Úvod ke cvičením z mikrobiologie •"The role of the infinitely small in nature is infinitely large" •Louis Pasteur Bakterie v laboratoři – jak je uvidíme? •Laboratorní kultura •= Společenství buněk jednoho kmene •= izolátu •přenesené do kultivačního media •a kultivované v laboratoři http://news.bbcimg.co.uk/media/images/70334000/jpg/_70334646_m8740359-antibiotic_resistant_bacteria -spl.jpg http://jmm.sgmjournals.org/content/55/6/F1.medium.gif •KULTIVAČNÍ MEDIUM •PREPARÁT http://o.quizlet.com/wMtrBxMCRQgdWKAmiBjtLA_m.jpg Bakteriální kolonie na kultivačním mediu http://www.environmentteam.com/wp-content/uploads/2013/10/bacteria-colony-art-eshel-ben-jacob-2-450 x461.png http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/9/93/Legionella_Plate_01.png •= Klon jedné buňky (vzniklý jejím dělením) •a zároveň organizované společenství buněk…. •Bizarní růst některých druhů rodu Bacillus •Bacillus vhodným studijním modelem dynamiky • růstu a morfologie kolonie a komunikace buněk http://tamar.tau.ac.il/~eshel/images/Realizing_Bacteria/realizing_bacteria_image002_0000.jpg Impuls vedoucí ke tvaru kolonie není znám •Ben-Jacob’s bacteria •(Paenibacillus) • MORFOTYP bakteriálních kolonií • - kompaktní nebo strukturovaný (vějířovitý, stromkový) • - závisí na druhu a stáří kultury a kultivačních podmínkách • - větš. pravidelné nebo sektorový, rozvětvený růst •MORFOLOGICKÝ TYP bakteriálních kolonií http://www.sciencebuddies.org/science-fair-projects/project_ideas/MicroBio_img_003.gif •Pokud čistá kultura • = tvar kolonie je charakteristický znak •na agarové půdě, NIKOLI V BUJONU! https://encrypted-tbn2.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcSjjvKrdFefHezmgMqE6sOvBHIj12KslKBd9PNsfYjBb2k AEldt http://techbeat.com/wp-content/uploads/2013/10/germ-e1381397201235.jpg http://synapse.koreamed.org/ArticleImage/0079JBV/jbv-40-213-g001-l.jpg http://faculty.clintoncc.suny.edu/faculty/michael.gregory/files/bio%20102/bio%20102%20laboratory/pr okaryotes/Image11.jpg http://www.personal.psu.edu/faculty/k/h/khb4/enve301/301labs/301labgraphics/colorpetridish.jpg http://biology.clc.uc.edu/fankhauser/labs/microbiology/Phage/01_barely_turbid_P8135110.JPG http://capelab-news.net/capeimage/addition.jpg Kultivační podmínky: •Typ media •Konzistence media •E.coli na krevním agaru •E.coli na MacConkey agaru •Lac+ •E.coli na agaru EMB (Eosin Methylene Blue Agar) •Bakteriální kolonie na • diagnostických • půdách • •Jeden druh •Bakterie, •různá media •E.coli na C.L.E.D. mediu Cysteine Lactose Electrolyte Deficient Agar Smíšená kultura – několik morfologických typů kolonií Smíšená kultura – více bakteriálních druhů – = různé morfotypy kolonií na 1 misce http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/bloodcol.jpg •Klinická mikrobiologie – krevní agar •(hemolýza; pigment; morfologie) http://scienceblogs.com/digitalbio/wp-content/blogs.dir/460/files/2012/04/i-baa7f5842895316e8e0aa50 f7b4ae8c8-creek_bacteria.jpg •Neselektivní medium: •většina nenáročných •kultivovatelných MO http://timewellness.files.wordpress.com/2013/11/128625142.jpg?w=480&h=320&crop=1 http://www.solabia.fr/solabia/produitsDiagnostic.nsf/SW_PROD/F74050F68AD1C965C1257879004FD882/$file /iris%20biboite.bmp •Selektivně diagnostické •medium •Smíšená kultura v preparátu •– rovněž různé různé morfotypy buněk •Mikroskopie bakteriální buňky •Typ mikroskopické techniky, typ preparátu • http://mrbarlow.files.wordpress.com/2008/10/bacteria-on-a-pin.jpg •Bakterie na špičce jehly http://images.fineartamerica.com/images-medium-large-5/b2300271--e-coli-bacteria-sem-spl.jpg •E.coli v klku střeva http://i.telegraph.co.uk/multimedia/archive/01899/bacteria-on-skin_1899719i.jpg •Bakterie pokožky •– součást imunitní bariéry Bakteriální buňky v preparátu: http://classroom.sdmesa.edu/eschmid/Lectur24.jpg •Jednotlivé •Typické shluky •Tvar Cíle laboratorních cvičení mikrobiologie •Naučit se očkovat bakterie •na kultivační media •Provedení tzv. „plotnové metody“ pro počítání •živých buněk ve vzorku •Základní mikrobiologický rozbor pitné a povrchové vody http://thumb9.shutterstock.com/display_pic_with_logo/532408/532408,1265323601,2/stock-vector-open-m outh-45968752.jpg •Založení kultivace bakterií vlastní mikroflory http://www.le.ac.uk/bl/phh4/pic/streak.jpg https://encrypted-tbn1.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcSXjEJcccenHEOZCDVg5aiGYqByroa0POp2Bro0wuM3CaK Y_Mhj-w •Poznat čistotu bakteriální kultury •– na misce a v preparátu •Umět připravit preparát •bakteriálních buněk http://web.biosci.utexas.edu/field/mic361a/mic361/images/Lecture%201/L1F15.gif http://www.dbriers.com/tutorials/wp-content/uploads/2012/12/GramPositiveNegative21.jpg Grampozitivní a gramnegativní bakteriální buňky http://water.me.vccs.edu/courses/env108/clipart/cellwall.gif http://1.bp.blogspot.com/-rQZoUyTthSA/ThRGkK5EdsI/AAAAAAAAADw/DNfEPthWT6E/s1600/53.jpg http://1.bp.blogspot.com/-rQZoUyTthSA/ThRGkK5EdsI/AAAAAAAAADw/DNfEPthWT6E/s1600/53.jpg •grampozitivní •gramnegativní •Posouzení účinnosti fyzikálních a chemických faktorů •na růst bakteriální kultury http://cdn.instructables.com/F8A/58HI/GCJ0YGY9/F8A58HIGCJ0YGY9.LARGE.jpg https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcQMYDWHe4hjrClwgzGo0T0s8vjhoVV2puLwSxNZhgPEKVB axpfCQQ •Izolace vybraných skupin půdních mikroorganismů •Antibiotika – posouzení citlivosti a výpočet koncentrace •Základy identifikace mikroorganizmů Nejdůležitější pravidla pro správné výsledky J •Aseptická práce •Promíchávání vzorku •Správně rozetřený vzorek po celé misce •Správně popsané kultivační zkumavky/misky •Zapsat si očekávaný výsledek pokusu a porovnat jej se skutečným výsledkem • • http://www.uvp.com/images/colonyoverhead.jpg http://water.me.vccs.edu/courses/env108/clipart/results2.jpg http://water.me.vccs.edu/courses/env108/clipart/results.jpg •!! : případně •ethanol •Kahan zapnutý jen po dobu práce s ním •Nemluvit při očkování mikroorganismů •Misky s bakteriálními kmeny otevírat co nejméně •a po práci správně zavřít •Sterilní práce – žíhání kličky v plameni kahanu.. •30 DSCN0760 Kontaminace na misce! • • • Bezpečnost a zásady práce •Plášť, přezůvky, skříňky, jídlo, pití •Po vstupu do laboratoře či před zahájením •práce prosím o mytí rukou; •test účinnosti mytí rukou •Stoly – před a po práci Incidur •MO – Biohazard group 1 •Mytí rukou před návštěvou toalety!!! •29 •PRVNÍ POMOC PŘI MIMOŘÁDNOSTECH A ÚRAZECH • • • •Stane-li se Vám úraz či jiná mimořádnost, zanechte práce (vyjma odvrácení bezprostředního ohrožení dalších lidí) a zavolejte pedagogický dozor, který poskytne první pomoc. • • •Dostane-li se mikrobiální kultura do úst, je třeba ústa vypláchnout a vykloktat desinfekčním roztokem, např. 1% KMnO4 či zředěným Lugolovým roztokem. • • •Kontaminovanou pokožku je třeba otřít desinfekčním činidlem, např. 0,1% Ajatinem. • • •Při zasažení oka mikrobiologickým materiálem je třeba vypláchnout oko borovou vodou. V případě zasažení chemikálií, je třeba oko důkladně vypláchnout proudem vody a poté borovou vodou. • • •Každou otevřenou ránu je třeba vydesinfikovat. •Zajímavé odkazy: •http://www.sci.muni.cz/mik/wp-content/uploads/mikrobiologiecv.pdf •Mikrobiologie Brno: • PrF: www.sci.muni.cz/mikrob - atlas, výukové materiály • LF: http://www.medmicro.info/ • http://atlas.medmicro.info/index.php • •Ústavy mikrobiologie ČR • •AVČR: http://www.biomed.cas.cz/mbu/cz/ •3LF Praha: http://old.lf3.cuni.cz/mikrobiologie/ •Ústav biochemie a mikrobiologie VŠCHT: http://biomikro.vscht.cz/ •Státní zdravotní ústav: http://www.szu.cz/o-szu/centrum-mikrobiologie •Fakulta veterinárního lékařství: http://fvl.vfu.cz/sekce_ustavy/mikrobiologie/klinicka_mikrobiologie/ •Ústav mikrobiologie UPOL: http://www.upol.cz/fakulty/lf/struktura/pracoviste/ustav-mikrobiologie-dept-of-microbiology/ •Společnost pro lékařskou mikrobiologii: http://www.splm.cz • • •Instituce v oboru mikrobiologie: •Akademie věd ČR •Centrum epidemiologie a mikrobiologie SZÚ Česko-slovenské fórum pro sepsi Česká lékařská komora Česká lékařská společnost Společnost pro epidemiologii a mikrobiologii Československá společnost mikrobiologická GRANTOVÁ AGENTURA IPVZ Katedra MIKROBIOLOGIE IPVZ 2. lékařská fakulta University Karlovy v Praze Fakultní nemocnice Motol Fakultní nemocnice Hradec Králové Komora vysokoškolsky vzdělaných odborných pracovníků ve zdravotnictví ČR Lékařská fakulta Hradec Králové University Karlovy v Praze Lékařská fakulta Plzeň University Karlovy v Praze Lékařská fakulta Univerzity Palackého v Olomouci Masarykova universita Brno Mikrobiologický ústav ČSAV •Národní referenční laboratoře Národní autorizační středisko klinických laboratoří Ministerstvo Zdravotnictví Registry Společnost infekčního lékařství Společnost mikrobiologických laborantek Státní zdravotní ústav Ústav klinické mikrobiologie Lékařská fakulta Hradec Králové Ústav mikrobiologie Lékařská fakulta Plzeň UNIVERSITA KARLOVA Sbírky mikroorganismů CCM BRNO CNCTC SZÚ PRAHA DBM VŠCHT VÚVL BRNO • •Vyukove portaly lekarskych fakult: •http://portal.med.muni.cz/clanek-313-mikrobiologie-on-line.html •http://portal.lf1.cuni.cz/clanky.php?aid=831 •Zahranicni vyukove portaly •http://serc.carleton.edu/microbelife/index.html •http://www.microbes.info/ •Časopisy v češtině •http://www.clsjep.cz/ •http://www.clsjep.cz/nts/casop/epidemiologie/epidemiologie_rada.asp •http://kmil.trios.cz/ •http://www.szu.cz/publikace •http://www1.lf1.cuni.cz/~hrozs/index.htm •Časopisy v angličtině a databáze (v mnohých je možno nalézt fulltextové publikace) •http://www.biomed.cas.cz/mbu/folia/index.html •http://www.isiwebofknowledge.com/ •http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/ •http://www.journals.asm.org/ •http://www.sciencedirect.com/ •http://ijs.sgmjournals.org/ •http://www.biomedcentral.com/home •http://www.fems-microbiology.org/website/nl/default.asp •http://jmm.sgmjournals.org/ •http://www.elsevier.com/wps/find/journaldescription.cws_home/506034/description#description •http://www.sciencedirect.com/science/journal/01677012 •http://cmr.asm.org/current.dtl •Atlasy: •http://www.microbiologyatlas.kvl.dk/biologi/english/ - po výběru kategorie rolovat lištu vpravo •http://www.cdc.gov/az/a.html •http://www.pf.chiba-u.ac.jp/english/egallery-index.htm •http://www.mycology.adelaide.edu.au/ •http://commtechlab.msu.edu/sites/dlc-me/zoo/zdmain.html •Fyziologie bakterií •focosi.immunesig.org/physiobacteria.html •Taxonomie •http://www.bacterio.cict.fr/ •BACTERIAL VIDEOS •http://shapiro.bsd.uchicago.edu/bacterialvideos.html •Rezistence na antibiotikahttp://cmr.asm.org/cgi/content/full/18/4/657?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&fu lltext=Pseudomonas+%2B+MALDI&searchid=1&FIRSTINDEX=20&resourcetype=HWCIT#R417 •Surveillance a zprávy antibiotické rezistence ČR: •http://www1.szu.cz/cem/earss/earssvcr.html •Vademecum (roztoky, pH...) •http://www2.biomed.cas.cz/d331/vade/cele.html •Technologie: •http://www.gate2biotech.com/ •http://www.pivovarska-skola.cz/ •Výslovnost v angličtině: •http://www.kcom.edu/faculty/chamberlain/website/studio.htm •Ostatní: •http://klinickafarmakologie.cz/pdfs/far/2004/03/03.pdf •http://www.urologiepropraxi.cz/pdfs/uro/2005/05/04.pdf •http://www.veda.cz/ •Mikroskopie: •http://web.natur.cuni.cz/~parazit/parpages/mikroskopickatechnika/svetelnamikroskopie.htm •Virtuální mikroskopování [http://www.olympusmicro.com/primer/virtual/virtual.html] •Optical microscopy primer introduction [http://micro.magnet.fsu.edu/primer/] •Vlnová optika [http://www.sweb.cz/radek.jandora/f11.htm, http://www.aldebaran.cz/studium/fyzika/vlny.html] •Mikroskopie na Hamburgské univerzitě[http://www.biologie.uni-hamburg.de/b-online/e03/03.htm] •Souhrnný článek v anglickém jazyce [Optical microscopy.pdf] •Science cartoons •http://www.firstscience.com/home/cartoons.html •Nabídky práce: •http://www.gate2biotech.cz/zamestnani/ •http://www.biomed.cas.cz/mbu/cz/jobs.php •