Tutoriál
OCHEM
Pokročilá chemoinformatika
cvičení 3

OChem – databáze a
modelovací nástroj


OChem – přihlášení



OChem – výběr vlastnosti a
tréninkové sady


OChem – výběr vlastnosti a
tréninkové sady


OChem – příprava modelu



OChem – výběr metody



OChem – preprocessing



OChem – výběr deskriptorů



OChem – výběr deskriptorů 2



OChem – optimalizace struktur



OChem – filtry deskriptorů



OChem – spuštění výpočtu



OChem – ...



OChem – výsledky



Úkoly
①Vyberte si jednu metodu přípravy
QSAR/QSPR modelu:
①ASNN
②MLR
③KNN
–a pomocí OChemu připravte podle této metody model predikující teplotu bodu tání. Porovnejte s
uloženými modely.
②Připravte model predikující hodnotu pKa a diskutujte kvality modelu pomocí R2, RMSE a MAE.
③Porovnejte výsledky validace pomocí tréninkové + testovací sady a „cross“ validace.
④