Úloha 2 6.10.2016
Výběr excitačních laserů a emisního filtru
Přijeli jste na výzkumný pobyt do významné zahraniční laboratoře. Její vedoucí Vás
provedl po laboratořích a ukázal mimo jiné scanner pro fluorescenční snímání gelů.
Po úvodním pohovoru Vás nový vedoucí vyzval, abyste sepsali seznam vybavení,
které budete pro svůj výzkum potřebovat.
Protože budete používat fluorofor A, potřebujete zjistit, zda je možné na stávajícím
scanneru excitovat a selektivně detekovat fluorescenční emisi Vašeho fluoroforu.
Excitační vlnové délky instalovaných laserů jsou 473 nm, 532 nm, 635 nm.
Instalované „long-pass“ emisní filtry jsou 510 LP, 575 LP, 665 LP.
1) Jaký stávající laser byste použili pro excitaci Vašeho fluoroforu?
2) Laser o jaké vlnové délce emitovaného záření byste případně dokoupili pro
dosažení maximální intenzity fluorescence a tedy i citlivosti pro daný fluorofor?
Vyberte prosím dostupný laser z nabídky Light sources aplikace SpectraViewer.
3) Který nainstalovaný emisní filtr „long-pass“ by byl použitelný pro detekci
fluorescence daného fluoroforu?
4) Jaký “band-pass“ filtr s šířkou pásu 20 nm byste objednali, aby byla detekce
Vašeho fluoroforu optimální. Napište hodnotu střední vlnové délky lomenou
šířkou pásma (např. 530/20).
Pro zjištění spektrálních charakteristik fluoroforu a navrhování “band-pass“ filtru
použijte aplikaci SpectraViewer
https://www.thermofisher.com/cz/en/home/life-science/cell-analysis/labeling-
chemistry/fluorescence-spectraviewer.html
Fluorofor A naleznete níže v tabulce u svého jména.
Vaše odpovědi mi prosím zašlete emailem do 48 hodin.
Správná odpověď = 0.5 bodu.
A
1 Balakhonova Veronika Fluorescein (FITC)
2 Baliak Patrik ROX (carboxy X rhodamine)
3 Buchta David Acridine Orange
4 Džatko Šimon GFP (emerald GFP)
5 Gajarský Martin Lucifer Yellow
6 Gajdošík Martin Ethidium Homodimer
7 Horváth Peter Pacific Green
8 Hrebík Dominik JOE
9 Kopková Alena Alexa Fluor 488
10 Koudelka Adolf Cy3
11 Krafčíková Michaela Oregon Green 514
12 Kurková Pavlína Cy5
13 Ludvíková Lucie SYBR Green
14 Pastierik Tomáš RFP (TagRFP)
15 Pastucha Matěj TOTO-3
16 Šmoldas Jan Alexa Fluor 594
17 Turis Juraj BOBO-1
18 Válková Martina Sypro Orange
19 Vávra Ondřej TOTO-1
20 Veselá Barbora Texas Red
21 Víšková Pavlína TAMRA
22 Zapletal David SYTO 9
23 Závodník Michal Rhodamine Red
24 Zeman Michal TetraSpeck orange