Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II
Verze 2016
1) Repetitorium metod analýzy mikroorganismů. Metody kultivační, metody
nekultivační.
2) Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové
sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
3) Co přináší PCR v reálném čase k diagnostice mikroorganismů. Detekce amplifikačních
produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a
molekulární majáčky.
4) Manipulace s mikrobiálními genomy. Enzymy používané při manipulaci s nukleovými
kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech. Molekulárně
typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové
fingerprinty.
5) Hybridizace jako nástroj epidemiologa. Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace
v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace. Využití metod hybridizace
v analýze mikroorganismů.
6) Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
7) Analýza DNA sekvencí mikroorganismů, klasické a moderní přístupy při sekvenování
nukleových kyselin.
8) Diagnostika mikroorganismů prostřednictvím rekombinantní DNA. Nukleotidové
sondy, jejich charakterizace a použití. Značení a způsoby detekce sond.
9) Využití rekombinantní DNA při studiu mikroorganismů.
10) Analýza mikrobiálních komunit, metagenomika.
11) Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.