Metoda SDA
amplifikace vytěsňováním řetězce
strand displacement amplification
ØMetoda využívá schopnosti DNA polymerázy iniciovat syntézu DNA v místě jedno-řetězcového zlomu v
cílové molekule a vytěsňovat řetězec se zlomem během nové syntézy
ØVytěsněné řetězce jsou substrátem pro další cyklus SDA
Jedná se o izotermickou reakci

Průběh SDA
denaturace dsDNA


Průběh SDA
připojení primerů
Primery obsahují restrikční místo na 5´-konci

Průběh SDA
Polymerizace s dNTP a dNTPαS
dNTPαS = thio substituovaný NTP, neštěpitelný

Průběh SDA
Vytvoření jednořetězcového zlomu
Extenze DNA polymerázou
Vytěsnění řetězce

A všechno se opakuje
připojení primerů


Využití SDA
ØDetekce obtížně kultivovatelných mykobakterií
ØDetekce Chlamydia trachomatis a Neisseria gonorrhoeae (Becton Dickinson ProbeTec ET assay)
ØDetekce Herpes Simplex Virus I a II (BD ProbeTec)
ØDiferenciace Saccharomyces cerevisiae metodou AFLP provedenou technikou SDA

Další informace k detekčním systémům na bázi SDA se dočtete na komerčních stránkách firmy Becton
Dickinson
http://www.bd.com/ds/

SDA na čipu
Lab Chip, květen 2012, DOI:10.1039/C2LC40384F
ØElektrochemické bezkontaktní měření vodivosti v reakční komůrce v reálném čase
ØS rostoucím počtem produktů roste vodivost
ØCitlivost 0,1 pg/μl, minimální pozadí
ØŽádné značení DNA

Článek najdeš na C:\Users\Milan\Documents\AAA Pracovni soubory 2012\Prednasky pro studenty\Metody
analýzy mikroorganismů II\Prednaska 2012\02-Amplifikační metody v molekulární diagnostice
mikroorganismů\SDA na čipu.htm

Jaký jiný postup byste použili?
MCj03701400000[1]
1) Oživte své znalosti o restriktázách
2) Na stránkách www.neb.com najděte termín „nicking endonuclease“
3) Najděte nějakou restriktázu, která by byla použitelná i bez thiosubstituovaných dNTP
4)