA —Současná analýza kategoriálních a spojitých prediktorů —Testování hypotézy paralelismu regresních vztahů Spojitý prediktor kategorie Spojitý prediktor kategorie Kategorie pacientů (pokusný zásah) neovlivňuje vztah proměnných Kategorie pacientů (pokusný zásah) ovlivňuje vztah proměnných