C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -1- C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Kamenice 5, CZ-62500 Brno C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -2- Obsah ➢ Architektura počítače CPU, paměť, grafický systém, disky, síť, periferie ➢ Spouštíme úlohy skripty vs programy, procesy, nohup, screen, VNC C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -3- Architektura počítače C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -4- Přehled CPU Paměť I/O řídící sběrnice datová sběrnice adresní sběrnice 1945 von Neumannova architektura 1944 Hardwardská architektura CPU Paměť programu Paměť dat I/O John von Neumann, původem maďarský matematik, působící ve spojených státech Harvard Mark I - počítač složeny z relé, 24 bitové instrukce ro rw rw • program může sebe modifikovat • program a data nelze načítat současně • program se nemůže modifikovat • program a data se mohou načítat současně C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -5- Přehled CPU Paměť I/O řídící sběrnice datová sběrnice adresní sběrnice 1945 von Neumannova architektura 1944 Hardwardská architektura CPU Paměť programu Paměť dat I/O John von Neumann, původem maďarský matematik, působící ve spojených státech Harvard Mark I - počítač složeny z relé, 24 bitové instrukce ro rw rw • program může sebe modifikovat • program a data nelze načítat současně • program se nemůže modifikovat • program a data se mohou načítat současně v dnešních počítačích se kombinují obě architektury C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -6Typické schéma počítače CPU severní můstek jižní můstek USB myš, klávesnice hodiny reálného času řadiče SATA pevné disky BIOS grafický systém akcelerátor paměť řadič paměti periferie s rychlým přístupem přes PCI Express síť (ethernet)zvuk PCI sběrnice řadič paměti se stává součástí nejnovějších procesorů C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -7- CPU Procesor též CPU (anglicky Central Processing Unit) je základní součástí počítače; jde o velmi složitý sekvenční obvod, který vykonává strojový kód uložený v operační paměti počítače. Strojový kód je složen z jednotlivých strojových instrukcí počítačových programů nahraných do operační paměti. www.wikipedia.org CPU řadič ALU ALU (arithmetic and logic unit), vykonává aritmetické operace, vyhodnocuje podmínky načítá strojové instrukce a data a připravuje jejich zpracování v ALU sekvenční zpracovávání strojových instrukcí je řízeno vnitřním hodinovým taktem C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -8Výpočetní úlohy C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -9Úlohy vs Procesy HW CPU, RAM, HDD,… OS Uživatelský prostor proces proces proces p p Multitasking (z angličtiny, multi = mnoho, task = úloha, používán ve víceúlohovém systému) označuje v informatice schopnost operačního systému provádět několik procesů současně (přinejmenším zdánlivě). Jádro operačního systému velmi rychle střídá na procesoru či procesorech běžící procesy (tzv. změna kontextu), takže uživatel počítače má dojem, že běží všechny současně. Proces (anglicky process) je v informatice název pro spuštěný počítačový program. Proces je umístěn v operační paměti počítače v podobě sledu strojových instrukcí vykonávaných procesorem. Správu procesů vykonává operační systém, který zajišťuje jejich oddělený běh, přiděluje jim systémové prostředky počítače a umožňuje uživateli procesy spravovat (spouštět, ukončovat atp.). upraveno z wikipedia.org Výpočetní úloha je proces nebo skupina procesů. C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -10Programy vs Skripty zdrojový kód program vstup výstup překlad (kompilace) skript interpreter vstup výstup Program je soubor strojových instrukcí zpracovávaných přímo procesorem. Program vzniká překladem zdrojového kódu programovacího jazyka. Překládané jazyky: • C/C++ • Fortran Skript je textový soubor obsahující příkazy a řídící sekvence, které jsou vykonávány interpreterem použitého skriptovacího jazyka. Skriptovací jazyky: • bash • gnuplot • awk • JavaScript • PHP (Proces) (Proces) C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -11Programy vs Skripty Programy určené pro náročné vědeckotechnické výpočty jsou vždy psané v kompilovatelných programovacích jazycích. Mezi tyto jazyky patří: ➢ Fortran ➢ C/C++ Skriptovací jazyky se pro náročné výpočty buď vůbec nepoužívají nebo se používají v podpůrných částech výpočtů, které nejsou výpočetně náročné. C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -12- Příkazy top průběžně zobrazuje procesy setříděné podle zátěže procesoru (ukončení klávesou q) ps vypíše procesy běžící v daném terminálu nebo podle zadaných specifikací (ps -u user_name) pstree vypíše procesy (stromový výpis) type vypíše cestu k standardní aplikaci/příkazu kill zašle signál procesu, lze použít k ukončení problematických programů time vypíše délku běhu procesu ssh spustí příkaz na vzdáleném počítači sleep spustí proces, který čeká po zadanou dobu & spustí proces na pozadí wait čeká na dokončení procesů na pozadí nohup spustí proces bez interakce s terminálem screen screen terminal multiplexer vncserver spustí VNC server vncwiever připojí se k VNC serveru } tigervnc C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -13Cvičení 1 1. Určete procentuální zastoupení programů napsaných v jazyku Fortran, C/C++ a jiný, které jsou uvedeny na následující stránce: http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_quantum_chemistry_and_solid_state_physics_software Výsledek znázorněte ve formě výsečového grafu. Poznámka: k řešení použijte příkazy grep a wc. C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -14Spouštíme úlohy C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -15Cvičení 2 1. Přihlaste se na uzel wolf39 ve dvou terminálech. V jednom spusťte příkaz: 2. V druhém terminálu spusťte program pi (součástí systému). K čemu slouží? 3. Napište skript, který vypočítá číslo pi s přesností od 10 až po 10000 cifer. Výsledné čísla pí ukládejte do souboru pi.txt. 4. Skript spusťte na pozadí a odhlaste se z uzlu wol39. 5. Co se stane? 6. Znovu se přihlaste na uzel wolf39. Běžící úlohu zabijte. 7. Upravte skript tak, aby se výsledek vypisoval na standardní výstup. Skript spusťte znovu, tentokrát na popředí. 8. Co se stane, když dojde k přerušení síťového spojeni? K čemu slouží signál SIGHUP? $ top -u C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -16Spouštění úloh Pro spuštění úlohy, která je imunní vůči ukončení signálem SIGHUP, je možné použít: • nohup (pro neinteraktivní úlohy) • screen nebo tmux (pro interaktivní úlohy) • VNC sezení (pro GUI úlohy) • dávkový systém Příkazy nohup, screen, tmux používáme pouze pro spouštění úloh na počítačích, kde není dostupný dávkový systém. V superpočítačových centrech je možné tyto příkazy používat pouze v dávkových úlohách (screen, VNC) nebo pro spouštění servisních úloh (které nejsou výpočetně náročné) na čelních uzlech. C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -17- nohup Typické použití: $ nohup ./my_script & Výstup ze skriptu my_script se připojí do souboru nohup.out. C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -18- screen Typické použití: $ screen win1$ ./my_script win1$ # Ctrl+a d – odpojí sezení $ screen –list # vypise otevrena sezeni $ screen –r session.id # pripoji se k sezeni C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -19Cvičení 3 1. Přihlaste se na uzel wol39. 2. Otevřete sezení programem screen. Spusťte v něm skript na výpočet čísla pí. 3. Odpojte se ze sezení a odhlaste se z uzlu wolf39. 4. Přihlaste se na uzel wolf39 a obnovte sezení v programu screen. Co pozorujete? C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -20- VNC Virtual Network Computing (VNC) je grafický program, který umožňuje vzdálené připojení ke grafickému uživatelskému rozhraní pomocí počítačové sítě. VNC pracuje jako klientserver, kde server vytváří grafickou plochu v operační paměti počítače a komunikuje přes síť s klientem, který plochu zobrazuje uživateli (většinou na jiném počítači). Pro komunikaci se používá protokol RFB (anglicky remote framebuffer), jehož cílem je minimalizovat objem přenášených dat mezi klientem a serverem a umožnit tak komunikaci i přes pomalejší datové linky (např. přes Internet). wikipedia.cz Na počítačích, kde je omezena síťová komunikace (firewall) je nutné VNC spojení tunelovat pomocí ssh. C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -21- tigervnc wolf39$ module add tigervnc wolf39$ vncserver .. VNCID: kulhanek@wolf39.ncbr.muni.cz:1 .. wolf39$ wolf01$ module add tigervnc wolf01$ vncviewer kulhanek@wolf39.ncbr.muni.cz:1 server klient Poznámka: tigervnc v softwarové bázi Infinity, obsahuje upravené programy vncserver a vncviewer, které automaticky navazují spojeni mezi VNC serverem a klientem přes ssh tunel. Při prvním spuštění VNC serveru se zadává VNC heslo. Použijte silné heslo (volte však jiné než máte u eINFRA účtu). Tímto heslem chráníte přístup k VNC sezení. Heslo se používá pro ověření vaší identity při navazování spojení VNC klientem. C2115 Praktický úvod do superpočítání VI. lekce -22Cvičení 4 1. Spusťte na uzlu wolf39 vncserver z modulu tigervnc a připojte se k němu z vaší pracovní stanice. Ve VNC sezení spusťte program VMD a vněm otevřete model nanovlákna chitinu. Sezení nechte otevřené. 2. Přihlaste na uzel wolf39 a spusťte na něm program VMD (za použití exportu displeje) a v něm opět zobrazte model nanovlákna chitinu. 3. Srovnejte rychlost interaktivní práce s programem VMD, který zobrazuje pomocí VNC a přímo. Pozorování diskutujte.