Cvičení 8

Pracovní list


Toto cvičení je zaměřené na dokování ligandů do enzymu cyklooxygenáza COX1. Konkrétní protein si
můžete stáhnout z PDB databáze pod kódem 1EQG. 30 ligandy je připraveno k dokování a můžete je
stáhnout ze studijních matriálů (docking.zip).


Konkrétní úkoly projektu jsou:

1.      Provést analýzu molekul ligandů. (duplicity a podobnost)

2.      Stáhnout cílový protein 1EQG z databáze. (Tento záznam obsahuje také informace o interakci
s molekulou léku.)

3.      Připravit receptor pro redokování molekuly léku (odstranění nepotřebných řetězců (chain)
proteinu a heteroatomů, vyextrahovat molekulu léku do vlastního objektu a upravit reprezentaci
molekul, box 40x40x40) a provést redokování.

4.      Připravit obrázek první nadokované struktury s experimentální strukturou. Diskutovat
kvalitu predikované geometrie (POZOR! příkaz rms_cur vrací špatné hodnoty) a rozhodnout, jestli je
z hlediska predikované geometie tento software (AutoDOCK/Vina) dobrý pro tento protein.

5.      Dokovat připravené ligandy do připraveného receptoru. Pro každé dokování (molekulu)
připravit obrázek 1. nadokované struktury a experimentální strukturu léku. Diskutovat dokované
struktury.

6.      Odpovědět na otázky:

a.      O jaký lék v 1EQG  se jedná a k čemu se používá?

b.      Jaký lék s největší afinitou na tento protein COX1 známe? (Nápověda: Chembl)