DM1 <- rep(1:7,times=2,each=3); DM1

zep <- c("humerus", "radius","femur")
rep(zep, times = 2)
rep(zep, each = 5)

### Základni fce vektoru
mode(DM1)
a <- 1:10
length(a)
b <- c(27, 20, 35)
names(b) <- c("humerus", "radius","femur")
b
names(b)

as.numeric()
as.character()

nope <- c(0,1,0,0,0,0,1,1,1)
as.logical(nope)
nope2 <- c(FALSE, FALSE, TRUE, TRUE, TRUE, FALSE, TRUE, TRUE, TRUE)
as.numeric(nope2)
a <- 1:9
nope2*a

### Vyber prvku vektoru
x2 <- letters; x2
x2[5]
x2[1:5]
x2[c(1,5)]
head(x2)
head(x2,3)
tail(x2)
tail(x2,4)

x3 <- 1:20;x3
x3[x3<13 & x3>5]

b["humerus"]

### Operace s vektory
## Pridani noveho prvku, odstraneni prvku a preskladani

y <- 1:7
y[6] <- 7; y
y <- c(y[1:2],70,y[3:7]); y
y[9] <- 15; y
y[13] <- 13; y
y <- y[!is.na(y)]; y

summary(b)
str(b)

a <- c(1,43,86,12,57,98)
b <- c(72,54,82,22,1,23)
c <- c(55, 13)
d <- c("a","b")

c(a, c)                 #spoji vektory do delsiho vektoru
cbind(a, b)             #spoji vektory (i matice) jako sloupce (nutny stejny pocet radku matic)
rbind(a, b)             #spoji vektory (i matice) jako radky (nutny stejny pocet sloupcu matic)
paste(a, b, c, sep="")  #spoji vse do textu
cbind(a, c)
rbind(a, c)

# Vyzkousejte:
a+b
a*b
a+c
a*c
a<c
a-c
a-b

d <- c(FALSE, TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, TRUE)
a*d

a[7] <- 25
cbind(a, c)

### Vektor jako retezec textu
k <- "Coffee is your only hope"
l <- c("Coffee", "is","your","only","hope")
nchar(k)
nchar(l)
sub("Coffee","Caffeine",k)
paste(l, collapse = ' ')
strsplit(k,' ')
substring(l,1,1)

# DOMACI UKOL 2 #####################################################
# A) Z vektoru k vytvořte za pomoci představených funkcí (předchozí strana) vektor C,
# který bude obsahovat textový řetězec: "Coffee is your only Caffeine".
# B) Zjistěte jak se budou lišit výstupy funkce substring v těchto případech:
# substring(k,8,8+11)
# substring(l,2,2+1)

############# FAKTOR ################################################
f <- c("humerus","ulna","ulna","radius", "femur","ulna", NA)
as.factor(f)
# zmena poradi levels faktoru
# note: NA se automaticky do levels nezarazuje
factor(c("humerus","ulna","ulna","radius", "femur","ulna", NA), levels = c("humerus","radius","ulna","femur"))

factor(c(1,1,2,1,3,4,4,2,1))
factor(c(1,1,2,1,3,4,4,2,1), levels=4:1)                           # zmena poradi levels
factor(c(1,1,2,1,3,4,4,2,1), levels=4:1,labels=c("a","b","c","d")) # jine nazvy levels
factor(c(1,1,2,1,3,4,4,2,1), exclude=1)                            # nezahrnuti 1 (1 prevedena na NA hodnoty)

f2 <- as.factor(1:5); f2
mean(f2)
mean(as.numeric(f2))
as.factor(f2)
as.numeric(f2)
as.character(f2)
as.matrix(f2)
as.list(f2)
as.data.frame(f2)

############# MATICE ###############################################
matrix(NA, nrow=2, ncol=2) 

m <- 1:20;
matrix(m, 4, 5)
matrix(m, ncol=5)
matrix(m, nrow=4)
m <- matrix(m, 4)
matrix(m, c(4, 5))
dim(m) <- c(4, 5);m
matrix(m, byrow=TRUE)

m_2 <- 1:10
POK <- matrix(m_2, 4, 5, byrow = TRUE)
dim(POK)
vek <- 1:40
POK

### Vyber z matice - podmatice
m
m[1,2]
m[1:3,]
m[,2]
m[c(1,3),]
# vypsani druheho sloupce jako "sloupcovy vektor"
m[,2, drop=FALSE]

## funcke matic
nrow(m)     # pocet radku matice m
ncol(m)     # pocet sloupcu matice m
diag(m)     # diagonala matice m
rowSums(m)  # sumarizacni funkce radku (vrati soucet hodnot v kazdem radku)
colSums(m)  # sumarizacni funkce sloupcu (vrati soucet hodnot v kazdem sloupci)
dimnames(m) # nazvy sloupcu a radku matice
rownames(m) # nazvy radku matice
colnames(m) # nazvy sloupcu matice

# priklady prirazeni nazvu radkum a sloupcum matice
rownames(m) <- c("ID_001","ID_002","ID_003","ID_004")
colnames(m) <- c("femur F1","humerus H1","ulna U1", "radius R1","tibia T1")

A <- matrix(1:20, ncol = 5);A
B <- matrix(letters[1:20], ncol = 5); B

cbind(A,B)
rbind(A,B)
mode(rbind(A,B))
typeof(rbind(A,B))

############# POLE #################################################
array (1:12, c(4, 3))
array (c(1,5,3,7,8,9),c(4, 2),dimnames=list(vzorek=1:4,sex=c("m","f")))

x<-array(1:24,dim=c(3,4,2)) #trojrozměrné pole
x

x1<-array(c(35,34,30,34,34,29,45,46,40,44,45,39,33,35,34,32,35,33,47,46,45,45,46,45), dim = c(3,4,2),
          dimnames=list(mereni=c("prvni","druhe","treti"), 
                        rozmery = c("H1","H2","F1","F2"), sex=c("male","female")))
x1
### vyber z pole
# treti radek druhe matice v tomto pripade treti radek females
x1[3,,2]
# cela prvni matice
x1[,,1]
# prvek z prvniho radku tretiho sloupce druhe matice
x1[1,3,2]
# prvky z prvniho a druheho radku tretiho sloupce prvni matice
x1[1:2,3,1]
# prvni a treti radek prvni matice
x1[c(1,3),,1]
# prvni a treti radek (obou matic)
x1[c(1,3),,]

# prevod 3D pole (p × k × n)  na 2D pole (n × [p × k]) 

# install.packages("geomorph")
library(geomorph)
two.d.array(x1)
x1_2d <- two.d.array(x1)
x1_2d # zobrazime 
is(x1_2d)
x1

# DOMACI UKOL 3
# A) Vytvořte matici MAT s rozměry 7 × 3, tak:
# Aby první řádek obsahoval posloupnost: -2, 2, 6, 10,…
# Druhý řádek tvořily hodnoty 13 a
# Třetí řádek měl minimální hodnotu – 3 a maximální 3
# B) vypište sedmý sloupec matice MAT jako:
# i) řádkový vektor a
# ii) jako sloupcový vektor
# C) využitím funkce cbind, vytvořte matici B tak, aby výsledek vypadal následujícím způsobem:
# [,1]       [,2] [,3] [,4]
# [1,] -0.10000000 0.01111111   NA   NA
# [2,] -0.07777778 0.03333333   NA   NA
# [3,] -0.05555556 0.05555556   NA   NA
# [4,] -0.03333333 0.07777778   NA   NA
# [5,] -0.01111111 0.10000000   NA   NA