C2115 Praktický úvod do superpočítání -1-organizace
C2115
Praktický úvod do
superpočítání
Petr Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta,
Masarykova univerzita, Kamenice 5, CZ-62500 Brno
organizace
C2115 Praktický úvod do superpočítání -2-organizace
Obsah
➢ Organizace výuky
harmonogram, bloková výuka, zakončení předmětu
➢ Klastr WOLF
struktura, pravidla používání, správci, učebna 1.18
➢ Prerekvizity
účty
C2115 Praktický úvod do superpočítání -3-organizace
Organizace výuky
C2115 Praktický úvod do superpočítání -4-organizace
Harmonogram semestru
cca 10 hodin na den během
5-ti denní blokové výuky :-)
Výuka: 18. září 2017 - 19. prosince 2017
Zkouškové období: 2. ledna 2018 - 12. února 2018
Zakončení: kolokvium (2 kredity)
Celkový počet odpřednášených hodin: 13 x 2 hodiny = 26 hodin
Celková hodinová zátěž předmětu:
1 ECTS kredit -> 26 hodin studijní zátěže
2 kredity -> 2x 26 hodin = 52 hodin studijní zátěže
Samostudium.
C2115 Praktický úvod do superpočítání -5-organizace
Bloková výuka
Pondělí – Čtvrtek: výuka
začátek v 9:00, konec v 16:00
oběd a přestávky dle probírané látky
Úterý: 9:00-12:00 exkurze MetaCentrum, CERIT-SC,
Botanická 68a
výuka od 12:30
Pátek: výuka
začátek v 9:00, konec v 10:00
závěrečný test: začátek v 10:00
Zakončení:
- finální test (1 hodina, 50 otázek) 50 bodů
- souhrnný protokol z dílčích cvičení
=======================================================
Celkem: 50 bodů
Uspěl: >= 30 bodů
C2115 Praktický úvod do superpočítání -6-organizace
Protokol - náležitosti
➢ uveďte celé vaše jméno a datum vypracování
➢ protokol bude obsažen v jednom souboru
➢ číslujte strany
➢ uvádějte zadání úkolu (může být zestručněno) včetně jeho čísla (viz níže) a poté vaše
řešení; uvádějte pouze relevantní informace tak, aby bylo možné vámi prezentovaný
výsledek reprodukovat
➢ grafy budou správně popsány, tj. bude uvedena legenda os, popis datových řad, v
případě proložení křivkou budou naměřené či vypočítané datové body zvýrazněny
křížkem; doporučuji grafy skriptovat v gnuplotu
➢ pokud má veličina jednotku, tak ji vždy uveďte; mezi hodnotou a jednotkou se uvádí
mezera, kromě úhlových jednotek (stupeň, minuta, sekunda), kde se mezera neuvádí
➢ pokud výsledkem cvičení není kvantitativní výsledek, tak stručně popište, co jste
provedli
➢ protokol odevzdejte v pdf formátu do pátku 5. února 2016 10:00 do Odevzdávárny
"Protokoly"; název souboru bude PříjmeníJménoC2115.pdf
L.C.U
číslo lekce
číslo cvičení číslo úkolu
Číslování úkolů:
C2115 Praktický úvod do superpočítání -7-organizace
Týmová práce
Teamwork is essential. It allows you to
blame someone else.
Týmová práce je povolena, ale jejím cílem by nemělo být vyhovět výše uvedenému rčení.
C2115 Praktický úvod do superpočítání -8-organizace
Klastr WOLF
C2115 Praktický úvod do superpočítání -9-organizace
Struktura klastru WOLF
wolf wolf03 wolf23wolf02 wolfsr
univerzitní
síť
pracovní stanice (výpočetní uzly)server
Operační systém: Ubuntu 16.04 (Xenial) LTS
(http://www.ubuntu.com/)
0.18 1.18 2.11
wolf32 wolf40wolf31wolf30
0.18
wolf01
switch
výpočetní uzly
Všechny uzly jsou přístupné přímo z veřejné sítě.
Doména: ncbr.muni.cz
Místnosti:
0.18 Serverovna A4/UKB
1.18 Počítačová učebna A4/UKB
2.11 Seminární místnost A4/UKB
C2115 Praktický úvod do superpočítání -10-organizace
Pravidla používání
Klastr WOLF je určen výhradně pro účely výuky či pro vědeckou práci v rámci
Národního centra pro výzkum biomolekul.
Závazná jsou pravidla užívání počítačové sítě Masarykovy univerzity:
https://is.muni.cz/auth/do/mu/Uredni_deska/Predpisy_MU/Masarykova_univerzita/Smernice_MU/SM10-17/
Klastr WOLF je vysloveně zakázáno používat pro:
➢ stahování nelegálního obsahu (autorsky chráněná díla apod.)
➢ rozesílání virů, spamů, nevyžádané pošty a podobných materiálů
➢ prolomení ochrany jiných počítačů
➢ čtení, mazaní či změnu nechráněného obsahu souborů jiných uživatelů
Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně
nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v
nešifrované formě!
C2115 Praktický úvod do superpočítání -11-organizace
Správci klastru
Než kontaktujete správce, konzultujte svůj problém s vaším kolegou, vyučujícím nebo
školitelem. Pokud problém nevyřešíte, oznamte problém správcům e-mailem na
support@lcc.ncbr.muni.cz
Ve zprávě uveďte
➢ Popis problému, název příkazu
➢ Jméno uživatele, stroje
➢ Kopie chybového výstupu (celý od zadání příkazu)
C2115 Praktický úvod do superpočítání -12-organizace
Učebna 1.18
➢Učebna s 23 PC
➢3D vizualizace
➢Uspořádaní do
výpočetního klastru
Učebna je volně přístupná studentům, kteří studují v NCBR a dále studentům,
kterým v daném semestru v učebně probíhá výuka.
Bezpečnost práce!
C2115 Praktický úvod do superpočítání -13-organizace
Prerekvizity
C2115 Praktický úvod do superpočítání -14-organizace
Prerekvizity
➢ Přístup do pavilonu A4 a přes přepážku (ISIC)
➢ Studijní materiály – IS MUNI a nebo v
/home/kulhanek/Documents/C2110/Presentations
/home/kulhanek/Documents/C2115/Presentations
C2115 Praktický úvod do superpočítání -15-organizace
Prerekvizity - účty
➢ Kdo nemá účet v MetaCentru – ihned podá přihlášku!
➢ Účet na klastru WOLF
https://wolf.ncbr.muni.cz
▪ založení účtu
▪ reset hesla, prodlužování platnosti účtu
▪ obsazení učebny
▪ dokumentace
➢ Účet ve virtuální organizaci MetaCentrum
http://metavo.metacentrum.cz
▪ přihláška
▪ správa účtu
▪ přehled výpočetních zdrojů a datových úložišť
▪ dokumentace