C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení Referenční manuál - Gaussian Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Prírodovedecká fakulta Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno Počítačová chemie a molekulové modelování Gaussian http://www.gaussian.com Nápověda: Tech Support -> Gaussian 09 Help: • Table of Contents • Keyword List !!! Všechny výstupy níže uvedené jsou pouze ukázkami!!! Jejich obsah nesouvisíš řešenými úkoly. Počítačová chemie a molekulové modelování Vstupní soubor LinkO příkazy - uvozeny %, lze použít pro specifikaci jména archivu (checkpoint), množství paměti, počtu procesorů určených pro výpočet (všechny položky jsou volitelné) Příkazová řádka - uvozena #, specifikuje typ výpisu (viz Route (#)), metodu a typ výpočtu náboj metoda báze vlnové funkce chk,=^i2o. chk optimalizace geometrie # RHF/cc-pVDZ Opt multiplicita M=2S+1 / celkový spin elektronů optimalizace geometrie molekuly vody H H 0.000000 0. 000000 0. 000000 -r— 0.000000 0.854766 -0.854766 -0.154167 0.538096 0.538096 prázdný řádek prázdný řádek prázdný řádek specifikace geometrie systému (kartézské souřadnice v Ä) zakončena prázdným řádkem Počítačová chemie a molekulové modelování Spuštění výpočtu $ module add gaussian $ g09 soubor.com aktivace modulu gaussian pouze jednou v daném terminálu \ jméno vstupního souboru program gaussian Po doběhnutí úlohy bude výsledek výpočtu uložen v souboru soubor.log, na posledním řádku souboru musí být uvedeno: Normál termination of Gaussian 0 9 at Sun Oct v opačném případě je výpočet neúspěšný. Důvod předčasného ukončení výpočtu je nutné hledat ve výstupním souboru. Na klastru WOLF je doporučeno výpočty zadávat do dávkového systému pomocí rozhraní Infinity. Tento postup je podrobně popsán v následující kapitole. Počítačová chemie a molekulové modelování Výpočet energie Optimalizace geometrie Počítačová chemie a molekulové modelování Výpočet energie a optimalizace %chk=h2o.chk # RHF/cc-pVDZ Pop=MK <<- vypočet energie molekuly vody 0 1 0 H H 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.854766 -0.854766 -0.154167 0.538096 0.538096 %chk=h2o.chk # RHF/cc-pVDZ Opt Pop=ChelpG optimalizace geometrie molekuly vody 0 1 O H H <- 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.854766 0.854766 -0.154167 0.538096 0.538096 bez klíčového slova Opt pouze výpočet energie, vlnové funkce a vlastností systému (single point výpočet) zakončeno prázdným řádkem zakončeno prázdným řádkem Počítačová chemie a molekulové modelování Průběh výpočtu Výpočet energie pní geometrie dhad vlnové funkce (Guess) očet E a vlnové unkce (SCF) Optimalizace geometrie O, Populační analýza a výpočet vlastností systému pro vstupní geometrii Vstupní geometrie Q Odhad vlnové funkce (Guess) Výpočet E a vlnové funkce (SCF) odhad vlnové funkce pro následující krok se bere z kroku předchozího Q výpočet gradientu E změna geometrie Optimalizovaná geometrie Populačníanal očet vlastni svstému m Počítačová chemie a molekulové modelování Extrakce dat - optimalizace 1) Aktivace modulu qmutil: $ module add qmutil pouze jednou v daném terminálu 2) Zobrazení průběhu optimalizace (energie): $ extract-gopt-ene soubor.log 3) Průběh optimalizace (všechny geometrie): $ extract-gopt-xyz soubor.log > soubor_opt.xyz 4) Získání optimalizované geometrie (poslední): / $ extract-xyz-str soubor_opt.xyz l^st > soubor_last.xyz Je vhodné analyzovat průběh optimalizace, např. v programu vmd nebo Avogadro Počítačová chemie a molekulové modelování -8- Extrakce dat - optimalizace, pokr. Průběh optimalizace (energie): $ extract-gopt-ene soubor.log # Coordinate: # Step Energy [kcal/mol] Energy [au] #-------------------------------------- 1 2 3 4 0 0 0 0 000 171 188 190 -0.028650961 -0.028922822 -0.028950914 02895393 číslo optimalizačního kroku relativní energie vůči výchozí geometrii absolutní energie v Hartree Energie optimalizované struktury, tedy geometrie obsažené v souborjast.xyz v Hartree. Geometrii souborjast.xyz si můžeme prohlédnout v programu Avogadro, Nemesis, vmd. Počítačová chemie a molekulové modelování Vibrační analýza Počítačová chemie a molekulové modelování [vibrační analýza %chk=h2o . chk # RHF/cc -pVDZ Freq vibracni analýza 0 1 0 0 . 0000000 0. 0000000 -0 .0780430 H 0 . 0000000 0. 7492420 0 .5000340 H 0 . 0000000 -0. 7492420 0 .5000340 končeno prázdným řádkem Pokud je vstupní geometrie stacionárním bodem na PES, lze z počtu imaginárních frekvencí normálních vibrací určit typ stacionárního bodu. 0 imaginárních frekvencí = lokální minimum 1 imaginární (záporná) frekvence = tranzitní stav prvního řádu Vibrační analýza vyžaduje výpočet Hessianu, což může být výpočetně velmi náročné. Počítačová chemie a molekulové modelování -11- Průběh výpočtu Výpočet energie pní geometrie dhad vlnové funkce (Guess) očet E a vlnové unkce (SCF) výpočet gradientu E výpočet Hessianu E 91 ulační analýza a ločet vlastností systému Je použit model ideálního plynu! Harmonická aproximace IZZil Termodynamické vlastnosti Harmonická aproximace je platná pouze pro stacionární bod na PES Počítačová chemie a molekulové modelování BSSE Počítačová chemie a molekulové modelování CP korekce na BSSE %Chk=ene.chk # RHF/cc-pVDZ Counterpoise=2^- vypocet energie s korekci na BSSE 0 1 0(Fragment=l H (Fragment=l)" H(Fragment=l) 0(Fragment=2) H(Fragment=2) H(Fragment=2) <- 231135 374693 074728 648273 166742 6494 0.063539 0.253491 -0.864502 1.893276 2.355543 1.311764 0 1 0 ■1 ■1 203312 116647 130817 229780 894982 -0.798971 Výpočet energie s korekcí na BSSE zakončeno prázdným řádkem Fragmenty představují interagující molekuly. Counterpoise korekce na BSSE vyžaduje celkem 5 výpočtů energie[AB, A(B), (A)B, A, B], které program Gaussian provede automaticky. Tuto korekci je možné použít při optimalizace geometrie. Počítačová chemie a molekulové modelování Průběh výpočtu Vstupní geometrie O Odhad vlnové funkce (Guess) Populační analýza a výpočet vlastností systému >su AB Populační analýza a výpočet vlastností systému A(B) Populační analýza a výpočet vlastností systému (A)B Populační analýza a výpočet vlastností systému la a H Po >stí H v\ I Populační analýza a výpočet vlastností systému B ECP~EAB+(EA E A(B)^ + (E B E ( am*) (A)B 11 Korigovaná energie BSSE Počítačová chemie a molekulové modelování Hledání reakční cesty (single coordinate driving) Počítačová chemie a molekulové modelování Driving, strategie Cílem drivingu je nalézt odhad tranzitního stavu reakce. Driving se provádí tak, že se mění zvolený geometrický parametr a všechny ostatní stupně geometrické volnosti se optimalizují. Parametrem může být např. zkracování délky mezi atomy, mezi kterými v průběhu reakce vzniká vazba. Volba vhodné reakční koordináty popisující průběh reakce: • Reakční koordináta je většinou velmi komplikovaná • Je nutno použít zjednodušenou koordinátu co nejlépe postihující reakci • Vybíráme z jednoduchých geometrických parametrů (délka, úhel, torzní úhel atd.) • U reakcí se nejčastěji používají vzdálenosti mezi atomy, mezi kterými vznikají nebo zanikají vazby. • U konformačních přechodů se většinou používají torzní úhly. • Jako výchozí stav drivingu volíme stav s nejmenším počtem konformačních stupňů volnosti. Pokud je to tedy výhodné, driving můžeme provádět ve směru od produktu k reaktantu. Počítačová chemie a molekulové modelování -17- Driving, vstup %chk=driving.chk # PM3 Opt=ModRedundant NoSymm single coordinate driving X X X X X B AI A2 S NStep StepSize aktivuje driving náboj multiplicita geometrie zakončeno prázdným řádkem zakončeno prázdným řádkem meníme vzdálenost délka kroku (kladné nebo záporné číslo), číslo musí obsahovat desetinou tečku (pro vzdálenost je optimální délka kroku okolo 0.1 Á) počet kroků (celé číslo) čísla atomů, mezi kterými budeme měnit vzdálenost (počítá se od jedné) Počítačová chemie a molekulové modelování Driving, příklad H -7.27527 1.28418 0.56205 Iv 11 S 15 -0.1 prázdný řádek Zkracujeme délku (B) mezi atomy 4 a 11 a to v patnácti krocích vždy o 0.1 Á. Podrobná dokumentace: http://gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm - sekce ModRedundant Počítačová chemie a molekulové modelování Průběh výpočtu Vstupní geometrie Optimalizace geometrie změna parametru Populační analýza a výpočet vlastností systému Q optimalizace geometrie Výpočet E a vlnové funkce (SCF) Q výpočet gradientu E změna geometrie ne ano C Optimalizovaná geometrie 4 V průběhu optimalizace je hodnota parametru, který se drivuje, neměnná. Počítačová chemie a molekulové modelování Driving, výsledky 1) Aktivace modulu qmutil: $ module add qmutil Je vhodné podívat se na průběh drivingu, např. v programu vmd nebo Avogadro. 2) Zobrazení průběhu drivingu (energie): $ extract-gdrv-ene soubor.log 3) Průběh drivingu (všechny geometrie): $ extract-gdrv-xyz soubor.log > soubor_drv.xyz 4) Získání významné (N-té) geometrie: $ extract-xyz-str soubor drv.xyz Nl > soubor TS.xyz Číslo struktury, kterou chceme vyextrahovat ze souboru soubor_drv.xyz. Počítačová chemie a molekulové modelování -21- Driving, výsledky Příklad: Dielsova Alderova cykloadiční reakce # Coordinate: R(4,7) Energy [kcal/mol] S Energy [au] 0.000 - 0.002554791 2.648 / 0.006774307 8.526 / 0.016141320 15.826 / 0.027774776 23.919 / 0.040672342 32.626 / 0.054548199 41.714 / 0.069029627 50.746 / 0.083423613 59.194 / 0.096886686 66.597 / 0.108683559 72.657 / 0.118340986 1J-JI^L^/ 0.125671188 CCj0.40oT^ 0.130680500 36.19#\ 0.060228061 35.3761 \ 0.058929736 34.774\\ 0.057970622 Číslo struktury Struktura s maximální energii na reakční cestě => odhad tranzitního stavu Počítačová chemie a molekulové modelování # Step Value # 1 1.5380 2 1.6380 3 1.7380 4 1.8380 5 1. 9380 6 2 . 0380 7 2.1380 8 2.2380 9 2.3380 10 2.4380 11 2.5380 2.6380 J) 2.7380 141 ► 2.8380 15 \ 2.9380 16 \ 3.0380 Driving, výsledky 90 80 70 1 60 ~ô E 50 o 40 LU 30 < 20 10 0 Příklad: Dielsova Alderova cykloadiční reakce coordinate driving produkt trháme vazbu (výchozí stav drivingu) Struktura s maximální energii na reakční cestě => odhad tranzitního stavu Zlom indikuje, že použitá koordináta ne zcela správně postihuje průběh reakce Počítačová chemie a molekulové modelování Optimalizace geometrie tranzitního stavu reakce Počítačová chemie a molekulové modelování Optimalizace TS, vstup aktivuje optimalizaci tranzitního stavu %chk=ts.chk # PM3 Opt(CalcFC,TS,NoEigenTest,MaxCycle=25) optimalizace gNeometrie tranzitniho stavu X X X X X zakončeno prázdným řádkem CalcFC CalcAll výpočet silových konstant (Hessianu) je proveden na výchozí geometrii výpočet silových konstant (Hessianu) je proveden na každé geometrii v průběhu optimalizace (Newtonova-Raphsonova metoda) Počítačová chemie a molekulové modelování Optimalizace TS, výstup Výstup zpracováváme stejně jako by se jednalo o normální optimalizaci geometrie. • Pokud je překročen maximální počet kroků, je možné zkusit pokračovat v optimalizaci (extrahovat poslední souřadnice a znovu provést optimalizaci). Druhou možností je místo klíčového slova CalcFC použít klíčové slovo CalcAll. • Pokud není TS nalezen do cca 30 optimalizačních kroků, je nutné nalézt vhodnější odhad TS. • TS musí mít pouze jednu imaginární ("zápornou") frekvenci. • Vibrační pohyb s imaginární frekvencí musí sledovat vznik a zánik vazeb odpovídající reakčním kroku. • Pokud se TS nepodaří nalézt, je možné použít místo drivingu metodu QST2 (Opt=QST2, viz. http://gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm) Počítačová chemie a molekulové modelování -26- Průběh výpočtu Q Vstupní geometrie Qi Výpočet E a vlnové funkce (SCF) výpočet gradientu E lokální extrém? ne ano C Optimalizova geometrie CL Populační analýza a očet vlastností systému odhad vlnové funkce pro následující krok se bere z kroku předchozího Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor I a II 1. Vstupní geometrie v interních souřadnicích ! Initial Parameters ! ! (Angstroms and Degrees) ! ! Name Definition Value Derivative Info. ! ! Rl R(l,2) 1.0999 estimate D2E/DX2 ! ! R2 R(l,3) 1.0999 estimate D2E/DX2 ! ! Al A(2,l,3) 101.9929 estimate D2E/DX2 ! 2. Odhad vlnové funkce počet bázových funkci = počet koeficientů c, které je nutné nalézt během SCF procedury 25 cartesian basis functions Two-elegtjiofrintegral symmetry is turned off. 24 bsreis functions, 47 primitive gaussians, 5 alpha electrons 5 beta electrons nuclear repulsion energy 8.0071357792 Hartrees. NAtoms= 3 NActive= 3 NUniq= 3 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=F Big=F One-electron integrals computed using PRISM. NBasis= 24 RedAO= T NBF= 24 NBsUse= 24 1.00D-06 NBFU= 24 Harris functional with IExCor= 205 diagonalized for initial guess. počáteční odhad vlnové funkce Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor 3. Výpočet energie a vlnové funkce viriálový teorém SCF Done: E(RHF) = ^ Convg = Výsledná energie -75.9901319773 0.5258D-08 A.U. after 10 cycles -V/T = 2.0057 / Počet SCF kroků potřebných k nalezení E a vlnové funkce Změna energie v posledním kroku SCF procedury Energie je v atomových jednotkách. Úplný průběh SCF procedury je vypsán, pokud je ve vstupním souboru uvedeno #P Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor III, pokračování Cycle 1 Pass 1 IDiag 1: E= -75.9710832672194 DUS: error= 4.94D-02 at cycle 1 NSaved= 1. NSaved= 1 IEnMin= 1 EnMin= -75.9710832672194 IErMin= 1 ErrMin= ErrMax= 4.94D-02 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.08D-01 BMatP= 1.08D-01 IDIUse=3 WtCom= 5.06D-01 WtEn= 4.94D-01 Coeff-Com: 0.100D+01 Coeff-En: 0.100D+01 Coeff: 0.100D+01 Gap= 0.463 Goal= None Shift= 0.000 GapD= 0.4 63 DampG=2.000 DampE=0.500 DampFc=l.0000 IDamp=-l. RMSDP=6.04D-03 MaxDP=l.13D-01 OVMax= 1.12D-01 4.94D-02 Cycle 10—Pass 1 IDiag 1: E= -76.0 418>%l64 8 07 68 Delta-E= 0.000000000000 Rises=F Damp=F DIIS: *or= 2N^D-08 at cycle 10 NSaved= 10. NSaved=10^EnMin=l^SEnMin= -76.0418076480768 IErMin=10 ErrMin= 2.15D-08 ErrMax= 2.^fcD-08 EMaxcS^l . 00D-01 BMatC= 8.09D-15 BMatP= 1.54D-13 kráceno IDIUse=l WtC Coeff-Com: Coeff-Com: -0.1 Coeff: Coeff: Gap= 0.546 Goal RMSDP=4.57D-09 MaxDP 1.00D+00 D-06 0.154D D-01 0.669D-01 0.199^06 0.154D-05 0.1 O.llODAl 0 . 669D-01-0 . 441D+ None Shift= 0 2D-08 DE=-3.84D-13 OVMa 0.00D+00 .181D-04-0.155D-03 0.397D-03 0.649D-03 41D+00 0.138D+01 04-0.155D-03 0.397D-03 0.649D-03 138D+01 .92D-0! SCF Done E(RHF) Convg -76.0418076481 0.4573D-08 A.U. after 10 cycles -V/T = 2.0008 Počítačová chemie a molekulové modelování [výstupní soubor IV 4. Výpočet gradientu sf|v _ záporně vzatý gradient energie (v atomových jednotkách) \ Center Atomic Forces (Hartrees/Bohr) Number Number X Y Z 1 8 0. 000000000 0. 000000000 0. 131133317 2 1 0. 000000000 -0. 085534245 -0 . 065566658 3 1 0. 000000000 0. 085534245 -0 . 065566658 Cartesian Forces: Max 0 . 131133317 RMS 0 .067020 838 Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor V 5. Optimalizace geometrie GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization. Internal Forces: Max 0.107734851 RMS 0.088033019 kráceno Variable Old X Rl 2.07857 R2 2.07857 Al 1.78011 I tern Maximum Force RMS Force Maximum Displacement RMS Displacement Predicted change in End -DE/DX Delta X Delta X (Linear) (Quad) 0.00000 -0.21160 0.00000 -0.21160 0.00000 -0.02126 Threshold 0 .000450 0 .000300 0 .001800 0 .001200 -J.060008D-02 ■0 . 10773 ■0 . 10773 ■0 . 00599 V 1*07735 0.088033 0 .177009 0.154831 ■g New X 1.86697 1.86697 1.75885 GradGradGradGradGradGXädGradGrac ^ídGradGradGradGradGrAdGrad konvergenční kritéria pro optimalizaci geometrie plánovaná změna geometrie Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor VI 6. Optimalizovaná geometrie Item Value Threshold Converged? Maximum Force 0.000267 0.000450 YES RMS Force 0.000172 0.000300 YES Maximum Displacement 0.000999 0.001800 YES RMS Displacement 0.000967 0.001200 YES Predicted change in Energy=-2.315429D-07 Optimization completed. -- Stationary point found. ! Optimized Parameters ! ! (Angstroms and Degrees) ! ! Name Definition Value Derivative Info. ! ! Rl R(l,2) 0.9463 -DE/DX= -0.0001 ! ! R2 R(l,3) 0.9463 -DE/DX= -0.0001 ! ! Al A(2,l,3) 104.696 -DE/DX= -0.0003 ! GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor VII 7. Populační analýza a výpočet vlastností systému (kráceno) obsazené Alpha occ. eigenvalues Alpha virt. eigenvalues -20.54839 -1.34218 -0.70556 -0.56822 -0.49389 0.18742 0.25779 0.79793 0.86396 1.16257 energie molekulových orbitalů \ neobsazené Mulliken atomic charges 1 1 0 -0.292462 2 H 0.146231 3 H 0.146231 Sum of Mulliken atomic charges Mullikenovy atomové (bodové) náboje 0.00000 Dipole moment (field-independent basis, Debye): X= 0.0000 Y= 0.0000 Z= Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang): XX= -7.0085 YY= -4.1369 ZZ= XY= 0.0000 XZ= 0.0000 YZ = 2.0430 Tot= 2.0430 -5.7327 0.0000 dipólový a kvadrupólový elektrostatický moment Typ populační analýzy lze měnit pomocí klíčového slova: pop Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor VIII Differentiating once with respect to electric field. with respect to dipole field. Electric field/nuclear overlap derivatives assumed to be zero. Keep Rl ints in memory in canonical form, NReq=873499. There are 3 degrees of freedom in the 1st order CPHF. IDoFFX=0 3 vectors produced by pass 0 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 1. 15D+00 6. 84D- ■01. 11 . form 3 AO Fock derivatives at one time . 3 vectors produced by pass 1 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 5. 63D- 02 1. 22D- ■01. 3 vectors produced by pass 2 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 7 . 24D- 03 3. 79D- ■02 . 3 vectors produced by pass 3 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 2 . 25D- 04 7 . 06D- ■03. 3 vectors produced by pass 4 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 4 . 04D- 06 8 . 17D- ■04 . 3 vectors produced by pass 5 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 2 . 96D- 08 7 . 41D- 05. 3 vectors produced by pass 6 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 3. 37D- 10 9. 10D- ■06. 2 vectors produced by pass 7 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 1. 95D- 12 5. 99D- ■07 . 1 vectors produced by pass 8 Testl2= 3. 17D- 15 3 . 33D- 08 XBigl2= 9. 82D- 15 4 . 57D- ■08 . Inverted reduced A of dimension 24 with in-core refinement. End of Minotr Frequency-dependent properties file 721 does not exist. End of Minotr Frequency-dependent properties file 722 does not exist. Symmetrizing basis deriv contribution to polar: IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00 G2DrvN: will do 4 centers at a time, making 1 passes doing MaxLOS=2 Calling FoFCou, ICntrl= 3107 FMM=F IlCent= 0 AccDes= 0.00D+00. FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=2. End of G2Drv Frequency-dependent properties file End of G2Drv Frequency-dependent properties file 721 does not exist. 722 does not exist. Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor IX 6(5) vibrací musí mít nízké frekvence (ideálně nulové) - 3 translační a 3 rotační stupně volnosti systému Full mass-weighted force constant matrix: Low frequencies --- -40.7995 -0.0019 -0.0015 0.0005 37.6815 Low frequencies --- 1774.9584 4112.7795 4211.8138 Harmonic frequencies (cm**-l), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized 55.2358 incident light, reduced masses and normal coordinates: 1 (AMU), force constants (mDyne/A), Frequencies Red. masses Frc consts IR Inten Raman Activ Depolar (P) Depolar (U) Atom AN 1 8 2 1 3 1 Al 1774.9584 frekvence normálních vibrací směr pohybů atomů pro normální vibraci Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor X E(RHF) -76.0270533118 Je použit model ideálního plynu! (R ) + x opt ,m 7 - Thermochemistry - Temperature Zero-point correction Thermal correction to Thermal correction to Thermal correction to Sum of electronic and Sum of electronic and Sum of electronic and Sum of electronic and VRT J aceno Energy= Enthalpy= Gibbs Free Energy= zero-point Energies= thermal Energies= thermal Enthalpies= thermal Free Energies 0.02300í 0.025843 0 . 026787 0.005411 -76 . 004045 -76 . 001211 -76.000267 -76.021642 energie vibrací pro základní stav Gibbsova energie Total Electronic Translational Rotational Vibrational E (Thermal) KCal/Mol 16.216 0.000 0.889 0.889 14 .439 CV Cal/Mol-Kelvin 5. 989 0. 000 2 . 981 2 . 981 0. 028 S Cal/Mol-Kelvin 44 . 988 0.000 34.608 10.376 0.004 http://gaussian.com/g_whitepap/thermo.htm Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor XI 7. Výpočet s korekcí na BSSE Counterpoise: corrected energy Counterpoise: BSSE energy = -152.060077655641 0.002829142358 velikost chyby energie komplexu s korekcí na BSSE Počítačová chemie a molekulové modelování Výstupní soubor XII ! Initial Parameters ! ! (Angstroms and Degrees) ! ! Name Definition Value Derivative Info. ! Rl R(l,2) 1.4982 estimate D2E/DX2 ! R2 R(l,6) 1.3351 estimate D2E/DX2 ! R3 R(l,17) 1.0954 estimate D2E/DX2 ! R4 R(2,3) 1.4982 estimate D2E/DX2 ! R5 R(2,7) 1.6028 estimate D2E/DX2 ! R6 R(2,13) 1.5363 estimate D2E/DX2 ! R7 R(3,4) 1.3351 estimate D2E/DX2 ! R8 R(3,18) 1.0954 estimate D2E/DX2 ! R9 R(4,5) 1.5075 estimate D2E/DX2 ! RIO R(4,ll) 3.7721 Scan ! Rll eI^19) 1.^024 "V D2E/DX2 R - vzdálenost mezi atomy 4 a 11 výchozí hodnota indikuje, že se souřadnice bude měnit během SCD metody Počítačová chemie a molekulové modelování