TSM Modelování molekulárních struktur -1Petr
Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta
Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
Referenční manuál - Nemesis
TSM
Modelování molekulárních
struktur
TSM Modelování molekulárních struktur -2-
Nemesis
TSM Modelování molekulárních struktur -3-
Nemesis
Spuštění programu:
$ module add nemesis
$ nemesis
Myš:
Levé tlačítko selekce
Prostřední tlačítko rotace
Levé tlačítko posun
Kolečko zoom
Modifikátory:
Shift XZ -> Y pohyby
Ctrl přepíná mezi sekundárním a primárním manipulátorem
TSM Modelování molekulárních struktur -4Nemesis
– Build Project
vrstvy
grafické modely
stavba/editace molekuly
měření geometrie
Nastavení silového pole pro optimalizaci: menu Geometry-> Optimizer Setup
optimalizace geometrie
pomocí silového pole
TSM Modelování molekulárních struktur -5Vizualizace
optimalizace geometrie
1) Projekt: Trajectory
2) File->Import Trajectory as -> Gaussian Geometry Optimization
dvojklik
dvojklik
průběh optimalizace
TSM Modelování molekulárních struktur -6Vizualizace
vibrací
1) Projekt: Trajectory
2) File->Import Trajectory as -> Gaussian Vibrations
dvojklik dvojklik
zvolíme vibraci
spustíme animaci